从机制的角度分析，财务控制以消除隐患、防范风险、规范管理、提高效率为宗旨和标志。由于任何个体都有其目标，财务控制从内部而言，首先就是要减少个人目标与组织目标的冲突，同时从外部还要减少组织行为与政府财务管理目标的冲突。因此，非营利组织的财务控制是一种管理活动。财务控制是一种连续性、系统性、综合性最强的控制。它在非营利组织经济控制系统中处于一种特殊的地位，起着保证、促进、监督和协调等重要作用。
（二）非营利组织财务控制的主体
财务控制的基本功能是限制委托人和代理人之间的财务信息的不对称性、财务契约的不完全性和财务责任的不对等性。根据委托——代理理论，代理关系存在于一切组织、存在于经济组织的每一个管理层次上。前面我们已经得出结论，存在于非营利组织中的委托——代理关系具有三个层次，因此，其财务控制也可以分成三个层次：第一层次是财政部门代表政府进行的财务控制，由于它来自组织以外，我们把它作为外部财务控制来研究；第二个层次是非营利组织的管理者对其内部各职能部门的控制；第三个层次是其内部职能部门对员工的控制。由于第二、三两个层次的控制来自于组织内部，属于内部财务控制的范畴。因此，非营利组织的财务控制来自于两个层面：一是来自于组织以外的控制——主要是政府财政部门的控制；一是来自于组织内部的财务控制——这一层次控制主体主要是非营利组织的管理者，而财务人员的作用是最基础的。
虽然外部财务控制与内部财务控制都不可偏废，但就大部分非营利组织而言，外部财务控制显得尤为重要。财政部门是政府专司国有资产和财政性资金管理的职能部门，通过财政政策及其他手段，可以直接或间接影响制度相比，执行财务控制制度同样重要。一项制度如果没有人执行，则形同虚设，不建立制度和不执行制度在效果上是一样的。因此，内部财务控制也不可偏废。
相对而言，在非营利组织建立起内部财务控制制度的目的，首先是执行外部财务控制制度，为外部财务控制的目标的实现提供合理的保证。从一定意义上说，其外部财务控制目标实现了，也部分地实现了内部财务控制的目的。当然，在围绕外部财务控制实施内部财务控制的同时，内部财务控制也要为实现内部管理目标服务。
从机制的角度分析，财务控制决不只是财政部门和组织内部财务的事情，也不是非营利组织管理者的责任，而是政府对非营利组织进行的综合的、全面的管理。在非营利组织，一个健全的财务控制体系实际上是完善的财务管理体制的体现。反过来，财务控制体系的健全也会促进财政管理体制的完善。
（三）非营利组织财务控制的目标
1.总体目标。目标是系统所希望实现的结果。财务控制目标是财务控制活动所要达到的目的，是评价财务控制活动是否合理的标准。非营利组织财务控制的目标是非营利组织财务控制所要达到的目的。如前所述，财务控制的对象是非营利组织及其内部机构的财务行为。应该说，非营利组织外部财务控制的目标与内部财务控制的目标具有一致性，即促使其单位内部建立和完善符合管理要求的财务管理结构；依法、科学地规范非营利组织的财务收支行为；督促非营利组织建立行之有效的财务风险控制系统，强化风险管理，确保履行职能过程中各项业务活动的健康运行；通过财务控制堵塞漏洞、消除隐患，防止并及时发现和纠正各种欺诈、舞弊行为，保护国有资产的安全完整；确保国家有关财务、财政管理的法律、法规和政策的贯彻执行，提高资金的使用效益。
2.非营利组织外部财务控制的目标。非营利组织外部财务控制的实现除总目标之外，还应该达到以下目标：
（1）非营利组织属于非物质生产领域，但也同样是国民经济的重要组成部分。非营利组织一方面为社会提供科学、文化、教育等等方面的服务，另一方面又是商品、劳务的购买者和消费者。非营利组织必然要介入市场，必然要按照市场经济的一般规律去办事。