据初步统计，现行税制共对高新技术产业开发区、经济技术开发区等21类特殊区域实行了区别对待的税收优惠政策，以适应改革开放和我国经济梯度开发与促进区域经济振兴的需要，如：对包括中部6省的26个老工业基地城市的八大行业实行消费型增值税改革试点、统一对研发费用所得税前加计扣除、实行企业技改设备投资抵免新增所得税、科技成果转化免征相关税收、内外资项目投资总额内进口设备免税、进口科教用品免税、高新区内高新技术企业及软件与集成电路产业实行减免税、对科技创新与科学普及减免税等。据不完全统计，2003年，仅对高新技术企业减免税收就达250亿元，2004年科技税收减免合计达到700多亿元。现行涉税法规及具体税收政策有效地提高了企业科技创新的积极性和主动性，也充分发挥了高科技园区等特定区域的辐射和平台作用。
现行政策仍存在问题
从现行税制的运行实践分析，现行促进科技进步的税收政策也存在一些亟待解决的问题。
区域优惠力度大、层次多，产业优惠相对较弱且导向不够清晰。目前，21个大类的区域税收优惠政策范围广、内容丰富，虽然也体现对高科技产业的扶持，但产业税收优惠过于偏重对利润的调节，特别是区域普惠税收优惠政策在一定程度上减弱了鼓励高科技产业发展的导向功能。
税收激励政策较多偏重于创新结果而不是扶持创新过程，影响了税收政策的效果。如：企业已被确认为高新技术企业或研发形成科技成果转让时，才能享受相关优惠政策；加速折旧、投资抵免等扶持科技产业化的间接税收优惠政策受制于各种因素无法充分落实；因居民管辖权、税收抵免等因素的制约，外商投资企业享受的税收优惠部分成为了发达国家的财政收入。
税收扶持政策缺乏系统性，政策效应有待进一步提高。现行促进科技进步的税收优惠政策几乎散见于现行税制的各个税种，但都具有特定的适用条件，如高新区内高新技术企业与区外企业税收待遇不一致，影响了企业的公平竞争。对科技企业采取增值税、进口环节税等优惠政策，影响了增值税制度的规范，也存在替代投资及财政支出等问题，越位严重。而对科技基础研究、风险投资、产学研结合等的税收优惠政策支持力度不够，存在一定的缺位现象。特别是部分税收优惠政策实施需要主管部门对优惠主体进行认定与管理，存在一定的政策“博弈”现象。
税收政策选择
经济发展实践表明，高科技成果的转化与应用、引进设备与技术、加大研发费用投入等是市场主体增强核心竞争力、追求高收益的成本，应由市场机制发挥其基础性的作用，政府不能替代企业进行市场决策。税收扶持政策只是鼓励企业发展高科技的“引子”，着重要为企业创造公平创新的税收环境。
改革和完善主体税种，增强增值税和企业所得税对发展高科技产业的适应性。
积极推进增值税转型改革，允许企业抵扣外购机器设备等固定资产的进项税额，不仅可以进一步消除重复征税，鼓励企业进行技术和设备投资，促进产业结构调整和技术升级，提高产品的国际竞争力。也可以减轻企业税收负担，鼓励企业增加科技创新的投资力度。当前应认真总结增值税转型在东北地区与中部部分老工业基地城市试点的经验，密切关注宏观经济的总体态势，进一步完善全国统一实施的增值税转型改革方案，在条件成熟时，在全国范围内统一实施增值税转型改革。而新的企业所得税法及拟议中的企业所得税法实施条例将对现行企业所得税税前扣除政策予以规范，对高新技术企业实行15%的所得税低税率，以充分体现企业发展高科技对劳动力、资本和技术补偿的需要，在淡化区域所得税优惠政策的同时，强化以产业优惠为主、辅以区域优惠和兼顾社会发展的所得税优惠政策体制，促进高新技术产业发展、鼓励企业研发和增加资源能源节约利用。由于高科技园区主要集聚的是资金、技术密集型企业，因此，高科技产业将成为增值税和企业所得税改革的主要得益者。