制度分析方法真正对发展经济学产生巨大影响是在20世纪80年代以后。以V·奥斯特罗姆、D·菲尼、H·皮希特等为代表的一批学者利用科斯和诺斯等人开创的新制度经济学分析方法，对以资源、技术和人的偏好来解释经济增长的传统经济思想提出了挑战，为发展经济学提供了新视角。在短短的十几年内，新制度经济学分析方法已经引起了发展经济学家们的高度重视，制度内生的经济发展理论已成为发展经济学的一种流行的观点。[4](p.41)
二、新制度经济学的引入给发展经济学带来的新变化
1、在方法论上
新制度经济学首先在研究方法上对传统的发展经济学产生了巨大的影响。人们在对新制度经济学开山鼻祖科斯论文的详细考察中发现，“其研究方法具有三个突出的特点：一是仅仅研究现实的经济现象，不仅研究的对象是现实中出现的具体案例，而且模型的假定条件也要符合现实；二是注重以个案为基础的小样本研究，重视归纳，但不排除演绎；三是从边际上入手。” [5]诺斯也强调：“历史至关重要。……因为现在和未来是通过一个社会的连续性与过去连接起来的。今天和明天的选择是由过去决定的，过去只有在被视为一个制度演进的历程时才可以理解。”[6](P.2)这对后来运用新制度分析方法研究发展问题的学者产生了深远地影响。V·奥斯特罗姆、D·菲尼、H·皮希特等人对“运用启发式研究”的推崇即与科斯、诺斯一脉相承。他们期望“运用启发式研究来详细阐述选择—行动的情况以及这些情况内在的约束和刺激”，传统经济发展理论特别是新古典理论“被过度概括模型的危险……（能够）在某种程度上通过对启发式研究如何在特定环境适时并安置可变物进行详细说明而得到避免 。”在现实个案研究的基础上，制度分析可允许我们“穿透”社会事实而不是远离事实的分析模式来对发展问题予以说明。同时，通过“跨文化的启发式研究”得到大量的个案积累，也“应该产生对不同的社会和文明内在的行动倾向理解水平”。[2](pp.351-353)
事实上，不同国别发展绩效的差异，只用正式制度安排往往并不能做出有效的解释，非正式的制度安排在许多情况下对发展绩效会有更大的影响。新制度经济学个案研究方法的采用正是源于其对不同时空中制度的复杂性和多样性、发展中国家经济发展的初始条件具有的较大异质性和特殊性的深刻洞见。新古典主义的约束条件根本不足以表达这诸多的复杂性。传统的发展经济学是在偏好既定的假定下将对经济发展具有深远影响的文化、意识形态等制度因素给排除了。从这个意义上说，新制度经济学不仅克服了新古典经济学的过度简单化倾向，而且还克服了其把经济理论置于抽象时空的历史虚无主义。
以赫希曼、缪尔达尔为代表的早期发展经济学家也曾就一些发展中国家的情况进行过个案研究，但由于其主要是从总体上来把握有关变量，因而充其量只是一些粗糙的描述和分析。新制度经济学倡导方法论个人主义，认为“对社会单位的分析必须从具体成员的地位和行动开始”，“‘社会’、‘人民’、‘企业’或‘政党’不是再被认为是‘一个像个人一样行动的集体’”。[7](p.4)V·奥斯特罗姆、D·菲尼、H·皮希特等学者也明确指出，“采取这样的（启发式研究）方法时，我们不必设想人类经验的世界需要被概念化为诸如‘国家’和‘社会’、‘市场’和‘经济集团’或者‘社会主义’和‘资本主义’这类笼统的东西。我们可以取而代之地设想交换关系存在于所有社会之中，市场可以具有不同的特征，在行动情况中的角色既面临约束也面临机会，约束和机会的存在依靠各种结构的环境所组成的要素之中。”[2]( p.351)对特定环境下个体行为的重视有可能为新制度经济学的理论建立坚实的微观基础，克服结构主义微观基础建构不力的缺陷和新古典主义过于抽象的不足。
虽然以科斯为代表的新制度经济学在引入制度作为分析对象的前提下，基本保留了新古典主义方法的“内核”，具有与新古典主义一样的静态和比较静态的分析特征。但是，以诺斯和福格尔为代表的新经济史学派，则通过对制度变迁与经济发展历史的考察，更具有动态特征。避免了新古典方法将静态方法用于分析发展这一动态问题的窘境。