然而，由于佛教进入吐蕃之前，苯教作为本土宗教已经存在，并取得了很高的社会地位，其上师在赞普那里被奉为“御前苯教师”，而佛教的进入取代了其原有的社会政治地位，必然带来两种宗教之间激烈的矛盾与冲突。由此，吐蕃境内佛苯之间便你倾我轧，先后曾发生过三次你死我活的斗争。斗争的结果，使佛教与苯教之间在教义、教理等方面相互影响，共同发展。在冲突与对立中完成了佛教的本土化，使“喇嘛教”这种藏传佛教得以逐渐定型。
藏传佛教在为生存而进行的残酷斗争中，得出的生死攸关的结论，就是具备占有生产资料的经济基础和能够确保这种经济基础稳固的政治权力，在西藏这样一个经济基础十分薄弱的社会中，对于宗教能否生存下去至关重要。于是，在经过与苯教的残酷争斗后，在吐蕃赤祖德赞时期，宗教寺院在原来已经拥有供养属民的基础上，又获得了土地、牧场和牲畜，作为寺院的固定经济收入来源。拥有了生产资料的佛教神职人员，从此便开始了向农奴主阶级的转化。导致这种有别于世界上任何地区的僧伽经济制度出现的原因，除了佛教本身对残酷环境的积极适应外，也与统治者在推崇佛教过程中所面临的矛盾有关。在当时极为落后的社会生产力水平下，赤德祖赞要崇奉佛教，供养一个庞大的寄生阶层，是一件让人头痛的事情。在赤德祖赞以前，佛教神职人员的供养，是由赞普王廷获得，并由王廷赐予部分属民到寺院为奴。这个时期，寺院不占有生产资料，属于纯粹的寄生阶层。但随着赞普崇佛政策的推行，佛教发展日盛，神职队伍日趋扩大，至赤德祖赞时，寺院所需供养已经远远超出王廷的供给能力。在赞普不改变既定宗教政策，寺院也不可能以减少僧伽数量来消极适应王廷供养能力的前提下，就只有在解决供养问题上另觅它途。于是，让寺院拥有一定的生产资料以自食其力，从此脱离王廷的供养，便成为当时解决矛盾的两全其美之策。
这一政策的实施，固然减轻了王廷承担供养的压力，却也激起了寺院阶层对政治权力的渴望。正如东嘎·洛桑赤烈先生指出的：“他们如果没有私人占有的土地、牧场和牲畜，没有私人占有生产资料的经济基础，就不会为着保护这种经济基础而争取掌握政权的动机，而没有这种动机，在西藏就不会出现由各派上层分子掌握政权的政教合一制度。”但即是如此，“政教合一”政治制度在西藏历史上，也并非是在宗教组织一俟进入政治舞台，便以一贯之。在佛教成为西藏占有绝对优势地位的宗教势力以后，虽然它一直都在为获得政治权力而不懈努力，但在绝大多数情况下，它只能是以其宗教影响依附或控制政治权力，真正实行“政教合一”政治制度的时间只有两次、400多年的历史。对此，王辅仁先生称其为“马鞍型”的发展过程。按照王辅仁先生的论证，这两次“政教合一”政治制度的实施，分别是元代帕竹政权的前身帕竹万户时期，1289年时任丹萨替寺寺主的扎巴仁钦经元中央政府同意，自己兼任帕竹万户长，在西藏历史上第一次出现一人同时掌握政治和宗教权力的格局，是为西藏“政教合一”政治制度的发端。尽管此时帕竹仅是万户一级的基层机构，尚未掌握地方政权，但为以后帕竹地方政权实行“政教合一”政治制度奠定了基础。帕竹地方政权自绛曲坚赞被元朝封为“大司徒”（1354年）始，一直到明代时1618年丧失地方政权，其“政教合一”政治制度延续了260多年的历史。其后，直到1751年清朝制定《西藏善后章程》，清中央政府授予七世达赖管理地方行政事务的权力，“政教合一”政治制度才复得实行，由此一直延续到西藏和平解放。但严格说来，达赖在西藏地方只是享有最高政治地位，却并非独享最高行政权力，驻藏大臣作为朝廷派驻西藏官员，本由钦差大臣演化而来，在政治上与达赖地位相同，也具有同样的权威和权力。
二、“政教合一”政治制度存在的具体形态
由于旧西藏与中东伊斯兰教“政教合一”政治制度产生的历史背景和社会基础不同，也就必然导致二者在存在形态上各不相同。