（四）公、检、法三机关的连带关系及国家赔偿委员会的设置地点和人员组成是造成国家赔偿法难以实施的体制因素。
根据宪法规定，公、检、法的关系是“分工负责，互相配合，互相制约”共同行使司法权，在这种规定条件下让法院来裁定公安机关和检察机关的国家赔偿问题不科学的④。在侦查阶段公安机关要逮捕犯罪嫌疑人必须由检察机关做出，而检察机关又有监督法院的职权和法院有平等的法律地位，享有同样的司法解释权，让法院来裁定检察机关作为赔偿义务机关，并最终决定检察机关的赔偿问题肯定会产生矛盾。无论是检察机关最终撤诉，以不起诉来处理，还是公安机关把一个案件终止以后对犯罪嫌疑人长期取保候审，都说明了我国刑事司法领域没有一个最终的裁判者。法院最终裁判原则，司法最终救济原则在行政法领域内不存在。而公、检、法三机关在某些案件的国家赔偿问题上具有连带的责任。当国家赔偿案件发生时都互推卸责任，这就使得国家赔偿义务机无法设定，使得国家赔偿更加难以施行。
国家赔偿委员会在设置方面。由于国家赔偿委员会设置在法院，并且由法院的三至七名判决员组成，这就使得国家赔偿委员会与法院在人事财务等方面有了千丝万缕的联系，如果法院作为国家赔偿责任主体，国家赔偿义务机关就转为了被告形式，既然是被告就应该有一个机构作裁判，根据最基本的司法原则任何人不得受理自己为当事人的案件，裁机关应该要与处理的案件利益无涉，但在是法律实践中我们遇到的国家赔偿义务机关在许多国家赔偿案件中都变成了国家裁判机关，违背了基本的司法原则，难以作司法公正。
国家赔偿采用非诉讼方式，法律实践中这种非诉讼方式是极不公正的。赔偿委员会按赔偿法的规定，既不是审判委员会也不是会议庭，它由审判员组成有相对独立的权利，可以做出赔偿决定。但是它是如何运用呢，法律没有规定，只说是少数服从多数，它做出的决定和生效的判决裁定是一样的。虽然最高人民法院的赔偿委员会下发了规范这个赔偿委员会的程序，但这些均没有严格意义的诉讼形式，因为诉讼至少有两造即原告与被告，要有质证申辩过程，而这些程序都没有，所以它实际上和复议没有什么区别。失去了透明度的法律程序是难以显示公平的。
（五）国家赔偿文书执行方面的原因
现行国家赔偿法关于国家赔偿案件能否强制执行，具体由什么机关执行，怎样执行都未做出相应的规定。当有赔偿义务的国家机关不主动地履行赔偿义务时，受害者的权利又是通过何种途径得到实现的，国家赔偿法都没有明确的规定。这是造成国家赔偿法施行难的又一个原因。
（六）思想观念上的原因
除了法院本身的不完善，以及执法者对法律理解的分歧，影响到国家赔偿施行的还有一个更深层次的原因，这就是由于我国长期的封建制度的影响很深，至今在一些国家机关工作人员的头脑中还残留着“官本主义”思想，在这些“官本主义”思想指导下的官司员看来，有权者即使有过错也不能承认，如果承认错了就会失去威严，就会失信，即执法权威，又何况是“赔礼道歉”“赔偿损失”呢？在法律实践中对一些行政机关赔偿的案件相对还容易一些，但已经法院裁定的国家刑事赔偿案件中，执行难度要比普通案件大得多。赔偿义务机关不主动履行。如强制执行，公、检、法是“兄弟单位”怎么好意思？况且在国家赔偿法中也没有规定任何的强制执行程序。
三、完善我国国家赔偿制度的几点思考
（一）针对立法上国家赔偿法的归责原则过于简单的问题
首先，对于国家赔偿法中所规定的行政赔偿案件来说适用的违法归责原则比较适合。而对于国家赔偿法中所规定的行政赔偿案件不说应适用结果责任原则，即司法机关的行为有没有过错，有没有依照法律，只要是这种行为的结果给予当事人造成了损害，并且这种损害又没有法律依据，都应当给予国家赔偿。在日本有一个“刑事赔偿法”，在台湾叫“冤狱补偿法”，这些法律都强调受害人的权利救济，而不管执行机关在具体执行过程中，是否违法。另外，对执法机关具有明显的不当行政行不对当事人造成损害的，也应纳入国家赔偿的范围。