传统的内部控制制度是为防止舞弊和差错而形成的以内部稽核和相互牵制为核心的工作制度。由于内部控制的和信息技术的广泛应用，赋予了其新的内涵，发展成为以系统安全保障和管理控制相结合的控制体系。随着信息的到来，内部控制系统可以分为系统控制与管理控制两大类。
一、系统控制
系统控制是指与程序设计、运行维护、数据处理过程、硬件设备等相关的可靠性控制制度。根据信息技术应用下的企业内部控制中新的控制风险，企业应加强在这几方面的控制力度。
它包括一般控制与应用控制。一般控制帮助管理阶层确保系统能持续、适当地运转，具体含有应用系统开发、建立和维护控制，系统软件与操作控制，数据和程序控制、存取安全控制、安全控制等。应用控制是对信息系统中具体的数据处理活动所进行的控制，包括应用软件中的电算化步骤及相关的人工程序，划分为输入控制、机处理与数据文件控制和输出控制。
二、管理控制
管理控制是运用管的组织规划、资源使用限制等原理，制定的诸如业务流程、工作程序、岗位设置、职责分工、授权批准等一系列内部管理制度。信息技术的引进以及现代环境的崭新变化，使我们要在以往内部控制形式上注入新的特色。
1.完善内部控制环境，培养企业整体的信息技术能力。
企业为了适应控制环境的变化，需要从一个新的角度来看待信息技术，要重视公司进行网络化管理的整体的IT能力，而不是简单的建立诸如储存系统、存货控制系统等几个孤立的IT系统。
(1)建立健全组织结构与权责分派体系。
一般而言，内部控制的建设体现在两个方面：一是健全的结构，这是内部控制机制产生作用的硬件要素；二是各个内部机构间、各经办人员间的分工与牵制，这是内部控制机制产生作用的软件要素。网络技术突破了信息传递和信息处理的瓶颈，管理的幅度增长，层次减少，高耸性的组织结构逐渐趋于扁平。隐藏在这一表征后面的实质是从根本上对组织的人员和职能之间的关系的重新界定。
(2)强调内部控制框架中的“软控制”与人的重要性。
内部控制由人来进行并受人的因素，保证组织内所有成员具有一定水准的诚信、道德观和能力的人力资源方针与实践是内部控制有效的关键因素之一。实践表明，基于环境现状构建内部控制机制是一种被动性的做法，故此，我们应越来越重视将道德规范、行为准则、能力素质的建设直接纳入内部控制结构的，更加强调“软控制”的作用。在信息技术环境下，企业尤其应该注重培养组织中人员的信息观念，理解企业信息化建设和管理改革、内部控制创新之间的关系，并重视和实现这个改革。
信息时代同样是知识经济的时代，企业发展将主要依靠、知识与人才。“人本主义”作为构建内部控制机制的信条已经越来越多地被企业接受，企业管理者应当重视对人员的选择、使用和培养，这不再单纯只是内部控制的环境因素，它也日益成为内部控制结构的有机组成部分。
2.评估与现行的业务过程和信息过程有关的风险，采用现代信息技术设计特定的控制程序。
对于内部控制的不可能脱离其赖以存在的环境及企业内外部各种风险因素，而必须从环境及其风险的入手。在内部控制制度下，先识别内部控制的目标，然后提出一系列相适应的控制政策和程序，某些风险需要特定的控制程序来控制。在IT高速发展的今天，信息的传播、处理和反馈的速度都大大加快了，由此导致企业会常常同时改变业务和信息过程，在这个改变过程中，不能再盲目地采用传统的控制政策和程序，而必须重新评价它，以适应新业务发展的需要。我们应把注意力集中在评估特定业务环境下的风险，而不是拘泥于特定的控制程序。
例如，职责分离是内部控制的一个重要组成部分。传统上，控制程序将不同的责任分派给不同的人员以期达到互相牵制。但随着IT的发展，许多传统上由人来做的工作可以由计算机来代替，自动控制处理代替了分离的人的角色，从而消除了一个人执行两项不相容的工作的风险。当然，计算机环境下也要有职责分离，例如，一旦某种软件被安装并用于执行某项功能以后，它的编码、运行和维护职责就必须相分离。应当说，职责分离仍然是形成内部控制的重要程序，但在IT背景下，这个程序的适用方式发生了变化。