综上所述，我国的个人所得税制度改革，应从以下几个方面着手：
首先，要采用综合所得课税为主、分类所得课税为辅的混合所得税模式。目前世界上普遍实行的是综合所得税制或混合所得税制，如美国、加拿大、澳大利亚等国普遍采用综合所得税制。我国的分类课税模式存在着既缺乏弹性又加大了征税成本的弊端，但在目前要完全放弃分类所得课税模式也不现实，会加剧税源失控，税收流失。因此，建议我国个人所得税制采用综合所得课税为主、分类所得课税为辅的混合所得税制，按照不同所得进行合理分类：属于投资性的、没有费用扣除的应税项目，如利息、股息、红利所得、股票转让所得、偶然所得宜分类所得征税；属于劳动报酬所得和费用扣除的应税项目，如工资薪金、劳务报酬、生产经营、承包承租、稿酬、特许权使用费、财产租赁、财产转让等项目，宜实行综合征收。
其次，通过科学测算，健全个人所得税费用扣除制度：一是为取得收入所必须支付的有关费用，二是维持劳动力简单再生产的“生计费”，这部分费用应根据纳税人赡养人口的多寡、婚姻状况、健康状况、年龄大小等进行扣除。具体而言，可以设想为：随着我国个人收入水平的提高以及住房、医疗、保险等福利制度改革的实现，同时也因综合课征项目的增加，个人综合课征项目的综合收入将大幅度提高。因此，纳税人个人生计扣除的基础标准也宜相应提高，至少应提高至1500元/月（合18000元/年）。这样才能保证一个单职工的三口之家在人均可支配收入月500元（年6000元）（6）时，基本能维持生活。另外，还应根据最低生活保障要求和教育支出的需要，对于无收入来源的配偶、赡养的老人、抚养的受教育子女等，设计按年扣除的配偶扣除和养老育幼扣除。其中，个人基础扣除可在工薪所得按月（或按季）预缴（或源泉扣缴）时计扣，以免影响广大工薪者的基本生活支出，并减少年终汇缴的退税面；而其他扣除项目仅在年终汇算清缴时计扣。
再次，以家庭为纳税单位，体现“以人为本”的人文主义原则。个人所得税的最基本目标是有利于收入分配的公平化。从这个角度来说，收入差距的扩大，也主要体现在家庭收入水平的差距上，即是个人收入的差距最终要体现在家庭收入差距上。而且在我国，由于受传统文化的影响，家庭观念非常重，对家庭行为的调节成为调节经济和社会行为的基本点，因而对收入分配的调节完全可以集中到对家庭收入的调节上。所以，个人所得税应选择以家庭为纳税单位，力争做到相同收入的家庭纳各自相当的税，更好地体现税收的公平原则。选择以家庭为纳税单位的最重要之处就是可以实现相同收入的家庭纳相同的个人所得税，以实现按综合能力来征税。并且以家庭为单位可以实现一定的社会政策目标。
最后，我国个人所得税的调节作用低效，逃、避税现象比较普遍，税收流失严重，原因之一就是税基隐性问题。为此应采取措施尽可能使个人收入显性化，而解决这个问题并非税务部门所能解决的，需要相关部门出台各种配套措施来进行。具体为：
（1）尽快建立个人财产登记制。可以界定个人财产来源的合法性以及合理性，将纳税人的财产收入显性化，还可使税务机关加强对财产税、遗产税等税源控制。
（2）实行并完善储蓄存款实名制。这一举措已经在2000年实行，但只是初步的，还很不完善。不但要在所有银行之间联网实行储蓄存款实名制，而且要在银税微机联网的基础上实行储蓄存款实名制，这将在一定程度上克服和解决税源不透明、不公开、不规范的问题。
（3）实行居民身份证号码与纳税号码固定终身化制度，并在条件具备时实行金融资产实名制。即在存、取款和进行债券、股票交易时均需登记居民身份证号码，为税务机关掌握个人收入创造有利条件。
（4）逐步建立和完善个人收入监督体系。一是要建立支付人申报制度，所有支付个人收入的单位和个人，都必须定期向税务机关申报支付个人收入的有关情况，未按规定申报的要受到必要处罚；二是建立普遍推选纳税人自行申报制度，建立源泉扣缴和自行申报制相结合的模式。