再次，新古典经济学假定人们具有完全的经济理性。具有完全理性的经济人不仅有很强的能力和创造性，而且每个人都能够按照成本-收益的原则对其所面临的所有选择方案及其后果进行优化选择，确定最佳途径。被归结为生产函数，消费者被归结为效用函数，市场是进行资源配置的惟一有效的制度安排。然而，人们在收集、贮藏和加工处理那些更准确地达到目标所需的大量信息方面，其能力是受到制约的。正是因为人和认识能力的有限性，以及市场经济中的信息的不完全性，所以人们不可能知道全部备选方案，也不能精确地计算出所有备选方案的实施后果，从而使交易双方增加了相互了解、研究所需支付的成本。制度的产生与完善减少了不确定性，降低了交易成本，从而弥补了人们的有限理性所带来的不便。
因此，新制度经济学对传统经济学的革命不仅是对传统新古典经济学分析的假定前提作了重新界定，而且在此基础上提出了制度及制度变迁的理论。
以卡拉布雷西为代表的新制度经济学和以科斯为代表的新制度经济学都从制度的角度出发来研究社会的演进及制度的变迁，但是，两者存在较大区别。
以卡拉布雷西为代表的新制度经济学主张用进化的方法研究社会制度，反对新古典经济学中的静止的、机械的均衡分析方法。他们认为，经济学应该是一门进化的，一切生命和生活都在不断地变更和发展，因而，社会经济发展和生物的发展一样，也是一个的发展过程。那么制度的演变和生物的进化一样，也是逐渐演进的。以卡拉布雷西为代表的新制度经济学还主张用文化整体的观点来理解经济，反对使用方法论上的个人主义这一新古典经济学的基础。他们认为只有把现代经济生活当作一个整体观察时，才能更清楚地了解它。整体不只是一个经济概念，它往往也不能用数字来表示。它强调的是质的分析，而不是单纯量的分析；他们认为个人不能脱离一种特定的文化而存在，制度和文化对人类行为的影响起着很大的作用，只有在这种独特的文化整体中，才产生了信念、价值和个人行动，并被赋予意义。因此，他们把不断发展的、演进的经济制度看作是历史-文化的产物，而不是假设的、理想化的、高度竞争的制度。
以科斯为代表的新制度经济学，是以制度作为其研究对象的经济理论，以交易成本为核心范畴，分析和论证制度的性质、制度存在的必要性以及合理制度的标志的经济学派。我们通常讲的新制度经济学主要是指以科斯为代表的新制度经济学。以科斯为代表的新制度经济学，将交易成本作为最基本的分析工具。有人多次把新制度经济学称为交易成本经济学。[18]真正将市场经济的研究拓展到制度领域并实现这一目标，就产生于以科斯为首的新制度经济学有关交易成本的概念革命运动。这里的概念革命并不仅仅是指提出了交易成本等新概念，更主要的是，交易成本这一概念的一般化意义，即将交易成本用以解释各类经济及其相关因素，诸如市场交换的风险、信息、垄断以及政府管制等因素，从而使交易成本这个概念在市场经济学中完全可以与价格、成本等基本经济范畴等量齐观了。正因为科斯开创性地运用了交易成本概念来研究制度问题，拓展了经济学的领域与视野，使他成为新制度经济学运动的发起人和主要推动者。
以科斯为代表的新制度经济学与以往经济理论的不同表现在，它考察的重点不是经济运行过程本身，而是经济运行背后的产权关系，即经济运行的制度基础。通过考察和分析产权关系，来合理界定、变更和调整产权结构，以降低或消除经济运行中的交易成本，提高经济运行效率，改善资源配置。新制度经济学之所以被称为“新”，主要是因为它完全沿用和承袭了新古典经济学的核心假定、方法和工具，如理性人假设、稳定偏好和均衡或最大化分析。也就是说，它是在古典的范式里重新研究和估价资源配置所依赖的条件，将传统理论设定为已知不变的参数-产权制度、交易成本、经济组织视为亟待解决的关键性变量，并侧重研究效率的性质和结果与这些变量相联系。新制度经济学家与不习惯于分析被约束选择的旧制度经济学家不同，新制度经济学家精通现代经济理论，并且能够经常地运用它；新制度经济学家对现实世界的约束更感兴趣，更具体地讲，交易成本被看作是最重要的约束。