提高资金使用效益是高校的一项综合性经济管理工作，并不是仅仅依靠会计人员就能做到的，必须由掌握资金使用权的各级领导来负责，实行资金使用问责制，资金使用量、任务完成量、质量情况及资金使用效果都应列人各级领导任职考核的重要内容。必须建立资金使用负责人首问制，建立财权运用与经济责任相结合的经济责任制，将履行审批财权与承担支出效果相结合，并与负责人的经济利益挂钩，调动负责人的责任心和积极性，使负责人把学校的利益与个人的利益联系在一起，处处坚持节约和谨慎的原则使用每一笔钱，提高资金使用效率。另外，学校根据院(系)、部门的资金使用效益情况对学院(部门)进行奖惩，对资金使用效益高的，给予适当的奖励并在下年度预算安排中享受优先安排项目等优惠政策；对挪用、挤占预算资金，资金使用效益低的，除追究负责人的经济责任外，上年结余收回，下年度的预算定额下浮。
4、加强银行贷款管理,防范财务风险。
高校内部要建立信贷资金管理小组，小组应广泛听取大家意见，收集整理贷款项目的材料、证明，考核贷款指标，验证贷款项目的必要性和可行性，测算一定时间内所需信贷资金的数量，落实偿还贷款的资金来源，制订还款计划，根据学校的实际情况，分清轻重缓急，把贷款资金用在能够给学校带来经济效益的项目上。如兴建教学楼、学生宿舍楼等，这样可以扩大招生规模，为学校带来收入，为偿还贷款提供资金保证。贷款资金不能用于职工福利和学校的日常运营。在信贷资金的使用过程中实行信贷资金项目负责人制度，而信贷资金管理小组与内审部门负责监督，做到“负责有人，监督到位”。对使用中可能出现的这样或者那样的问题，项目负责人要向有关部门及时反映，提出修订方案、制定整改措施。信贷资金管理小组要分项目对资金使用过程进行检查滥督、审核，管理过程中要系统、多方位地对信贷资金的使用效果进行正确评价，为科学决策提供依据。使信贷资金按计划使用，精打细算，无超支浪费。内部审计部门也应该加强日常审计，并在事后对使用效果进行审计和检查。必要时，可以考虑由学校委托会计师事务所进行审计。
5、加强对科研项目经费的管理。首先，高校所承担科研活动必须签订科研合同并通过学校有关部门的审批。其次，加强对科研项目经费预算、决算的管理。课题负责人申请课题时应根据课题研究工作的实际需要，结合预算项目的具体内容同时科研、财务部门应一开始参与制订，避免由于对财经法规认识上的偏差，而造成预算编制的不合理，在项目执行过
程中应严格按照所批准的预算执行，只有实行“预算硬约束”，才能树立预算的严肃性与权威性。课题验收后，按有关规定办理科研项目结题，科研部门、财务部门、项目负责人应各负其责，及时清理账目，核实拨款与支出数，正确计算课题实际成本，据实编制科研经费决算表，对经费使用情况的真实性、有效性负责，并自觉接受上级有关部门的监督检查。再次，建立和完善全额成本核算制度，确定科研支出的合理水平。科研经费支出包括与课题研究有关的直接费用、间接费用（ 项目管理费）和协作研究支出。其中直接费用主要是指课题研究过程中耗用的可以直接计入课题成本的费用。包括：人员费、设备费、材料费、燃料及动力费、外协测试化验与加工费、出版物 /文献 /信息传播 /知识产权事务费、会议费、国际合作与交流费、修缮费及其他直接费用等，对于同一课题组的不同课题之间费用划分，各科研人员应提高认识，在报账时据实划分，确保科研支出的真实准确；项目管理费用是学校
组织和支持科研活动发生的，但无法准确核算其成本的各项费用如：房屋占用费、现有仪器设备使用、管理人员工资等，项目管理费用的计提应根据国家和各高校的有关规定或合同协议的规定计提，提取的管理费用必须纳入学校预算统筹使用；协作研究支出是指将协作研究工作委托给其他单位所发生的支出，经费转拨业务应向学校科研、财务部门提供科研项目批复、项目合同协议和其他必要的资料，经学校各部门严格审批，由财务部门统一办理，避免借协作之名，将科研经费挪作它用。