关闭农村合作基金会不仅对农村金融市场产生了巨大影响，而且随着基金会的一部分机构和资产在清理过程中被并入农村信用社，其影响还波及农村信用社和其他金融机构。目前，清理整顿工作已基本结束，一些短期和长期的影响因素已初露端倪。本文以我国西部一个合作基金会曾经比较发达的J 县为案例，分别从金融部门、政府部门、企业和农户等不同的侧面，考察和分析农村合作基金会事件对农村金融改革与发展、对区域性经济发展产生的影响。
一、合作基金会的制度缺陷和失败成因
（一）产权制度残缺与组织行为扭曲
农村合作基金会的形式可谓多种多样，但其产权制度，无论是集体还是个人的产权都是虚设的。产权是“个人和组织的一组受保护的权利，它们使所有者能通过收购、使用生、抵押和转让的方式持有或处置某些资产，并占有这些资产运用中所产生的效益（或亏损）。一因此，产权决定着财产运用上的责任和受益。”①以此来看，农村合作基金会从来就不是一个独立的经济组织，没有自主行为的能力。它的产生、发展、经营管理从来就没有独立过。农民只是名义上的股东，合作基金会实际上由政府控制，只是政府行政部门的附属品。在当时作为市场经济的主要基础——明晰的个人产权还没有完全形成，集体产权还占据农村财产的主要地位，政府也没有创造一个保护个人产权的制度环境，还习惯于计划经济时期集所有者和经营者于一身的做法，这使农村合作基金会在产权结构上存在着先天不足，即过于依赖于政府的支持和参与。
因此，从农村合作基金会资产运用的实际决策和导致最终关闭的原因分析，产权制度残缺是最重要的制度祸根。
（二）管理体制上的依附性和组织行为异化
首先，农村合作基金会在垂直系统上只接受农业部门管理。农业部门的垂直系统是中央的农业部一省（自治区）的农牧厅一地（市）的农业局一县（市）的农业局一乡（镇）的农业经济经营管理站。有关农村合作基金会发展的大量文件都是由农业部、省农牧厅、市农业局、县农业局颁发的，这些文件涉及到农村合作基金会发展的方方面面，从合作基金会的利率高低、筹资渠道的开辟到内部管理、收益分配等，无所不包。这种垂直管理表现为各乡镇合作基金会的主任都是各乡镇农经站的站长，县联合会的董事长是农业局局长。主任是农业局农经股的股长。
其次。农村合作基金会除了接受农业部门领导和管理外，还要接受当地政府的领导，具体表现为在乡镇一级合作基金会理事会主任由乡镇长，监事会主任由乡镇党委书记兼任。一同时，县农业局和各乡镇又要接受县级政府的领导，农村经济工作要纳入到县政府的目标管理。在这样的管理体制下，农村合作基金会的行为很容易发生扭曲。
从直接对农村合作基金会行使管理权的政府部门（各级农经部门）的角度看。农村合作基金会可以给其带来合法的高收入，所以相关部门常常利用行使对农民负担管理和村组财务管理之便为农村合作基金会谋利。最常见的是：①农经站强迫村组集体资金人股或作为代管金，并不得随意退股；②利用代管村组财务之便随意将村组资金入股合作基金会或作为代管金；③将村组集体资金作为普通股，在分红中忽视村组集体股的利益，与个人股金和其它股金同股不同利。例如。1993年和1994年，农户股金的年总红率为15％，而集体股的年息红率只有8.8％。这些做法完全违背了农村合作基金会章程中规定的“入股自愿、退股自由、股权平等”的原则。可以说，农业行政部门是农村合作基金会突破原有的从社区互助组织走向金融组织的直接操作者，其目的在于追求自身的经济利益。
（三）高风险运行
合作基金会的运行风险主要来自以下三个方面：一是人员素质低，缺少专业知识，经营管理能力不强。J 县S 镇合作基金会的5名工作人员中，有4人是农经站的工作人员。1人是乡里的干部。金融业是典型的知识密集。信息密集行业，它历来对从业人员的专业和道德素质有着很高的要求，需要高度专业化的高素质人才，而合作基金会的领导和工作人员的素质，不仅不能适应金融市场发展的要求，而且极易产生道德风险问题。二是依附政府，行政干预严重。