从法律规定和理论逻辑上来看，农村实行村民自治制度以后，党支部与村委会并不是政治上天生的反对派与对立面，两个组织之间并不必然产生矛盾。但是，这并不意味着这两个组织的成员之间（包括党支部书记与村委会主任之间）不会产生矛盾。但是，两个组织成员之间的矛盾是否就是两个组织之间的矛盾，答案是不言而喻的。“两委矛盾”这个概念所表达的涵义恰好表明，它犯了一个简单的逻辑错误，将两个组织成员之间的矛盾等同于两个组织之间的矛盾，把个人之间的矛盾当成了组织之间的矛盾，用局部代表了全体，不恰当地夸大了矛盾。
第三，这种解释立足于农村党支部与村委会两个组织在人员构成上完全分离的情况，忽视了两个组织在人员构成上存在交叉重合的事实。在村民自治制度背景下，农村党支部与村委会两个组织在人员构成上具有多种多样的表现形式，而且有一个变化的过程。在实行村民自治制度的早期，大多数地方农村党支部与村委会两个组织在人员构成上是彼此分离的，各自具有相对独立性。后来，逐步发展到“两委交叉”和村党支部书记与村委会主任“一肩挑”，党支部与村委会两个组织越来越呈现出交叉融合的趋势，甚至在有的地方出现了党支部与村委会两个组织“两块牌子，一套人马”的情况。农村基层组织的这一改革和变化，既有协调组织关系、减少组织摩擦的考虑，又有精简农村机构、减轻农民负担的考虑。但是，我们从实行“一肩挑”以后的情况来看，农村党支部书记兼村委会主任的那个人同其他成员之间还是可能存在利益矛盾与权力斗争，这就可以让我们清楚地认识到，“两委矛盾”并不是党支部与村委会两个组织之间的矛盾，而是两个组织有关人员之间的矛盾。
“两委矛盾”这个概念的产生，主要是在实行村民自治的早期阶段，多数农村“两委分离”的情况之下。由于“两委分离”，党支部与村委会两个组织成员之间尤其是党支部书记与村委会主任之间的矛盾特别容易被看作是两个组织之间的矛盾。因为农村存在党支部书记和村委会主任两个不同的权力中心，加上农村的派系与人际关系格局的影响，党支部书记与村委会主任之间的矛盾很容易导致两个不同组织内部的成员“各为其主”，自然而然地分化为“两大阵营”。即便如此，党支部与村委会两个组织之间的矛盾也并非全面的、公开的，党支部书记个人与村委会主任个人之间的矛盾这根主线依然十分清晰。从这个意义上来说，即使严格意义上的“两委矛盾”曾经在农村局部存在，但是并非普遍存在。当“两委交叉”和“一肩挑”出现以后，农村党支部和村委会两个组织在人员构成上不再是彼此独立、互不相干的，而是呈现出“你中有我，我中有你”的局面。在这种情况下，“两委矛盾”这个概念就显得格外别扭，难以准确地反映农村权力结构和社会政治关系的真实状况，掩盖了农村存在的复杂多样的政治关系与社会矛盾，这个概念越来越成为一个牵强附会、似是而非的概念。
从逻辑学的角度来看，概念的语义决定语用，语义的界定对语用的范围以及人们的认知、判断与评价具有根本性的影响。近些年来，由于一些学者和记者对“两委矛盾”的简单表述和不恰当的渲染，使“两委矛盾”成为一个描述村民自治存在问题和负面影响的概念，致使一些地方反对村民自治的基层官员产生了“村民自治削弱党的领导”、“实行村民自治必然导致村委会挑战党支部领导核心地位”、“村民自治影响党的基层组织执政能力”等错误观念，为地方和基层党委、政府干预或者变相干预农村选举，不恰当地插手村民自治内部事务提供了借口，对村民自治的发展造成不利影响。
从方法论的角度来看，国内学者对“两委矛盾”这个概念的提炼方法具有行为主义政治学的方法论色彩。根据行为主义政治学的方法论要求，并非所有的政治概念都能进入政治学的研究之中，只有那些符合科学语言要求的政治概念才能纳入政治学研究的框架之内。而所谓符合科学语言要求的关键，就是政治概念必须具有明确的经验涵义。经验涵义能够确保实证研究所运用的概念描述、指称的事物是可以经验、观察到的对象。行为主义政治学在将具有经验涵义的概念引入政治学研究过程时，主张“价值祛除”或“价值中立”，试图形成一种没有价值涵义的纯客观的研究结论。为了达到这一目的，在概念引入的方法上，行为主义者一方面追求政治概念尽可能地同可以观察到的经验事实相吻合，另一方面则主张彻底切断政治概念同政治价值取向的关系，排除政治概念中的价值涵义。10后来，这种方法遭到一些政治学者的置疑和批评。当代美国政治学家斯特劳斯指出：“没有价值的政治科学是不可能的”。11根据这一观点，我们可以进一步认为，没有价值取向或者价值涵义的政治概念也是不存在的。在中国农村村民自治问题的研究中，一些学者并非“价值祛除”或“价值中立”的主张者，但是，在大家广泛使用的“两委矛盾”这个概念中，研究者的立场似乎处在中立地位，用一种超然的态度看待党支部书记、村委会主任、宗族势力、黑恶势力等行为主体的行为以及对立双方的关系。然而，在实际的判断和评价中，却往往带有明显的态度倾向性和价值偏向性，这就产生了概念方法与价值判断的冲突。