1、增加审计审核窗口。会计电算化系统的核心就是会计软件，会计软件程序质量的高低，直接决定了会计电算化系统整体水平的高低，审计的重点是会计软件程序对数据进行处理和控制的及时性、正确性和可靠性，以及程序的纠错能力和容错能力，应增加审计审核窗口，可采用通过计算机审计的方法及利用计算机辅助审计中的数据转换功能的方法来完成。同时，为了能够有效地审计电算化的会计主体，在电算化会计系统的设计和开发时，必须注意审计的要求，使系统在处理时留下新的审计线索，以便审计人员在电算化条件下也能跟踪审计线索，顺利完成审计任务。
2、提倡事前系统审计。在会计电算化条件下，审计人员要花费较多的时间和精力来了解和审查电算化系统的功能，以证实其处理的合法性、正确性、完整性和安全性。另外，当一个会计电算化系统已经完成并投入使用后，要对它进行改进，这比在系统设计和开发阶段进行困难得多，代价也要昂贵得多，系统的处理是否合法合规，是否安全可靠，都与电算化系统的处理和控制功能有关，这是在传统的手工审计中所没有的。除了要对投入使用后的电算化会计信息系统审计外，应提倡在电算化系统的设计和开发阶段，审计人员要对系统进行事前和事中审计。
3、改变审查取证方法。随着电算化会计的应用和发展，对证据进行检验和审核的方法也必须相应的改变，这就需要：一是审计人员对会计电算化部门的内部管理制度、职责的划分情况进行审查和评价。二是审计人员的作业手段也应由手工操作向电子电算化转变，即审计人员应掌握电子电算化知识及其应用技术，把电子电算化当作一种提高审计质量和效率的有力工具来使用。
4、提高审计人员素质。审计人员除了要具有丰富的财务会计、审计等方面的知识和技能，还需要熟悉有关的政策、法令依据以及其它的审计依据外，还应掌握一定的电子电算化知识和应用技术。此外，建议在审计组织中培养一批电算化审计的系统开发人员，从事设计和开发审计应用软件的工作，建立自己的电算化审计系统。
5、更新审计标准准则。为适应新形势发展的需要，应在原有的审计标准和准则的基础上，建立一系列与新情况相适应的新的审计标准和准则，如电算化审计人员培训会计电算化信息系统开发的审计准则、内部控制审计准则、审计应用软件标准等。