随着金融体制改革的不断深化，农村信用社作为农村金融服务的主力军作用愈发突出，对农村信用社的监管已成为基层央行金融监管的重点，促进农村信用社转变经营理念、改进服务手段和方式，不断提高信贷资产质量和经营效益，增强其抵御风险的能力，进而提高人民银行的监管效能，已成为央行金融监管工作的必然要求。
一、基层央行对农村信用社监管工作中存在的问题
(一)农村信用社自身存在的问题影响央行监管效能的提高
1．农村信用社的市场定位不够明晰，增加了农村信用社经营目标和基层央行监管目标实现的难度。合作制原则决定了农村信用社要服务于社区、服务于“三农”，客观上要求农村信用社不能以盈利为目的，但“资本自聚、资金自筹、经营自主、盈亏自负、风险自担”的机制，又决定了农村信用社盈利目的的合理性和合法性，农村信用社也只有以盈利为目的，才能真正建立以上“五自”机制。必须服务于“三农”的“准政策性”职能和必须“以盈利为目的”的基本要求，二者相互矛盾、有时甚至相互抵触，严重制约着农村信用社的正常发展，加大了基层央行金融监管的难度。
2．法人治理结构不科学，加大了农村信用社的各项支出，增加了农村信用社信贷资金的“隐性”流失，削弱了农村信用社的盈利能力。也给基层央行的全方位监管留下了空白。目前县级农村信用联社仍实行的是基层法人社管理模式，这既不利于县级联社辖内人力、物力和资金来源的统一管理，又增加了税费缴纳(如所得税)，形成了信贷资金“隐性”流失，尤其是对部分法人社盈利、但整体亏损的县联社，信贷资金的“隐性”流失更为明显。基层法人社管理模式也给基层央行增加了监管难度。由于基层央行监管人员有限，对基层社实施全方位监管存在一定的困难，所以改变基层法人社管理模式十分必要。
3．农村信用社资金实力弱、抗风险能力较小、经营效益欠佳等客观现实，决定了社会公众短期内难以对农村信用社树立足够的信心。
4．经营理念相对滞后，市场营销观念较差，业务品种单一。直接影响了农村信用社信贷资产质量和经营效益的提高，基层央行的监管作用难以充分发挥。
5．与国有商业银行相比，电子化程度低、服务手段落后、劳动强度大，工作效率低；使农村信用社在与国有商业银行的竞争中明显处于弱势。农村信用社的经营环境更为不理想。不良资产的核销等历史包袱只能靠自身消化。给农村信用社经营目标和基层央行监管目标的实现增加了极大难度。
(二)基层央行监管中的不足和困难影响了监管效能的提高
现代金融监管是防范化解金融风险、行使中央银行职能的重要方面，是一种全方位、多功能、综合性的执法行为，这就要求中央银行在金融监管工作中，要谙熟法规“会”监管、求真务实“敢”监管、超前监测“早”监管、多方并举“巧”监管。目前，基层央行在金融监管的实践中，还存在着监管理念、监管手段、监管方式相对落后，机构设置不尽科学，监管人员素质偏低，监管职责落实不够等问题，直接影响了监管效能的提高。
(三)人民银行上级行的管理不够科学，也影响着基层央行监管效能的提高
1．人民银行信用合作管理部门与合作金融监管部门对县级农村信用社的管、监职责相对模糊，县级农村信用联社的处境尴尬，给农村信用社的经营带来诸多不便。
2．人民银行对监管指标的考核不尽合理，时点内容多、时期内容少，重叠(或相似)内容多、创新(或结合实际)内容少，一定程度上误导了农村信用社的经营方向，也束缚了基层央行的监管思路。
3．人民银行对农村信用社支农再贷款的“钢性”约束多，“弹性”管理少，如期限较短，设置不符合农业生产周期、用途限制过多等，影响了支农再贷款的使用效力，也给基层央行的监管工作增加了难度。
二、对策及建议
(一)各级央行要增强服务意识，帮助农村信用社建立良好的外部环境，并促使农村信用社更新的监管理念，改善经营管理，尽快走出困境。