二、二元化对立与“两委矛盾”概念解释方法的理论缺限
国内一些研究村民自治问题的学者认为，村民自治制度在农村实行以后，农村权力结构发生了重要的变化，由于农村内部的权力资源和公共利益资源有限，因此，党支部和村委会在村庄内部事务的管理权上必然会发生争斗。围绕村庄内部权力资源和利益资源的控制权，党支部和村委会的权力斗争便会引发“两委矛盾”。那么，“两委矛盾”的基本涵义到底是怎样的呢？
根据国内学者的研究观点，“两委矛盾”通常是指农村实行村民自治制度以后，村党支部与村委会之间为争夺农村领导权而形成的权力矛盾，“两委矛盾”是农村党支部与村委会两个权力主体之间的矛盾。8这是一种典型的“二元对立”思维方式。从学理的层面来看，由于受到“二元对立”思维方式的局限，这样一种解释方法存在三个方面的问题，值得商榷。
第一，这种解释混淆了农村党支部与村委会两种不同组织的性质与角色，将二者视为争夺农村公共权力的两种主要力量。根据《中华人民共和国村民委员会组织法》第二至九条的规定，农村党支部是中国共产党在农村的基层组织，村民委员会是农村村民的群众性自治组织，二者具有不同的组织性质和组织形态。从法律对二者基本职责的规定来看，党支部的职责主要是政治性、原则性的，村委会的职责则是事务性、具体性的。尽管法律规定农村党支部要在农村发挥“领导核心作用”，但是，这并不意味着党支部要全面介入村委会承担的具体事务之中，甚至包揽村委会的职权。9从表面上看，法律对党支部在村民自治制度中的职责规定比较空虚，而对村委会的职责规定比较实在，似乎使党支部的角色陷入了一种尴尬的境地，但是，这恰恰是对政党组织与社会自治组织在功能上作出的一种合理划分，符合自治的基本精神和内在要求。一些研究者之所以感到农村党支部权力虚化，实际上是传统的“一元化领导”观念根深蒂固的影响。
在“两委矛盾”这种通俗定义的背后，隐含着这样一个基本假设：农村党支部与村委会在村民自治具体事务的管理上属于两个对等的权力主体，党支部同村委会存在权力博弈关系。
在对“两委矛盾”这个概念所表示的经验事实的解释中，解释者往往自觉或者不自觉地使用“囚徒困境”这一博弈模型的分析方法。许多使用“两委矛盾”这一概念的学者常常把党支部与村委会当作是权力博弈的双方，用彼此相互背叛的可能性来解释“两委矛盾”产生的原因。从法理的角度来看，把党支部与村委会当作村民自治具体事务管理权的同等主体看待，本身就是不符合法村民自治律精神的；从解释方法的角度来看，将党支部与村委会的关系看作“囚徒困境”型权力博弈关系，是对博弈模型的误用。也许，在一些地方，党支部与村委会的关系可能走向相互背叛的“囚徒困境”型博弈，但是，在另外一些地方，党支部与村委会的关系也存在走向合作互利型博弈的可能性。因此，用一种可能性排斥和替代另外一种相反的可能性，这种研究方法本身是有局限的。
第二，这种解释混淆了农村党支部书记和村委会主任个人与组织的区别，简单地将村支书等同于村党支部，村委会主任等同于村委会。在“两委矛盾”这样一种表述中，实际上包含了党支部与村委会的矛盾、党支部书记与村委会主任的矛盾、党支部成员同村委会成员的矛盾这样三种不同程度的矛盾，其中，最主要的是党支部书记与村委会主任的矛盾。而问题的关键则在于，“两委矛盾”究竟是党支部与村委会两个组织之间的矛盾，还是党支部书记与村委会主任两个人之间的矛盾？或者两个组织其他成员之间的矛盾？而不同类型的矛盾，完全具有不同的性质，事关我们对具体问题的判断、分析和所要得出的结论。如果是组织对组织的矛盾，这样的问题就非同小可，它关系到村民自治制度的性质和发展方向；如果是个人之间的矛盾，则并不会影响村民自治制度的性质和发展方向。