具体到公共卫生体制和危机管理的建设上，从公共卫生体制的历史演变可以清楚地了解到，公共卫生的发展自始至终都离不开政府的介入，而政府之所以愿意介入公共卫生体制，一方面是因为福利国家的出现提高了社会公众对公共卫生的要求，政府为了提高其合法性，必须不断地增加公共健康的供给。另一方面，由于公共卫生作为一项重大的公共政策提高了政府控制社会的能力。如对疫情的控制首先要求政府对全国人口状况有详尽的了解，这是提高政府治理效率必不可少的信息基础。此外，防治传染病的很多做法如对全国人口注射疫苗、发动公共卫生运动、在紧急情况下对民间资源的征用、隔离和对人口流动的控制等都反应了政府在其公共管理职能上的能力。
因此，从适应经济转轨和社会转型的客观要求来看，我国的政府职能需要逐步从单一的优先发展经济的目标转向社会经济协调发展的目标上。因为随着我国经济实力的增强、微观自主增长能力的增强，以及改革开放的进一步深化，各类社会利益关系的调整和重大社会问题的解决将越来越成为保证经济持续增长的重要前提。为此，政府在市场无法提供产品的领域，如国家安全、社会保障、公共卫生、危机管理等方面，合理界定新的职能，提供公共产品，可以为经济的持续增长提供一个良好的社会环境，为经济可持续发展提供坚实的基础和动力。
二、体制缺位：公共卫生体系和应急机制的发展滞后
由于公共应急职能的不明确，在具体的公共卫生体系和应急机制建设上，各个环节都存在着滞后和脆弱的问题。温家宝总理4月29日在“中国——东盟领导人关于非典问题特别会议”上客观地指出：“面对这场突如其来的疫情灾害，我们缺乏预防和控制经验，应对机制不健全，一些地方和部门工作不力，特别是中国人口多、流动大，尽管我们做了大量的艰苦工作，但目前非典型肺炎防治形势依然严峻”。这一评价是与成熟的公共卫生体系和突发性事件反应机制相比较而得出的（见表1）：
由上表可以看到健全的突发性公共卫生事件管理体制应由有效的卫生防疫体系、快速反应和危机管理体系以及科学研究与完善的信息披露体系构成。
1、卫生防疫体系
我国的卫生防疫体系建于20世纪50年代，主要“克隆”苏联的模式：集防疫和卫生监督检查于一体，建立了从县一级到省一级的各级防疫站，到中央是卫生部防疫司。防疫部门早期的作用就是针对各种各样的传染病进行控制，通过防疫站的防治工作同临床医院收治工作相配合来进行疫病防治工作。这个模式一直延续到上个世纪末。在建国后的近30年时间里，这一体系发挥了重大的作用，使危害我国人民生活的传染病得以消除或得到有效控制。
20世纪80年代中期，中央实施 “分灶吃饭”的财政改革之后，防疫部门划归地方。由于缺少国家统一规划，这一“耗钱”部门在地方有限的财力面前，发展几乎停滞。
近年来，我们的卫生防疫部门做了一些调整，但总的来说体系没有改动，只是一些部门、机构的局部调整。20世纪90年代后期，卫生部防疫司补充了其它一些机构，组成了卫生部法律监督司和疾病控制司，地方上的防疫站逐渐也分成了卫生检验监督所和卫生防疫站两个部门。这样做的目的主要是从法律角度考虑，强调执法和决策的分立。2002年初，国家对防疫部门进行改革，把“预防”这个公共卫生职能与卫生执法监督分开来，从中央到地方建立疾病控制中心，以期加强国家在防病控制方面的能力。2002年7月，又以原来的中国预防医学科学院为基础成立了中国疾病预防控制中心(CDC)，对地方防疫部门进行业务指导，卫生部则更多发地承担了政策性的宏观管理职能。但是这次SARS危机的应对表明我国的疾病防控体系还相当薄弱，不能适应新形势下突发公共卫生事件的应急要求。正如卫生部官员所说，“非典型性肺炎不属于国家统计范围内的传染病，加上其病症和普通肺炎类似，因此在流行初期没有得到充分重视”。这也从某一方面也反映了我们目前的应急处理水平。