3、加强制度建设和落实，构建完善的内控体系。
首先要全面、动态地做好内控制度的体系建设。每设立一个新岗位，每开展一项新业务，其管理办法、操作规程、制约措施都必须及时配套。其次要制定和完善内部责任体系。要通过授权、授信，明确各部门、各分支机构的职责权限；健全岗位责任制，明确职责，从而形成完善的岗位责任体系；第三要加快建立规范的风险预测和预警模式，将所有的业务纳入风险管理的范畴；此外，要进一步完善违规行为和失职行为的责任追究制度，加大处罚力度。
4、不断提高商业银行人员素质。
提高商业银行行员素质是加强商业银行内部控制的根本所在。因此，必须加强对“人”的管理，培养人、造就人、选好人、用好人，要把“以人为本”的思想作为企业文化的一个重要方面贯穿于经营管理的始终。干部选拔以及重要岗位人员的配备，要注重德、能、勤、绩，加强岗前和在职行员多层次、多方位的培训，提高人员防范风险的综合素质。
5、要对商业银行各项业务实时监控。
实时监控是加强商业银行内部控制的重要环节。要及时查找内部控制的空白点，及时建立预警体系，要将风险控制的重点由“事后”监测转变为“事前”预警和实时监控，达到对主要业务环节随时监控和反馈的效果。
（三）构建商业银行内部控制运行机制
结合我国商业银行实际，应当按照全面性、审慎性、有效性、独立性的原则构建我国商业银行内部控制的运行机制，以有效防范、控制风险。
1、要针对重点构筑监控防线。
商业银行内部控制的重点部位为:会计、出纳、储蓄、信贷、计算机、信用卡、资金清算等；商业银行内部控制的重要环节是：往来账务、尾箱管理、票据交换、重要单证、印章及操作口令、贷款审批、信用卡授信、抵债资产处置、商业银行内部控制的重点机构和人员；基层网点、办事处、分理处、储蓄所、营业部及其负责人等。因此，应在明确内控重点的基础上，设立顺序递进的三道监控防线，以实现立体交叉控制效果。第一道自控防线为一线岗位制度落实情况；第二道防线为相关部门、岗位间相互监督制约制度落实情况；第三道监控防线为内部监督部门对各部门、各岗位、各项业务全面实施监督反馈制度落实情况。实行适当的责任分离制度，建立重点岗位人员轮换及强制休假制度。加强业务操作的事后检查，健全商业银行内部授权审批机制，保证资产运用的安全性和盈利性。
2、建立预警预报与应急应变措施。
为了早期预知可能出现的错误和问题，及时发现问题，防范于未然，减少失误和损失，商业银行应当围绕经营行为、业务管理、风险防范、资产安全建立定期的业务分析、信贷资产质量评价、资金运用风险评估制度；健全内部控制系统的评审和反馈；及时对带有苗头性、倾向性问题进行风险预测、预报，并根据可能出现的可能会影响商业银行正常营运的各类事件、各个重要部门、营业网点等制订出切实的应急应变步骤与措施，从而把业务风险降到最低。
3、提高内部控制的管理与监督能力。
内部稽核制度是银行内控的最后一道防线，是对控制的再控制。首先必须确立稽核工作的权威性地位，实行垂直领导，真正形成稽核监督部门的威慑力量。其次，要切实根据需要强化稽核监督职能，起到抓关键、带全面的效果。同时，要实行稽核处罚制和稽核告诫制，发现违章违规问题要按严格规定进行处罚，防止稽核检查走过场。对稽核部门的内部管理实行主稽人负责制，对稽核人员实行问责制等管理办法。最后，要不断提高稽核人员业务素质，要不断吸纳熟悉金融法规和制度规定，具有丰富工作经验和综合分析能力的人员从事稽核工作，并采取经常性培训制度，更新知识结构，使稽核人员能适应新形势，确保内控制度的全面执行。
此外，要强化职能部门的管理责任，要建立职能部门管理责任追究制，要坚决纠正上级行对下级行只管理，出了事不负责的现象，下级行出了问题，上级行职能部门必须承担相应的管理责任。