—— 推进航运企业改革和内部组织结构的调整。航运企业要建立比较完善的现代企业制度，主动转向市场，以市场为中心转换经营机制，扩大经营规模，提高经济效益、科技开发能力、市场竞争能力和抗风险能力。全面提高企业经营管理水平和从业人员素质。要积极改革和调整经营方式和运输生产结构，遵循经济规律，以资本为纽带，组建跨地区、跨行业、跨所有制和跨国经营的大型企业和企业集团，实现规模化经营。在国际航运主要领域，国有航运经济要起主导作用，鼓励多种经济成分共同协调发展。
三、在结构调整中注意做好的几项工作
1、要充分发挥内河航运的优势
发展内河航运的优势在于：运量大，不像铁路和公路那样受线路通行能力的限制，尤其适合于特长、特大、特重的设备和大宗散货运输；能耗低，每吨公里油耗仅为铁路的三分之一；投资省，渠化航道每公里投资仅为新建铁路的五分之一到三分之一；占地少，主要利用天然航道，基本不占地。
有一定自然条件的西方发达国家十分重视内河航运， 1995 年美国内河航运完成的货运量占总运量的 20% ，运输费用仅占 2% 。在荷兰，随着公路运输交通阻塞严重，空气污染，政府在 20 世纪 90 年代又采取了鼓励内河航运的政策，加大政府对内河航道投资力度，为利用航运的企业提供资金补助等措施。
我国的内河航运自然条件十分优越，长江水系覆盖全国 16 个省市，加上南方的珠江水系、北方的黑龙江水系和贯通南北的京杭大运河，流域面积超过半个中国，且几大水系直通太平洋，但我国优越的内河航运条件未得到充分利用。因此，应当充分发挥内河航运的优势，首先要加快开发建设长江、珠江、京杭运河的航道和港口，提高通航标准和运输能力，同时坚持水资源的综合利用，在有条件的地方推广“航电结合、以电养航”的有效方式。国家在考虑产业布局时，也应充分考虑沿江设厂，发展沿江产业带。
2、要重视港站主枢纽的建设
沿海港口在对外贸易中具有独特的不可替代的作用。随着我国改革开放的逐步深入和扩大，从可持续发展的角度考虑，必须更加充分地利用国外资源，特别是不可再生的资源。因此要加快建设大型油、矿接卸码头。
在沿海港口发展中还需要注意的是老港区和老码头的改造。经过五十年的发展，我国港口总体布局已经大体形成。但一些老港在带动了城市发展的同时，却也极大地限制了自身的发展。许多老港区位于城市中心或繁华地带，港口后方被城市蚕食得越来越小，集疏运也极为不便，加剧了城市交通堵塞，同时又对城市造成噪音和粉尘等污染。把城市的黄金地带用于港口装卸，从土地利用价值上来说也是不合理的。因此，从可持续发展的角度来看，合理的选择应当是跳出老港区，到新的合适地点如河口处发展。老港区除发展客运外，应逐步关闭装卸作业，发展带有水上特色的旅游业和进行土地开发，所筹集的资金用于发展新港口。
3、要进一步加强交通行业环境保护工作
船舶：在解决水域污染问题时采取以预防为主的方针，除制定必要的法律法规和国际公约外，还要用各种技术措施，如船上安装防污设备，港口建造防污染净化处理设施，加强水域监视监督工作等。同时，为节约能源，增加船舶竞争能力，还要积极研制新船型。例如开发浅吃水肥大型船，可节约运输成本 40% 左右；研制高速客船，可提高船速 2~4 倍；此外，还应实现船舶控制自动化，提高运输效率和运输安全保障。
港口：对港口粉尘污染和污染物的问题，在新建、扩建、改建港口和码头时，要严格执行国家有关环保政策的规定，进行环境影响评价；在设计时要充分考虑防尘问题；要结合各港口的实际情况，分期分批有计划地建立、健全港口污染接受处理设施。
4、加强政策法治建设
（1）制定交通发展战略和行业政策
抓紧制订水路交通发展战略和行业政策，提出交通发展长远战略目标、战略重点、分阶段实施步骤和重大政策，对交通行业发展进行指导和规范，使交通结构调整的方向与水路交通发展的重点相一致，以交通发展战略和行业政策指导结构调整。