1897年，美国公使田贝在致美国国务卿的信中说：“在任何协定和条约中，都没有说到外国人在内地居住有从事任何经常的职业活动的权利。但是，实际上中国各地教士从事于他们认为是辅助或附于他们的宗教和慈善工作各类的职业活动是很普遍的事。他们有印刷所、订书厂、工业学校、工场、商店、药房。他们是医生、街上散发圣经的人、新闻记者……”[8](p434)很明显，在内地非通商口岸设立医院是违背条约的。有些中国官员也认为在内地设立医院不附合条约规定。1888年，美国天主教在广西桂平的富利ｄūｎ＠①医馆被毁，张之洞为此致电总署指出：“美约只准在口岸开设医馆，各国条约亦无内地设医馆明文，富（利ｄūｎ＠①）到桂平所领系游历执照，不应行医。西医法奇，骇人听闻，内地尤易滋事，何苦冒险违约，令饬教士以后勿往内地行医，愿从则富案或可量为抚恤办结，不从，则彼自冒险，固无赔偿且难保护。”[9](p149)
但是，由于传教士有列强的武力庇护，许多地方官员对其违约之举大都不敢提出公然抗议，所以医学传教士违背条约规定，在非通商口岸租地建医院，从而造成了既成事实。而且，在清政府将外交事务地方化的政策下，对于传教士租地等问题，“政府悉听地方人民之处置，与地方官之裁断，若使教士个人，蒙官民之宽待，仗本身之机智，得在内地安居置业，则北京政府，从未发生异议，至政府准其入内地而见拒或见逐于地方者，政府亦常以人地不宜、人民仇视之故，为地方官解释，而不以教士个人本无此权利为辞也”。许多地方官员为了减少纠纷，“大都视教士在内地久居及购置田地房屋之权利，为条约所保证”[10](p214)。因此，清政府对传教士在非通商口岸租地建房、创办医院采取了默许态度。
传教士在内地租地、建医院俨然成为一项特权。这种情况下，即便有地方官员表示反对，交涉起来也比较困难。1882年，医学传教士洪士提反等在济南租地建教堂、医院遭地方拒绝，美国驻华公使何天爵为此照会总署时称“置办此房，亦非违约”，美约虽没有在各省买地置房之语，但也没有“不允置买之明文”，“二十年来各国教士在内地均有置买房屋，即济南亦有法教士所置宽大之房；谅贵亲王不至于美教士与法教士待之有异，致或于彼所置之房无异词，于此则谓为违约也”[11](p26)。
2.清政府对教会医疗事业的保护、支持和利用
第二次鸦片战争后，近代中国的条约制度基本形成[12](p12)。从此，清政府被迫承担起保护在华传教事业的条约义务。在民教纠纷和教案发生时，清政府往往从执行条约、减少纠纷出发，申令地方官保护医学传教士及教会医院。有的地方官还在西方列强的要求下，发布告示要求所辖地方保护教会医院。1879年，江苏松江府华亭县就为范约翰在该地设医院而发布告示，要求地方保护[13]。清政府为保护教堂还对教会公产进行调查。1891年，总理衙门令各省清查教堂，并专门指出要确查“堂内有无育婴、施医各事”[14](p10947)，以作为保护教会医院的依据。
洋务运动开始后，传教士发现同官员交结对基督教在华传播十分有利。医学传教士在这方面大显身手，他们通过给官绅及其家属治病得到了官绅的信任与支持。如李鸿章因马根济给其夫人治病而与马氏建立了很好的关系，并对马氏以及参与治病的女医学传教士郝维德的行医传教采取支持态度[15]。许多地方官员因为医学传教士的医术高明，对他们的活动采取支持态度。如美国传教士在神州设立医院时，“闽督部院亦曾捐助五百洋元”[16](p460)。
由于办理洋务等方面的需要，有些医学传教士还被清政府所聘用。如德贞自1872年起长期担任同文馆的生理学教习。1881年，李鸿章聘用马根济建立了近近中国第一所官办医学校。有些医学传教士因海关检疫的需要被聘到海关工作。如玛高温被赫德聘为温州海关帮办兼医务官，梅滕更曾任杭州海关外科医师等。不惟如此，清政府还聘请一些医学传教士参与战争的救护，如查尔斯·卫理(Charles Wenyon)曾在中法战争中被中国政府聘为军医等。清政府还对有功的医学传教士予以奖励。如医学传教士达斯维特(A.W.Douthwaite)在甲午中日战争中救治了不少受伤清兵。战后，他不仅得到一位将军赠给的匾额，还得到中国皇帝赐给的双龙宝星，此外还获得在休假时配有一名荣誉卫兵的殊荣[17](No.1,p54)。这与1856年医学传教士合信的经历明显不同。当年，合信主持的惠爱医院参与救治受伤清兵，清政府后来对医院表示感谢时，只有合信的一位中国籍学生得到政府的赏赐，合信则没有得到清政府的任何奖赏[7](pp190-191)。