而在当前现实的政治体制下，乡镇党委和政府更多地是代表国家的利益，执行上级党委和政府的各种管理任务。由于政府天然的特性（即它不可避免的自利性）和当下中国政府固有的特性（即它较少被人民约束），因此在农村社区这个官民共治的社区范围内，我们看到了种种难以调和的矛盾和冲突。解决这种矛盾和冲突的办法，即使是在大的体制没有改革的情况下，也可以通过加强乡镇党委和政府的民主化水平，即更多地通过社区党员和农民的直接民主，来实现乡镇党委和政府的角色改造，以期实现农村社区新的治理格局的形成。乡镇政府必须将自身改造成为国家与农民的良好结合点，成为行政管理与居民自治的平滑联接部，成为政治国家与公民社会的利益平衡器。只有乡镇的直选，才能完成这种柔性的过渡与角色的改造。
但当前我们还面临着现实的困惑，比如：
1．国家尚没有一个统一的乡镇政府改革的部署，而只是将其列入2007年整个国家改革的五项任务之一，[x]并且只有原则上的表述而没有具体的操作设计。
2．已有的各地区的乡镇改革，在取得巨大成绩的同时，也存在着许多问题。如精简下来的乡镇干部得不到安置，并有不少地区出现人员数量的反弹；许多乡镇并没有将职能转变到为本社区提供公共服务上来，仍然将“招商引资”作为压倒一切的头等大事；原来派驻乡镇的“七所八站”被取消事业费后，由财政统一“花钱买服务”，但这些原有的事业单位及人员不能适应这种服务方式的调整，出现了生存的危机；税费改革后，乡镇收入减少，而国家的转移支付又没有到位，其向农民提供公共服务的能力严重下降；县级改革不配套，仍然习惯沿用过去的方式向乡镇布置大量指令性的工作任务，并以此作为对乡镇工作人员的考核标准；部分地区出现了削弱乡镇政府权力的现象，如“乡财县管”；等等。
3．乡镇直选的试点没有得到国家的明确支持，反而由全国人大出面强调应按照现行法律进行乡镇长的间接选举[xi]。同时，从目前情况看，由于县乡改革不配套，一些乡镇长直选的试点出现了选举成果不能够延续下来的“孤岛”现象。除了自身改革需要完善外，主要问题出在当前的乡镇不是一级功能完整的政府，其责、权、财有着严重的错位和脱节。因此下一步要重点改革县级政府，一是向乡镇下放权力，将乡镇政府履行公共服务职能所需要的权力下放给乡镇。二是改变管理方法，过去那种动辄以责任状、一票否决、层层落实责任等形式施加给乡镇政府的、根本与乡镇职能不符的、不切实际的任务目标的行政运行机制必须改变。县与公推直选乡镇领导的乡镇的关系，已经不应再是简单的上下级关系。这种乡镇领导已经有了新的权力来源，虽然这些乡镇领导人大多是县委推荐的，但起码从形式上讲，他们是老百姓选出来的，是农民直接授权和委托的。对于这种乡镇干部的管理，要有新的形式。县对他们要更多地放权，更少地下达各种指令性任务，更为尊重他们的治理方案，基本在任期内不变动他们的职务，在各种国家资源的转移支付中予以平等的待遇。
4．少数“扩权强乡”的试验，缺少配套的改革来支撑，其命运是否会与当年莱芜一样，还不好说。
5．国家有关新农村建设的部署与农村社区建设的要求之间，存在着不协调的地方。即农村社区建设的任务还只是定位于一种服务和服从于新农村建设的措施，其意义在于发掘农村现行政治组织之外的治理资源和活跃农民文化生活，以维持一种国家主导的秩序。
总的看，当前我国乡镇政府的改革创新，还处于一种摸索阶段。面对税费改革后的形势，国家还没有完全统一对下一步乡镇政府改革的认识，也没有能够从县乡村三级联动改革、乡镇改革与农村社区重建、乡镇改革与农民组织建设等方面系统谋划乡镇政府改革。
但乡镇政府的改革创新已经刻不容缓。在税费改革后，乡镇政府改革虽然面临着空前的机遇，但也存在着巨大的矛盾。在当前地方政府财政普遍困难，基层政府自身运转面临危机的情况下，作为一级政府，乡镇政府最大的问题就是生存问题。一方面前途的不确定性和财政的困难造成了乡镇政府及其工作人员的困窘与涣散，新的农村社区建设因此出现了迟滞；另一方面乡镇政府的自利性和缺少有效监督制约，使得它可能在新农村建设中扮演以前它所习惯的角色：贪腐和自肥。这样，在农村社区，就会造成新的社会冲突。