一、内部资金结算中心的定位
从组织机构设置上看，内部资金结算中心应该单独设置，和会计部门平行。内部资金结算中心的产生本身就意味着原有财务会计部门和运作效果不能满足企业深化管理的需要；并且，许多实行会计部门下设内部资金结算中心的公司运行效果也不理想。内部资金结算中心的职责是资金的管理，属于财务管理的范畴，财务与会计应该分离。同时会计工作具体，而内部结算的资金管理比较抽象。具体的会计工作较易受重视，而抽象的、难以衡量的资金管理工作往往被忽略。所以，内部资金结算中心宜单独设立，与会计部门平行。
内部资金结算中心不应作为一个独立核算、自负盈亏的利益主体。因为结算中心资金管理调度的经济效益在很大程度上依赖于各分公司的经营去实现，对它来说，这是不可控的。内部资金结算中心毕竟不是集团公司下的财务公司，更何况若是以盈利为目的，则它的利益可能与公司的利益相冲突，从而有悖公司的经营目标。
内部资金结算中心集银行金融管理和企业资金管理于一身，通过“结算管理”和“信贷管理”做好企业资金的调剂工作，并及时把企业高层的经营意图贯彻于财务部门、计划部门以及车间、各商品部，为企业的正常运营提供资金保障。因此，内部资金结算中心的工作目标与任务不是盈利，评价其工作业绩也是要看它对内服务的效率与质量如何，看它对企业财务控制和对决策的支持程度怎样。只有这样，才能激励内部资金结算中心以公司的利益最大化为目标和提高自身的资金管理能力。
急需资金的分公司在运用别的分公司的闲置资金时，应该支付利息。“天下没有免费的午餐”。如果借贷出去的资金得不到利息，又何必借出去呢？况且还要冒着收不回来的风险。若是由结算中心负担借出资金应付的利息，又会鼓励所有的分公司不断地要求得到借款。因此，筹措资金的分公司需要对其享受的“午餐”付费（利息）。而为了不使借出资金的分公司担心钱不能被归还，应由总公司的结算中心作为偿还借款的责任人，因为总公司的信誉要比分公司高。
二、内部资金结算中心的职能设计
实现内部资金结算中心的各种功能必须有一个前提，即结算中心要与银行签订有关协议，确保融洽合作。
（一）实现公司内部各类账户资金的全面监控和调度资金的瞬时到位。结算中心通过与银行合作，设立企业银行终端并利用其企业结算系统，使公司总部能通过终端随时查询各分支机构账户上的资金余额，全面及时地掌握公司的整体资金状况，同时根据公司的资金预算、计划，使需要调度的资金能够在瞬间到账，解决资金调度上存在的时间、地区差异问题。
（二）实现公司各营销网点销售货款的及时回笼，减少在途资金，提高资金运行效率。健全的分布广泛的营销网络体系是公司产品销售的巨大优势，但由此也带来了资金回笼速度慢，月度在途资金占用大的问题。因此可将各经销网点账户统一调到合作银行，并应用合作银行先进的资金汇划结算系统，缩短资金在途时间，加快货款的回笼，减少不必要占用。
（三）实现网内资金融通。如果公司下属某个单位急需现金而账面存款不足，这时只要总公司在合作银行系统存款总额高于需用的资金数，即可由该单位当地开户行先垫支，此笔款项银行不收短期拆借利息，等该单位资金调度到位后偿还这笔款项。