二、受政府驱动模式影响，导致现代中国证券市场重股市、轻债市，证券市场结构发展不平衡。
我国一开始就把股票市场当作经济改革的载体和经济发展的动力，希望通过发展股票市场达到缓解财政和企业资金紧缺、实现国有企业转制等一系列经济改革目标、，从某种意义上说，起始阶段的现代中国股票市场就是政府为推进企业股份制改革，为企业设置的“香饵”。企业完成了股份制改造，就有资格到股票市场上市筹资，从而可在银行贷款之外额外获得一笔资金。这种关系使得股票市场的发展前景与股份制改造在企业改革中是否占主导地位休戚相关，也是政府驱动证券市场发展模式的必然和动因。因此，我国虽然一直强调今后一个日寸期我国证券市场仍是以债券市场为主，但由：于企业债券等不具备作为影响企业改制的政策工具所必需的可操作性，而没有真正给予强有力的措施予以扶持。比如，股票价格早已放开，但企业债券等债券则限定高限，严重影响了债券的盈利性。而基金市场，我国目前仍处于起步阶段，发展比较缓慢。
三、受传统金融调控体制在市场制度安排上的影响，证券市场的市场特性和功能发挥产生了体制性变异。
在我国政府推动市场发展的强烈内在动力和融资格局发生变化的客观要求共同作用下，我国证券市场迅速进入了一个粗放型规模扩张阶段。国家通过证券市场对居民储蓄这一最大的资金剩余进行分流和再配置；通过把企业债券、国家重点建设债券纳入信贷计划以及对上市公司行业、地区的核准或审批限定(对上市公司而言，政府现已有所放松)，使证券市场成为国家金融控制的补充性市场，在很大程度上发挥了补充国家资产投资和以增量方式实施经济和产业结构调整的职能，并伴随着国企改革进入攻坚阶段，国企实行“债转股”等重大改革试点，现代中国证券市场已责无旁贷地承担着国企进行现代企业制度改革的重任。但是，我国的金融系统一直被视为一种政策性分配资金的工具，并且形成了一套与之相适应的金融调控体制。在这样一种国家金融制度环境和背景下，现代中国证券市场突出表现为在承担了诸多宏观调控和结构调整功能的同时，也必然形成了一种重筹资、轻交易、轻流动的倾向，从而导致其市场特性与功能发挥产生错位和体制性变异。
从本质上讲，证券市场的特性在于能够提供一种资产形态转换和资产流动的机制，通过实现资产由实物形态向价值形态再到证券形态的转换，为资产的流动和重新配置在时间和空间上的效率提高创造极大的便利。但现代中国证券市场由于传统金融体制在证券市场上的制度安排，迄今为止大规模的企业资产重组和企业购并均在市场外进行，一些地方性证券交易中心和交易市场自发形成的国有股和法人股的小规模交易也受到国家的严肃整治。公有股权的固化直接制约着原有产权结构的调整和资产存量的重组，这种增量调整思维，造成，了证券市场与间接融资市场功能的重叠，使通过证券市场实现国有资产证券化并填补存量调整缺口的初衷无法彻底实现。换句话说，国家在证券市场上正以间接控制下的增量式结构调整功能取代了市场化的资源配置功能，是国家以资金配给制为基本特征的金融调控体制在证券市场上的不合理反映。
四、证券市场供求机制的体制性先天缺陷，削弱了直接融资市场配置资金资源的整体效益。
我国直至目前仍然实行的是一种管制性金融体制(虽然已有放松的迹象)，其在证券市场上的突出反映是实行行政管制与市场监管相结合，并力求使我国证券市场在供求机制形式不对称时，通过行政管制实现一种动态均衡。
从需求机制看，我国证券市场只对国内居民投资实行全面开放，而对银行、储蓄机构、国有企业、保险业等仍实施比较严格的市场准入政策(间接进入证券市场现在已开始有所放松)，这是我国在金融改革未取得深入发展时实行银、证分业管理模式的合理反映。从供给机制看，我国国有银行系统才刚刚开始放弃贷款限额控制，因此国家对证券市场上股票、国债、企业债券等实施额度管理与行政审批制度，属于我国金融系统资金配给制的一种必然的、暂时的延续。国家指望通过这种供求机制的双向调节来实现证券市场资金的思想化流动，从而实现一种管制下的市场动态均衡，但这在实际上是很困难的，这种管制型的供求机制，不可避免地会产生许多负面影响。首先，证券市场难免带有生硬的行政调节痕迹；其次，这种非资格审批的发行主体上市机制和切块审批制度已经导致了管理部门的多级“寻租”行为。证券发行额度的确定与上市公司的逐步筛选与审批，使上市公司成为各级利益集团相互“博弈”的对象，这不仅会使证券市场只能追求一种社会资源的次优配置，而且无形中增加了企业和证券经营机构的发行成本和隐性支出，造成对市场收益的侵蚀。