1 国基金管理公司内控体系的缺陷
目前的基金管理公司主发起人为证券公司和信托公司，其企业文化从很大的程度上继承了原股东的风格，而这两类机构是我国证券市场的重要参与者，在信誉和规范方面存在较大的缺陷，对基金管理公司产生了一些不良影响。
从目前的情况看，基金管理公司内部控制制度主要存在以下几个方面的问题：
（1）缺乏风险度量的措施。基金管理公司对风险的控制必须要有一个量化的标准，否则，主观臆断将放大基金的风险。
（2）缺乏健全的内部会计控制制度。一是缺乏合理的净值估算系统；二是基金的季度报告和周报中常有数据勘误公告。
（3）缺乏必要的监察手段。目前国内基金管理公司利用高科技对基金投资流程进行跟踪监察的手段还不到位。
（4）内部控制制度体系不完善，对内部控制制度执行不力。目前国内很多基金管理公司还没有形成一套完整的、蜘蛛网似的、严密的内部控制制度体系，同时，对制度的执行缺乏硬约束。
2 善内部控制体系的方法
一个完善的内部控制体系必须要有良好的内部控制环境、健全的内部控制制度、完善的监察体系，针对我国基金管理公司目前在这些方面存在的不足，应通过以下措施予以弥补。
2.1 加强内控环境建设
良好的内部控制环境是内部控制制度发挥作用的基础，基金管理公司应注意加强营造这个环境。
有效内控的基本点是基金管理公司的最高管理层必须承诺对控制风险负有全部责任，即由全权负责整个公司业务的最高层自上而下推动和实施内控和风险管理，其制定的各项内控和风险原则、制度必须适用于基金管理公司的所有部门、环节、岗位，并能被贯彻执行。概括地说，一套有效的内控体系首先需要基金管理公司领导层的重视、参与和监督贯彻。
加强内控培训，培育全员内部控制和风险管理文化，使每位员工认识到，基金管理公司的内部控制不仅仅是监察稽核部门的事，而必须由每一个员工自觉地落实到日常工作中去。
2.2 健全内部控制制度
针对我国基金管理公司内部控制制度中存在的一些问题，我们应从保护投资者利益出发，进一步完善投资风险控制、内部会计控制、违规行为的监察控制和内部管理控制等。
（1）投资风险控制这是投资基金运作中风险控制的核心，主要是利用风险量化技术来计算风险值，然后通过风险限额对其进行控制。①风险量化技术。它通过建立风险量化模型，对投资组合数据进行返回式测试、敏感性分析和压力测试，测量投资风险，计算风险暴露值。②风险限额控制。在对风险进行量化的基础上，风险控制部门对每只基金的投资风险设定最大的风险临界值，对超过投资风险限额的基金及时地提出警告，并建议基金调整投资组合，控制风险暴露。
（2）内部会计控制即能够保证交易的记录正确以及会计信息真实、完整、及时反映的系统和制度。①基本的控制措施包括：复核制度，包括会计复核和业务复核；通过凭证设计、登录、传递、归档等凭证管理制度，确保正确记载经济业务，明确分清经济责任；②合理的估值方法，即为保证基金资产净值的准确计算而采取的科学、明确的资产估值方法，力求公允地反映其在估值时点的价值。③科学的估值程序，是保证基金资产净值准确计算的另一项会计控制措施，主要包括数据录入、价格核对、价格确定和净值发送等程序。
（3）违规行为的监察控制严格说来，违规行为的监察和控制属于内部管理控制的内容，然而因为其重要性，它一般被单独列为基金管理内控制制度的重要组成部分，主要包括：①对于操纵市场行为的实时防范。利用联网的电脑系统，在线实时监控基金的投资、交易活动，防止利用基金资产对敲做价等操纵市场的行为。②股票投资限制表。为了防止基金介入内幕交易，或陷入不必要的关联交易调查，各证券投资基金管理公司内部都有明确的股票投资限制表，所管理的基金不得购买限制表中的股票，从而避免了可能的违规行为。③员工行为的监察。这是为了防止员工涉及操纵市场、偷跑获利、购买可能与基金资产存在利益冲突的证券等违规行为的监控制度。