目前，电子文件归档的类型有磁盘、光盘、磁带，为了做好这项工作，应按档案种类分别整理组盘。
１、文书电子档案整理
一是内部文件。以年度、组织机构、保管期限进行组盘。第一按不同年代、组织机构、保管期限进行组盘；第二将不同年代、组织机构、保管期限的文件分盘保管，便于按不同年代、不同期限定期拷贝，以延长归档电子文件的保管寿命。将同一归档部门的文件集中在同一盘上方便利用。为了确保文书电子文件组盘统一规范，应由档案部门在接收归档文件时集中完成，组盘后，档案人员应以统一的数据库结构和规范命题，并建立文书档案盘内文件目录，便于计算机对盘内文件查找。二是外来文件。通过文书室处理，扫描成影像文件进入网络，各类公文的传递、批办、督办均在网上操作。电子文件的归档工作由业务部门掌握，处理完毕的文件由承办部门根据文件的重要性，确定密级和保管期限，按归档键转入档案部门，档案人员审查后，加上档案管理信息，如：分类号、档号等，然后进入档案数据库。如要查询，则可通过各个网络终端在其权限范围内进行查询。
２、科技电子文件归档
科技电子文件档案种类较多，可以按照基建、设备、科研、房地产、声像档案分类管理，然后再按项目归档。
Ａ．基建档案。基建档案的形成一般是利用计算机打印使用规范的纸张输出的，所以，数据信息整理时就按档案管理要求进行输入，对纸质文件的实体进行扫描，并按案卷号、图号、序号连接起来，使终端用户直接检索到每一张图纸资料。
Ｂ．设备档案。企业引进技术和购置各种设备时，外商提供资料、图纸的载体形式逐渐向电子文件方向发展，国内设计院设计的产品也逐步实行了ＣＡＤ设计，而且企业的总图管理也采用了电子化。所以，在引进设备时必须在合同中明确提出电子文件的必要条件，如：系统环境、工作平台、文件格式、缩微胶片等等。在移交电子文件软盘、光盘或其他载体的同时，应该附上电子文件内容说明和注意事项。
３会计电子文件整理
Ａ．工资单。工资以光盘形式归档时，应附有纸质的每月工资汇总表，并列出单位、名称、代码、人数、明细工资等，同时还应附移交清单，作为财务和档案部门双方交接时的凭证。
Ｂ．账簿。企业会计账簿内容已进入计算机管理系统，现在看到的实物实际上是计算机的打印件，计算机账簿的格式比较统-，其内容也可以光盘形式保存。但光盘归档时必须启用账簿交接表，填明机构全称、账簿名称、编号、账簿页数、启用日期，负责人、主管会计、审核、记账等人员必须签名，以增强账簿的真实性和凭证作用。
二、电子档案的保护
由于归档电子文件以脱机方式保存，在实际使用中大量电子文件还是用软磁盘保存。光盘作为新型的存贮载体，比磁盘有良好的抗干扰能力和结构稳定性，有利于归档电子文件的长期保存，因此，提倡档案部门配备光盘刻录仪，将归档电子文件转储到光盘上。但是，刻录仪一时还难以普及，所以，软磁盘和光盘的保护仍是当前归档电子文件载体保护的重点，必须制定保护措施。
１、软磁盘的保护
Ａ、统一软盘的规格，使用３．５寸高密盘保存。
Ｂ、把住软磁盘质量关。软磁盘的质量直接影响到磁盘信息的保存寿命，高质量的软磁盘在良好的保管条件下可保存近１０年，而低质量软磁盘往往不到-年，就读不出数据。目前市场上存在不少质量低劣产品，所以在选购软磁盘时要认真把好质量关。
Ｃ、规范保管条件。要求软磁盘存放在无强磁场干扰、无震动、无尘、无腐蚀气体和温湿度适中的环境里，环境空气相对湿度控制在４０％一５０％，温度控制在１４-２４℃。
Ｄ、加强病毒防范。要求各业务部门加强计算机的病毒检测，确保保存电子文件的磁盘不带病毒，并将磁盘经常置于保护状态。
Ｆ、对加密盘的管理。有的电子文件在存盘时进行过加密或隐含文件名，如果密码或文件名被遗忘，电子文件就难以打开。所以对这类文件应该解密或显现文件名后再归档保存。