对于一个主权国家而言，管理外国教会的医生、医院、医学校是一个不容忽视的问题。清政府在最后十年没有建立起统一的卫生行政，对于教会医疗事业也无从形成一个明确的管理政策。所以终清之世，在医疗卫生管理方面，清政府对教会医疗事业的政策未能超出笼统的保护——支持——利用的框架。但是，清政府建立了一套比较完备的教育制度，并有比较明确的教育政策。它对教会医疗事业中的教会医学教育行使了一些有效的管理政策，并体现了特殊性。
20世纪初，基督教在中国建立了一系列教会学校，其中包括不少教会医学校。学术界一般认为清政府对于教会学校的政策是不予立案，毕业生不给奖励。事实上，伦敦会医学传教士科龄创办的北京协和医学堂是一个特例，当时清政府不仅准其立案，而且给予资助。出现这种情况的原因有二：1.关键是由于科龄与当时政界的关系所致。科龄在20世纪初给慈禧太后等人治过病，赢得了中国政治最高当局的好感。2.与其他的医学传教士不同，科龄在创办医学堂时还通过本国驻华使节向中国政府请求支持。其具体情形如下：
1904年，科龄为创办医学堂通过英使萨道义向庆亲王奕ｋｕáｎｇ＠②递交禀文，他在禀文中指出设立医学堂的重要性，因经费不足，故请奕ｋｕáｎｇ＠②“据情代奏，并吁恳天恩颁赐银款以资经费，以成善举事”[23]。接着，科龄通过萨道义向庆亲王及各王公大臣请求资助。结果慈禧赐银一万两，那桐、赵尔巽二人合捐银一万多两，其他京内外大臣也各有捐献[26]。以后，科龄又向中国政府请求资助，外务部、税务处、总税务司等部门均同意每年捐款资助。1905年，科龄致信庆亲王，提出学校要向中国政府立案，他说：“唯是本学堂之文凭为学生卒业出身地步，若无中国学务处盖印，则各学生所持以为文凭者，毫无实在凭据，特恐各学生到处行医，而人之信从者不能广且众，即为所拯救者，亦不能众且多。”他请求依照医学馆办法，“所有本医学堂开学之日，拟请钦派大员来堂查阅，并诸生卒业文凭俯准交学务处盖印”[23]。此信经外务部咨送学部。1906年2月6日，学部在给外务部的咨文指出，“查奏定章程，公立私立学堂应先呈请立案，其学生毕业时得与官立学堂一律办理”，并要求外务部“转行传知该医士，将学堂开办年月，教科课程，学生人数一并呈报，由本部派员考查，果与定章相合，准予立案，将来毕业时，与官立学堂一律办理”。至于协和医学堂的“自发文凭由本部盖印一节，定章所无，碍难照办”[23]。学部只是在学生毕业时派人考察，“如果及格加给准其充当医生执照”[23]。可见，学部同意了科龄的立案请求，并没有同意给予协和医学堂毕业生以官立学校毕业生的同等待遇。1906年初，协和医学堂在学部立案。同年9月，学部咨文各省“除已设各学堂暂听设立，无庸立案外，嗣后如外国人呈请在内地开设学堂，亦均无庸立案。所有学生，概不给予奖励”[27](p1065)。因此，北京协和医学堂是晚清惟一在政府立案的教会学校。
1908年，北京协和医学堂第一届学生毕业，科龄通过英国署理公使麻穆勒向中国政府提出给予出身，遭到学部的反对，学部认为：“至该学堂所请按所考之高等程度给与相当之中国功名一节，查为奏定章程及原案所无，碍难照准。”[23]后来，科龄又呈请此事，学部均未同意。不过，学部确实给其合格毕业生发放了行医执照。
此外，有些未立案的教会医学校也得到了地方官员的特殊关照。如1907年，夏葛医学院7名学生毕业时，两广总督在给她们的文凭上盖印，这些文凭同时还盖有美国领事之印，这是该校在中国“获得的最高的官方认同”，这些文凭也是“仅有的被盖印的文凭”[28](p.230.)。
1835-1911年间，清政府对待教会医疗事业的态度和政策几经变化，最终形成了保护—支持—利用的基本政策。这固然与中国人对外来文化的认识、清政府的对外政策有关，但更主要的却是西力东渐与西学东渐的结果。因为，清政府公开接受和保护教会医疗事业是不平等条约的强行规定，这同时使教会医疗事业打上了殖民主义的烙印。当然，我们也应当看到：教会医疗事业是具有慈善性质的传教事业，它有较强的实用性，并与政治思想方面的联系相对较少。因此，支持和利用教会医疗事业反映了清政府在缺乏近代文化资源的情况下的实用主义态度。这也正是清政府在某些方面对教会医疗事业采取特殊政策的原因之所在。但是，清政府却未能从保护医疗卫生主权出发对教会医疗事业加以限制和管理，这不仅是中国半殖民地化的产物，而且表明清政府对医疗卫生方面的国家利权缺乏认识。上述这一切决定了教会医疗事业与晚清政府的特殊关系。