1999年起，为落实中央扩招政策，满足群众对高中特别是优质高中教育的需求，市政府启动了示范校工程。示范校建设工程三年市级财政累计投入2亿元，引导区县资金2亿元以上配套资金投入；同时运用信贷及财政政策，积极探索教育投资体制改革，推出高中教育项目贴息贷款办法，筹措资金5亿元，支持我市普通高中教育适度超前发展，极大地缓解了资金供需矛盾，最大限度满足了人们日益增长的对享受高层次教育的需求。
三、理顺教育管理体制，进一步明确办学职责，调动各方面办学积极性。
按照财权与事权相统一的原则，进一步完善了基础教育主要由区县负责、分级管理的体制。自2000年起，将大部分由原市级安排的基础教育专项经费下划区县管理，同时将14项行政审批权下放或取消，加大了区县政府对基础教育的统筹管理权限，调整政策将49个边远山乡的教育经费收归区县财政统筹，理顺了市、区县、乡三级办学职责，加强了各级政府对基础教育统筹规划和管理的力度，调动了办学积极性。
按照“联合、共建、调整、合并”方针，进一步深化高等教育办学体制改革。积极响应中央及市政府决定，“九五”期间落实共建经费1.1亿元，与清华大学、北京大学等五所中央重点高校实现共建，为中央高校与市属高校的对口学科或相近学科建立支援、协作关系提供机会，加强了市属高校的学科建设和师资队伍建设，促使市属高校不断提高办学水平。同时，在中央部委院校划转地方，高等教育规模不断扩大的情况下，优化教育资源配置，本着学科互补的原则，安排专款，实行院校结构调整，将19所划转高校调整为15所，整合了教育资源，增强了高等院校自身发展实力。
实施“积极鼓励，大力支持，正确引导，加强管理”的方针，促进我市社会力量办学事业的发展。1998年，与市教委等部门转发了中央《社会力量办学条例》，2000年市政府颁布了《北京市社会力量办学若干规定》，在政策上明确了社会力量的办学方向，进一步促进办学体制改革的深化，吸引社会力量参与办教育，初步形成多渠道筹措教育经费的办学格局，有力地拓展了教育事业发展的空间。
四、加强预算管理，提高教育经费的使用效益。
在不断加大投入力度支持各类教育发展的同时，财政部门转变职能，优化支出结构，从单纯的财政拨款管理转变为以收支统管为基础的零基预算管理。特别是实行部门预算改革以来，在科学预算编制，严格预算管理等方面进行了一些有益的探索：贯彻第三次全教会精神，按照逐步建立合理的教育成本分担机制的要求，在预算安排上，我们本着对非义务教育阶段，学校的正常维持性运转所需经费应主要从收取的学费解决，财政拨款主要投向使学校上规模、上档次等发展性支出的原则，逐步提高收费标准，重新核定学校支出规模的基础上，减少对学校正常运营经费的补助，集中财力，重点用于对学校发展所需资金的投入，扭转了“吃饭财政”的局面。
改变高校财政拨款办法，市教委所属高校由原来的实行公用经费定额改为实行生均综合成本定额。按照规范管理、分类核算、公平对待的原则，将各院校按学科设置特点，划分为文史类、理工类、农林师范类、医类、综合类、艺术类、高职类七大类，按学校发展水平，区分重点院校、一般院校。在预算核定上，综合考虑学校预算外收入水平、办学规模、生师比、政策性增资等因素进行测算，对同类学校实行按同一定额标准核定，避免了规模相当的学校定额不同造成的苦乐不均的差异问题，促使学校加强内部管理，提高管理水平。
按照公共财政的要求，进一步界定财政供养范围，规范财政供给方式。对市教委所属企业化管理的事业单位实行三年递减的财政供给政策。同时，对创收能力较强的事业单位，以收支统管为依据，在核定单位合理支出的基础上，实行定项补助，进一步明确财政供给范围和标准。
科学论证，加强专项资金管理。市教委部门预算探索实行教育咨询委员会咨询论证制度，由各主管部门结合事业发展规划和市委、市政府工作重点提出专项资金项目指南，由有关专家结合北京市经纱发展规划及教育发展特点，就专项资金投入方向进行可行性论证，财政部门根据财力水平核定，增强了教育资金投稿决策的科学化。北京财政