2.关于村民委员会与乡镇政府的关系问题。是否坚持乡镇政府与村民委员会的指导与被指导关系，实际上也就是是否坚持村民委员会的自治性质的问题。
在推行村民自治的过程中，不少乡镇干部认为如果改变长期以来乡村之间存在的领导与被领导的关系，那么乡镇政府就会成为无脚的螃蟹，造成工作被动，而不少村干部则对长期形成的乡村之间行政隶属关系也习以为常，乡(镇)政府叫办什么就办什么，乡(镇)政府叫怎么办就怎么办，他们认为这样既可避免得罪村里的父老乡亲，又可以搞好与乡(镇)领导的关系。基于上述认识上的原因，表现在村委会职能行使上对乡(镇)政府的依赖性，不少人还提出应改指导关系为领导关系。
其实，所谓乡镇政府与村委会之间的指导与被指导关系，主要是指在一个村的村务范围内而言的，即一个村在处理本村公共事务和公益事业方面，村民委员会应该真正发挥村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众自治组织的功能。在这些事务方面乡(镇)政府实际上管不了、也不应该管，而只能起一定的指导作用。但是，如果超出丁一个村的范围，涉及到全乡(镇)、全县(市)、全省、乃至全国的事务，如有关落实农产品的收购合同、种植面积的规划、土地管理、控制农民群众负担、产业结构的调整、计划生育、征兵、优抚和扶贫等项工作，村委会则应在乡(镇)的领导下、协助乡(镇) 政府去完成。所以，村民自治是相对的，不是绝对的，更不能以为实行村民自治就可以完全不要上级政府的领导了。正是“乡(镇)政(指乡镇政府)”与“村治(指村民委员会)”的结合，在今日中国农村已经形成了一种全新的政治格局。只有当一百多万个村民委员会在乡(镇)政府的指导下搞好“村治”；只有当五万多个乡(镇)政府在村委会的协助下顺利完成“乡政”，在我国农村才能出现政通人和、欣欣向荣的局面。
3.关于村民委员会与村党支部的关系问题，村党支部的核心地位和作用乃是贯彻《村民委员会组织法》，实行村民自治的重要保证，实践证明，能否真正树立村党支部的核心地位、发挥村党支部的核心作用，不仅关系到一个村的经济发展，而且关系到村民自治制度的顺利推行。但是在一些地区农村的基层党组织由于党员年龄老化、新党员发展缓慢、对党员的教育放松，使得党的组织削弱，活动减少、甚至处于软弱涣散状态，像这样的党的基层组织在群众中的威信和影响必然大大下降，当然就不能起到核心作用了。在这样的地区又出现了封建势力抬头，甚至旧的族长、头人、寨主把持村务也就不足为奇了。所以树立村党支部的核心地位，发挥村党支部的核心作用的关键是加强农村基层党组织的建设。也就是说，村党支部的核心地位是靠村党组织在群众中的威信和全体党员在群众中的表现和模范行为树立起来的。
关于村党支部与村委会的关系问题，首先应该看到这两个组织具有不同的性质和作用，不能混用，也不能互相代替。我在农村考察过程中，常常听到一些乡、村干部说：“村党支部应以村委会为依托”，有的甚至干脆把村委会与村妇联、村共青团等群众组织并列。这无疑是贬低了村委会的地位和作用，忽视了村委会在农村基层推行村民自治过程中的“主体地位”，忽视了村委会是实行村民自治的“主要组织形式”。所以在强调以村党支部为核心的同时，必须强调村民委员会在村民自治活动中的主体地位。党领导的实质就是要领导人民当家作主，一个村的党支部就是要领导本村群众通过村民委员会去实行村民自治，真正当家作主。
(作者为华中师范大学政治学教授、农村问题研究中心主任)（完，空心雨论文网）