《村民委员会组织法》正式颁布实行五年多来，中办、国办、中纪委、中组部、中宣部、监察部、公安部、民政部、司法部、农业部先后就《村委会组织法》的学习宣传、村委会选举、村委会公章管理、村务公开、提高农村妇女在村委会选举中的当选比例、村委会选举中的治安工作等一系列问题，出台了专门的政策性文件。截至2003年，全国31个省份，已有28个省份制定或修订了《村委会组织法》实施办法，有25个省份制定了村委会选举办法，河北、广东、湖北、陕西等省还专门制定了本省的《村务公开工作条例》。这五年多出台的村民自治政策、法规，无论是数量，还是质量，都超过了以往任何时期，有力地保证了《村委会组织法》的贯彻实施。
总体来看，《村委会组织法》的贯彻实施，初步理顺了国家与农民的利益关系、党支部与村委会之间的关系、村干部与村民之间的关系、村民与村民之间的关系。20年来中国村民自治的发展，主要成效表现在以下几个方面：第一，推进了农村基层的社会主义民主建设，扩大了农民群众当家作主的权利，增强了他们的民主意识和自我管理、自我教育、自我服务的民主自治能力,给农村工作注入了新的生机和活力，极大地推动了农村物质文明、政治文明和精神文明的协调发展。第二，在改革开放、实行社会主义市场经济、农村经济社会结构和管理体制发生深刻变化的背景下，有效地维护了农村社会稳定，化解了很多新出现的矛盾和不稳定因素。例如，村委会实行“村务公开”制度，村民依法行使民主选举、民主决策、民主管理、民主监督的权利，遏制了村干部发生以权谋私现象，密切了党群、干群关系。第三，保证了广大农民群众能够面向市场，因地制宜地依法进行自主生产经营和致富奔小康，促进了农村经济的持续稳定和快速增长。
当然，以村民自治为核心的农村基层民主建设还不完善，目前还存在着不少需要继续探索有效办法、进一步加以解决的问题：
一是乡镇政府与村委会之间的工作关系需要从法律上进一步予以明确，并使之具有可操作性。《村委会组织法》规定二者之间是指导与被指导的关系，但在实践中乡镇政府如何“指导”村委会工作还有待于进一步明确。
二是部分村党支部与村委会关系不协调的现象仍然存在。例如，有的党支部成员把发挥党支部的领导核心作用理解为党支部包办一切，不注意发挥村委会的作用，有的村委会干部不尊重党支部的意见，不接受党支部的领导，把党支部抛在一边，等等。
三是村民自治工作发展不平衡。包括：村民自治在不同地区的发展不平衡，村民自治“四个民主”的发展也不平衡。例如，村委会的民主选举和“村务公开”做得较好，但民主决策和民主管理工作则存在不同程度的形式主义，对村委会和村干部的民主监督落实得不到位，村民会议、村民代表会议流于形式的现象较为普遍。
四是村民群众的民主法律素质仍有待提高。例如，有的村民群众不清楚自己有哪些民主权利，或不能认真和正确地行使好这些权利。有些村民只想要权利，而不愿履行应尽的义务，以自己没有参加或不赞成为理由，拒不执行村民会议或村民代表会议通过的决定。个别村民依仗财势，违背选举规则，采用贿选、拉票等手段操纵、干扰村委会选举的正常进行。贿选、拉票问题在各地都有案例发生，在一些经济比较发达的地区有一定普遍性。
五是欠发达地区村民自治工作有待进一步加强。在贫困地区，由于面临诸多困难，村集体经济基础非常薄弱，有的村负债累累，这使许多人不愿当村干部，不愿积极参加村委会的选举和公共事务管理工作，部分村民对村民自治事务漠不关心，这极大地影响了村民自治水平的提高和农村经济社会的进步。
针对这些问题，党和政府需要加强领导，调动各种社会资源、采取相关措施加以解决。例如，要切实搞好农村基层政权建设和基层党组织建设，进一步规范乡镇政府和村委会、村委会与村党支部的关系；加大宣传教育和培训工作力度，进一步提高村干部和村民群众的民主素质和依法自治的意识；加大对欠发达地区的投入，积极扶持欠发达地区村民自治的发展，等等。相信在“十六大”精神指引下，在党和各级政府的领导下，经过各有关方面的共同努力，这些问题会得到有效解决，农村基层民主建设工作将迈上一个新台阶。