一、村民自治的困扰
村治，即乡村治理。村民自治是新时期村治的一种有益探索，但是遭遇重重困扰。首先，作为一个“群众性自治组织”，从理论和法律上讲，村民委员会是村民自下而上选举产生的，其经费也来自村民，循此毋庸置疑的合法性逻辑，自当对下负责，其主要任务在于办理社区公共事务和公益事业等等。而现实中的村委会，难以避免地，更多精力用于为上级政府“要粮”、“要款”、“要命（抓办计划生育）”，实际充当着上级政府的派出机构，履行着类似于“村公所”的职能，在这个意义上，“行政村”的称谓倒也切中实质。
如果真正落实了村民自治，村委会选举摆脱了上级包办或暗中控制，在现行体制下，则还有“尾大不掉、政令难通”的担忧，亦非空穴来风。其实，从法理上讲，村民委员会是否有义务为行政当局“要粮”、“要款”、“要命”，尚且值得质疑，何况这些行为往往处于村民个体利益的对立面呢。《村民委员会组织法》第四条规定，“乡、民族乡、镇人民政府对村民委员会的工作给予指导、支持和帮助”，从其语气上说，这种“指导、支持和帮助”可以接受，也应该可以不接受，何况后面还规定，“乡、民族乡、镇人民政府……不得干预依法属于村民自治范围内的事项”呢。第四条还写道，“村民委员会协助乡、民族乡、镇的人民政府开展工作”，但这究竟是一般性描述还是强制性义务，立法者似乎也是颇费踌躇的[]。如果村委会具有无条件、无止境的“协助”义务，则将在事实上丧失自治地位，至少也是在工作重心上的本末倒置。
现有的案例显示，上级内定人选之外的“黑马”上任后，多能主动示好于基层政府，卖力甚殷，这不妨理解为传统合法性诉求的一种模仿或沿袭，但是，这种惯性难以持久，因为他们将很快发现自身的合法性来源本已足够充分。所以，在所谓村民“民主”自治的旗帜下，乡村精英如果挟“民意”自重，消极抵制乃至积极对抗行政当局，应该不致令人大感意外。对此，不能脱离现实的利益格局，寄希望于个别人的甚么政治觉悟。当然，基层政府不会容忍村委会潜在的“独立主义”倾向，而村民对于唯上是从的村委会的不满也日益滋长。这种内在冲突、“两头受气”的局面，更可能使得乡村精英自甘游离于村治之外，以至于，沉渣泛起，流氓当道。从长期的演变来看，势必严重动摇现政权的根基，危及国家的长治久安。
此外，同在村一级，现行政策法规关于村民委员会和村党支部的定位，理论上难以解释，实践中更不便操作。根据常识也不难想见，他们的利益可能一致，也可能不一致。即使利益一致，观点、主张更可能不一致。这样两个权力中心，并无明确分工，各自都有“尚方宝剑”在手，很容易滋生事端，内耗不断。相比于村党支部，在理论和法律上，也在大量的现实中，村委会拥有更为广泛和直接的民意基础。而村党支部则拥有传统的权威和意识形态上的特殊地位。相当多的地方过度强调村党支部的核心作用，造成村支部过度干预乃至包办村委会工作，将村委会变成了村党支部的辅助组织，使村委会丧失其自治功能，严重妨碍了村民自治的正常运行及其完善和发展[]。另外一些地方诉诸于其他种种制度设计，如交叉任职、“两票制”等等，意在拓宽村党支部的民意基础，使“党的领导”兼容于村民自治的框架。
但是，现有的调和上述两者关系的努力往往收效甚微，偶有成功的经验也无普遍推广的价值。表面上看这是一个“平行结构”的问题，其实从深层来说，也是一个“上下结构”的问题。村委会与上级政府并无隶属关系，而党组织遵循严格的“民主集中制”原则。《党章》第十五条规定，“党的下级组织必须坚决执行上级组织的决定”，第二十九条规定，“党的支部委员会选出的书记、副书记，应报上级党组织批准”。《中国共产党基层选举工作暂行条例》第十五条更规定，“上级党的组织认为有必要时，可以调动或指派下级党组织的负责人”，第十六条则要求党支部书记、副书记的候选人先经“上级党组织审查同意”。中国共产党是我国唯一执政党，从广义上讲，党的组织是政府机构的组成部分，党对村委会的领导和干预实际上可以被看作政府行为。村党支部，特别是村支书，更容易成为上级政府的代理人。这才是冲突的根源。我们倾向于认为，村民委员会与村党支部之间的紧张关系，有相当因素仍然是村级社区与上级政府可能矛盾的反映。