《农民有组织抗争及其政治风险》发表后，我本无意在近期就相关问题再发表意见。但由于新闻媒体、学术界和执政者的关注，文中所陈述的事实和某些观点被赋予了超越学术探讨的社会意义，成为了“公众问题”。在这种情况下，对有关问题提供更多的证据并作出更加明确的解释就成为了任何有责任的研究者必须做的事情。这其中，首先要回答的就是，农村黑恶势力侵入基层政权等重要问题。
一、农村治理性危机的主要标志
我之所以认为中国农村出现了严重的治理性危机，主要依据有三个方面：其一，近十年来，全国乡镇政府普遍出现了财政危机，目前全国65%的乡镇共负债达3200多亿元，其中以中西部欠发达地区最为严重，这些乡镇还债能力低下，致使负债仍在不断增长，濒临破产的经济状况已严重地制约了乡镇政权的施政能力。其二，广大农村特别是中部地区发生了一系列农民针对基层政权的集体抗争活动，这些事件不仅快速增长，组织化程度也迅速提高，规模越来越大，对抗性日益增强，暴力化趋势普遍蔓延。其三，部分农村基层政权和基层组织出现了黑恶化，乡村干部为完成各种“任务” 假借地痞流氓之手恫吓和强迫农民成为了一种习以为常的“工作方法”，恶霸和地头蛇控制农村基层组织的情况已十分严重，黑恶势力进入县乡政权直接掌握国家权力也屡见不鲜。
应该说，这三个方面是相互联系的，在很大程度上互为因果，都集中地表明了国家基层政权合法性正在逐渐丧失和社会控制能力的降低。但是，它们所表明问题的性质又有一定的区别。其中，乡镇财政危机表明的是农村经济发展状况、国家财政体制和税收政策、乡镇政权汲取资源的能力及财政开支等方面存在的问题，它是一个经济问题，但更主要的是一个政治问题；农民有组织抗争作为转型期社会冲突的表现形式，表明的是农村政治秩序的稳定状况。它可以破坏社会的稳定性，也可以作为一定时期内各种利益关系的外部化，具有结构的可控性，特别是对“能够容纳冲突的开放社会”而言，“能够从冲突中得到封闭、专制的社会所难以得到的益处”；而基层政权的黑恶化则表明国家机体发生了病变，这种病变不仅仅是国家政权出现了功能性异化，而更严重的是一种结构性退化。甚至可以说，如果黑恶势力侵入基层政权，是制度性的原因在起主导作用的话，就标志着国家政权出现了严重的政治危机。对此，美国历史学家杜赞奇曾经有过探讨。他在研究民国时期乡村政治状况时就发现，随着地方乡绅从传统的乡村自治中退出，农村政治领域出现了真空，地方恶势力就进入到了乡村政治之中。这些地头蛇、恶霸、行霸、地痞、无赖等为非作歹之徒与地方政府的官员结成同盟，一方面，他们帮助地方政府盘剥农民，为国家搜刮资源，似乎是强化了国家能力。但是另一方面，他们也利用与政府的联姻以为国家征收税费为名中饱私囊、横行乡里、欺压良善，造成国家政治经济资源的流失。他们对地方政府官员有极大的腐蚀作用，许多地方政府官员逐渐放弃了原有的政治角色，蜕变成身着官服的恶势力，不是管理服务农民，而是渔肉农民。杜赞奇把这种国家能力貌似增强实则衰退的矛盾现象称为“内卷化”即国家退化。政权的“内卷化”虽然在短期内给中央政府提供了较多的税款，表面上增强了国家汲取资源的能力，但事实上是从结构上架空了中央政府，使中央政府失去了对地方政府的有效控制，连带丧失对于农村税源的有效控制，并最终丧失对农村社会的控制能力。其结果就是在农村社会中造成了极大的民怨，客观上为中国共产党领导的暴力夺取政权预备了土壤。
共产党在夺取政权后，沿袭战争时期的经验和做法，重构了农村治理体制：其一，扶植原来农村社会处于弱势的贫苦大众，并着力改造那些虽属社会无赖但却并没有罪恶的人物，让他们以旧政权受害者的身份进入新体制，而成为了农村社会的主流；其二，彻底摧毁原来由强势人物和宗族势力相结合的农村社会控制体系，防范游离国家体制之外的力量存在，将整个社会秩序纳入到国家的强控制之下，在农村建立了系统的基层政权。虽然，它的实际效能和历史性后果一直是学者们争论的问题，但有一点则是大多数研究者都肯定的，这就是那些直接挑战国家法定秩序的社会黑恶势力失去了公开和大范围生存的空间。就是在“文化大革命”这样的民族大灾难时期，地痞和恶棍这些沉渣泛起，但其存在和发挥作用的方式与当时国家政治状况相一致，他们以各种身份进入国家政权体制并被执政者所认可甚至利用。