（三）受利益驱动正逆回购方违反回购协议的风险
当债券市场价格剧烈波动时，回购交易的正逆交易双方可能因不履行回购协议而获利，这时正逆双方就可能出现拒绝履行回购协议的行为，这就构成了回购违约风险。
对逆回购方而言，如果回购到期时，相应债券出现或预期大幅上涨，且价格远远高于事先约定的返售价格时，按低于市场的价格将债券返售给正回购方就会失去价差盈利机会，从而逆回购方就可能选择不按初始回购价格履行返售质押券义务，而去追逐获利机会；反之对正回购方而言，如果回购到期时相应债券的价格大幅下跌，并且价格远远低于事先约定的购回价格时，按高于市场的价格购回质押券就会多支付购券成本，正回购方就有可能选择不按初始购回价格履行购回义务，从而通过减少融资成本而获利。
（四）因债券短缺引发回购债券清算违约风险
当市场债券价格趋于下跌，投资者就会选择利用开放式回购交易中的卖空抛补套利交易方式获利，但若回购到期时市场回购债券短缺，投资者无法在市场上融回卖空的债券用于返售清偿，就会构成清算违约风险。
投资者愿意在回购市场上融出资金而融入债券，然后根据市场上债券价格的变化进行卖空抛补套利交易。由于初始交易需融入债券，这会增加对债券市场上回购清算债券的需求，而其后卖空债券会对债券价格起助跌作用，债券价格下跌又会进一步吸引投资者在回购市场融入回购债券，然后进行卖空抛补套利操作，如此循环，就会造成对市场上债券的强大需求，并引起用于回购交易债券的严重短缺，这就使得回购交易者在回购到期后难以在市场上融到用于回购返售清偿的债券，从而引发了回购交易结算的风险。
以美国债券市场为例，在“9·11”以后，其债券价格暴跌，机构投资者纷纷进行债券回购的卖空交易，使得回购债券的需求量大增，而供给明显不足，这造成当时市场上每天的回购债券清算违约量猛增至1900亿美元水平，市场上大量的回购交易无法完成，严重影响了货币资金的顺畅流动和货币市场的平稳运营。因此美国财政部立即采取了强势的干预政策，出售了大量的政府债券，以缓解市场上债券紧张的压力，达到稳定货币市场的目的。
（五）机构交易者恶意做空、操纵市场的投机风险
由于债券回购卖空机制的存在，机构交易者可以通过大量收集空头筹码，刻意打压债券市场价格，并运用自身雄厚的资金实力低价位买入，以实现操纵债券市场价格、获取投机收益的目的。于是开放式回购的债券卖空机制就演变成机构庄家操纵市场进行投机操作的工具。
我国1995年国债期货市场上著名的“3.27”国债期货风波就是一个机构操纵市场的典型案例。当时空方主力为了避免国债期货价格上升而给自己造成巨额损失，违规大量透支交易，以千万手的巨量空单，拼命打压国债期货价格，使327国债期货合约价格暴跌38元，并使当日开仓的多头全线爆仓，后来被传媒形容为“中国的巴林银行事件”。
四、防范开放式回购债券卖空风险的建议
（一）配套推出债券的远期交易
1.有利于防范卖空债券价格风险。由于对利率研判失误，逆回购方在进行回购债券卖空套利交易时常常面临债券价格不跌反升的情况，就会造成交易损失。如果在卖空债券时配合债券的远期交易，则可以有效地避免损失。比如在卖空债券时远期买入同品种数量且期限与回购到期日相同的远期债券，这样一旦债券价格上升，逆回购者远期交易的盈利就将冲抵卖空债券的损失，从而锁定了卖空套利的风险。通过远期交易，还可以进一步提高债券的流动性。
2.有利于防范卖空交易违约风险。如果配合远期交易，在卖空债券的同时买入远期债券，就可以保证回购到期时有足够的债券用于回购返售债券的清偿，以起到避免回购到期不能履约的作用，从而避免了交易清算违约风险。