3、大量非规范关联交易的存在，会扭曲资本市场资源配置的功能，误导投资者错误投资理念的形成。资本市场的最基本功能是资源的优化配置功能，即通过上市将社会资源向那些业绩优良，有发展前景的公司集中，从而提高资源的利用效率。但是非规范关联交易的存在，使那些没有多大发展前途的公司经营业绩能够一下子提升，给人造成一种繁荣假象，投资者资金向这些公司集中，会产生“劣币驱逐良币”的后果，导致资源利用效率的低下。同时，此类上市公司股价往往处于高位，易形成巨大泡沫，危害证券市场的稳定和发展。另外由于关联交易操作而导致股价上涨，容易误导投资者形成一种越投资绩差股越赚钱的错误理念，也不利于我国资本市场的健康发展。
4、过多的关联交易，会降低上市公司的竞争能力和独立性。采用购销方式的关联交易，在使上市公司业绩产生水分的同时，更对上市公司的发展产生不利影响，使上市公司对母公司的依赖性太大，独立能力大大弱化。一些上市公司甚至书异化成集团公司的一个生产车间或加工场所，原材料的采购和产品销售都由集团公司包了。一旦母公司不再承担这种义务，或者市场竞争进一步加剧，上市公司抗击外部风险能力不断衰弱甚至最终丧失，主营业务必然陷入困境。如湖北兴化随着采购关联交易的急剧减少，从1998年以来，主营业务收入开始明显的减少。
四、规范上市公司关联交易的建议
目前我国关于上市公司关联交易信息披露的规定，只要求披露关联交易方，关联交易的内容、数量、金额以及该项交易对公司的影响，但缺少关联交易定价的基础。缺少独立第三人（独立董事或财务顾问）对此次交易是否合理公平的意见。我国关联交易信息披露制度的不完善，为非规范交易提供了可钻的法律空子。
第一、完善关联交易披露的会计准则。我国《企业会计准则??关联方关系及其易的披露》规定关联方交易的披露应当遵循重要性的原则，但由于重要性原则的运用，更多要依靠职业判断，对于批露的内容只是指导性的，因此有些企业对于一些较敏感的关联交易该披露而不披露。在判断披露标准时，往往以交易的金额作为依据，而不是以关联交易对企业财务状况和经营成果的影响程度来确定，这些问题的解决有待于制度的细化。定价政策是关联中的一个关键性问题，准则只说明要批露定价政策，但采用什么定价政策并没有说明，因此一些上市公司在关联购销价格中通常披露“价格按照协议价格执行”，但价格究竟是多少，投资者仍不得而知。因此，应不断完善关联交易的会计准则，使信息披露有章可循。
第二、规范市场中介，发挥中介机构的监督作用。关联交易中最关键的因素是关联交易的价格，资金占用费，资产评估价格等价格因素。而这些信息的最终批露要通过注册会计师等社会中介机构的审计。但许多会计师事务所的运作极不规范，会计师事务所为了从上市公司获得审计业务，常常迎合上市公司的不合理要求，与上市公司沆瀣一气，降低了审计质量，为上市公司利用关联交易转移利润开了方便之门。因此应进一步规范会计师事务所和资产评估事务所的运作，把好审计、资产评估等社会中介性工作这一关，确保信息披露的真实性、合法性及完整性。
第三、加大执法力度。对没遵守准则进行的披露应进行惩罚，对已造成实际损害的尤应严惩。控股股东在没有相应制裁措施约束的情况下，利用控制权操纵关联方交易，将更加倾向于侵害公司利益，造成中小股东的利益受损。为此，应在会计法中规定：当公司股东迫使公司行为违背正常的商业条件，给第三者造成利益损失时，应对其行为后果承担相应的责任。可借鉴国际上通行的做法，制定相应的股东派生诉讼制度和控股股东赔偿制度，以保护中小投资者的利益。
第四、规范关联企业关系。由于我国证券市场发展的目的之一是为国有企业改革服务，很多企业上市采用控股的子公司上市，这种“剥离上市”和关联企业自身行为的不规范，使上市公司与控股大股东或第一大股东之间发生关联交易的频率过高。为了避免上市公司利用关联交易操纵利润，在企业改组上市过程中，应该规范关联企业之间的关系，对有关企业上市之前的改制，资产重组时应将供应、生产、销售组成具有独立完整的系统并迫使上市公司具有直接面向市场独立经营的能力。这样会大大地减少关联交易的产生，为杜绝不当关联交易打下坚实的基础。