深圳市水务局计财处冼世能处长说，直接支付制度的确是一个比较理想的模式，不但能够解决现行拨付方式中的问题，而且符合政府机构改革的大方向，是可取的。问题是改革须配套，要方方面面的协调。根据直接支付的两种对象方式，我认为要保证直接支付顺利实施，也必须要从两个层次上来着手：一是拨付管理这个层次，也就是财政部门和审计部门这条线，要让其有足够的“能力”来承担这项工作。为此我建议借政府机构改革之机，成立类似于香港“公务局”的机构，专门负责政府投资项目的建设管理工作。同时，对相关职能部门的职能予以重新界定，以加强各层次的监管。二是用款单位这个层次，要全面建立健全项目法人责任制。这样，财政部门能够尽可能多地将款项拨给项目法人单位，而尽量少地直接拨给施工等单位，从而增大资金拨付的安全性。
叶剑明处长则认为，全面建立健全项目法人责任制的确很有必要，有利于直接支付制度的顺利实施。从深圳市目前政府投资项目建设单位的格局来看，具有项目法人资格的建设单位较少，绝大部分具有临时管理机构的性质，其人员稳定性差，财会人员业务水平参差不齐，财务管理基础工作比较薄弱，实行建设资金直接支付，财政部门将承担较大的资金安全风险。拨到设计、施工、监理等单位的，则风险更大，主要是这些单位的资格认定、考核、监管等环节的管理，财政部门干涉不了，都有各自的行业管理部门，一旦出现问题，难以追究。同时，由于目前政府投资项目的工程预、决算审核权不在市财政部门，市财政部门若需及时、有效地管好基本建设资金的支付、决算等环节的工作，难度较大。因此建议市政府对市财政部门在基建财务管理中的相关职能予以重新确认。
《暂行办法》第二十三条要求，建设单位应按规定定期向市财政部门报送基建财务报表及资金使用情况表，做好本单位的年终基本建设财务决算工作。现在的问题是，财政部门将款项直接拨到施工等单位后，由于建设单位未能实际收到基建款项，建设单位就没有进行账务处理的原始凭据，因此无法进行正常的会计核算。市教育局、市城管办、市公安局、市给排水办、市文化局等部门的同志也认为，建设单位的会计核算工作的确是个难题。如果财政部门将上述拨款凭单（银行转账凭证）复制一份转给建设单位，建设单位据此进行账务处理，一是不符合《会计法》的有关规定，二是将在财政部门、建设单位和施工等单位三者之间形成大量的对账工作量，三是在办理用款手续过程中，建设单位、施工单位可能会形成重复的无效劳动，四是有可能发生建设单位与施工单位串通作弊骗取财政资金的情况。对此，何少驹副处长则持不同的看法。他认为，建设单位与施工单位串通作弊骗取财政资金的情况即使在现行的拨付方式下也可能存在，而并不是因为直接支付所致。况且在《暂行办法》中特别强调了监理单位的责任，规定施工单位或项目法人单位必须凭监理单位签署的工程进度审核意见，才能向财政部门提出用款申请。