阅读和利用我国注册会计师出具的审计报告之前，我们首先必须对一个众所周知的事实加以明确：由于制度性原因，大多数情况下，我国注册会计师实质上是由被审计单位自己聘任来对自己的年度财务报告发表鉴证意见的，他们从一开始就在相当程度上失去了作为鉴证性中介机构至关重要的独立性。所以，目前我们所能够看到的大多数审计报告，都是双方讨价还价的结果——一方面，被审计单位即上市公司对报告能够接受，以达到其保配、保牌等目的；另一方面，注册会计师还要对自己所出具的审计报告的风险作出评估：如果按上市公司的要求出具了审计报告，自己能否承担得起报告风险？
非标准审计报告是怎么出台的呢？一般情况下，注册会计师在对上市公司进行审计时，都会按照审计准则并依据一定的审计程序，对上市公司的财务报表的合法性、公允性作出评价。在审计过程中，注册会计师可能会或多或少地发现一些上市公司帐务处理过程中有损报表合法性、公允性的因素（这些因素可能是上市公司有意或无意留下的），并会给上市公司提出调整要求。如果上市公司根据注册会计师意见进行了调整，那么注册会计师会出具无保留意见审计报告；如果上市公司拒绝按注册会计师意见对财务报告进行调整，那么注册会计师就会根据需要调整的因素对报表公允性、合法性影响程度的大小，决定是否出具非标准审计报告，并与上市公司进行讨价还价。根据我国公司治理结构的现状及其对注册会计师执业独立性的严重影响，可以得出的结论是——上市公司一般不会允许注册会计师对其报告出具非标准审计报告的；而一旦一家上市公司被出具了非标准审计报告，那么报告“说明段”里所透露的信息就非常值得投资者和有关部门高度关注了。
根据长城证券研发中心的报告，2000年度被出具非标准审计报告的上市公司，保留意见的焦点主要集中在重大事项说明、损益的确定、资产质量的判定、会计核算方法的改变和报告主题的改变、持续经营能力和审计范围受限等7个方面。笔者认为，我们可以从这些保留意见中得到的最重要、最有用的信息是——这些意见是否已经影响、并在多大程度上影响了特定上市公司当年损益的确定？是否会影响到过去和未来该上市公司损益的确定？影响的程度有多大？进一步地，如果注册会计师出具的保留意见所揭示的因素对上市公司影响重大，那么这种影响是否已经威胁到了该上市公司的发展前景、甚至威胁到了上市公司的可持续发展？……总之，结合被出具保留意见上市公司报表内容，深入分析保留意见背后所包含上市公司的实质性内容和深层次趋势，才是投资者应该从非标准审计报告中得到的重要信息。
例如某上市公司2000年度被出具了有解释说明的无保留意见的审计报告，该公司当年实现主营业务收入约17亿元，利润总额约1.5亿元，这样的业绩应该说还算不错的。但是，注册会计师的说明段却非常值得注意——该上市公司的集团销售公司已经累积欠其约7亿元的货款，而且该销售公司已经出现了连续数年的亏损。进一步的数据显示，该上市公司的关联企业对其货款的累计应收帐款合计已经高达约10亿元。对此，投资者就要多问几个为什么了：该上市公司的对外销售是否主要依靠集团公司？在多大程度上依靠？它是否具有自己健全的销售网络？在与关联企业的销售往来中，是否存在不合理的关联交易？已经出现连续亏损的集团销售公司是否能归还巨额货款？这些问题的答案，将直接影响对该上市公司赢利能力的评价和其历年报告利润的含金量，还将直接影响到对其独立经营能力的评价。
还有一种特别值得关注的保留意见——审计范围受限。某上市公司合并报表帐面报告为盈利，但注册会计师出具的报告里有“无法对该公司某某子公司实施实地审计”的说明。注册会计师的这一说明极为关键，经验丰富的投资者几乎以此就可以判断这家上市公司的“猫腻”就在这家没法让会计师实地审计的子公司身上——如果这家子公司具有良好的赢利能力，恐怕不会成为审计受限范围吧？