2.3 资本的重复计算可带来集团整体资本水平的高估
当母公司从集团外获得权益性资金时，这笔资金构成了母公司的资本并形成母公司的资产，如果母公司用资产中的一部分作为长期股权投资对子公司进行投资，这笔投资金额就会形成子公司的资本和资产。从表面上看，集团作为一个整体的资本应等于母子公司资本之和，但实际上母公司对子公司的投资金额作为资本在母公司和子公司计算了两次，发生了重复计算，同时，如果子公司再将其资产的一部分以长期股权投资的形式投入它的子公司，则这笔投资金额会再被重复计算一次，也应被扣除。总之，只有来自集团外部的资本才能作为集团的资本。如果缺乏剔除资本重复计算的方法和机制，就会导致集团整体资本水平的高估。
2.4 分业监管易产生监管盲区
由于金融控股公司下的子公司可能涉及多个行业，而不同行业的监管标准、监管方法不尽相同，例如监管机构对银行、保险、证券等不同行业的资本要素的定义不同、对资产和负债的评估方法不同、对资本充足水平的要求也不相同，它反映了各类金融机构不同业务性质上的差异，以及风险的判断标准和抵御方式的差别。这些差异的存在，可能会使金融控股公司采取规避监管的行为，再加上金融控股公司内部的母子公司之间、子公司之间的关联交易，会加大各个监管机构对各自行业的金融机构进行监管的难度，并可能出现监管真空。
3 金融控股公司的风险防范
3.1 规范金融控股公司内部的关联交易
由于关联交易的两面性，因此，不能对其完全禁止，而应进行规范，要求金融控股公司内部的关联交易必须符合公平原则。一是监管当局制定法规，直接限制某些类型的关联交易。二是监管当局要指导和监督金融控股公司建立起内部控制制度，让金融控股公司自己关注关联交易及其潜在风险。三是完善重大关联交易的披露制度，增加其透明度。四是强调监管当局对金融控股公司内部控制和信息披露的评价和监督，一旦发现内部控制失控或关联交易有违公平交易的原则，应立即予以纠正。财政部门也应会同监管部门制定和完善金融控股公司关联交易的会计处理准则。
3.2 制定和完善相关法律，反垄断、反不正当竞争行为
为维护公平的竞争环境，许多国家都将反垄断和反不正当竞争行为作为金融控股公司监管的重要内容。其中一个普遍的做法是，当金融机构并购时要进行特别竞争评估，以判断该项并购是否会使其获得垄断地位、对市场竞争造成损害。美国的一些法令甚至规定了金融机构通过并购所获得的市场份额的上限。我国的市场体系还不完善，竞争的不充分、市场的分割和壁垒的存在，以及信息的不透明，给不正当竞争行为提供了滋生的土壤，随着金融控股公司的发展而可能发生的阻碍竞争的现象尤其值得关注。应加紧制定和完善相关的法律，对不正当竞争行为和可能造成垄断的行为进行限制。
3.3 建立有效的资本充足情况监管机制
应根据金融控股公司和其子公司的情况,建立一种能正确衡量金融控股公司及子公司资本充足程度的机制。该机制要能识别金融控股公司内资本重复计算的情况，能查明母公司通过举债向子公司进行股权投资,而导致过高财务杠杆的情况，能评估金融控股公司的整体资本充足状况。1999年由巴塞尔银行监管委员会、国际证券联合会、国际保险监管协会联合发布的《对金融集团的监管原则》提供了避免资本重复计算、评估资本充足程度的基础审慎法、基于风险的累积法和基于风险的扣减法，这些方法虽然分析问题的角度不同，但核心思想都是剔除集团内部的投资。我国财政部颁布的《合并会计报表暂行规定》对一般工商企业集团的会计报表合并作了较完备的规定，但对金融控股公司控制下的金融集团的会计报表合并的规定需要完善。在资本充足标准方面，除了要求每一个被监管的子公司满足各自行业的资本充足标准外,还要对金融控股公司控制下的金融集团制定相应的资本充足标准。