就科学本身而言，其发展确实是有局限性的。不要说对许多领域的许多现象还知之甚少甚至一无所知，就连那些它所熟知领域中的熟知的问题，也仍然有许多弄得不彻底；某些长期以来被确认的东西，随时事之推移进展，也有被认为不正确的或不完全正确的。但是，不管怎样，过去被科学所确定的基本事实和规律中，总有一些是不能被完全取消掉的，不管要作怎样的补充和修正。这一点，辩证唯物主义关于绝对真理与相对真理及其间关系的理论给出了最明白易解的说明。
就其与其它社会意识形态的关系而言，科学与它他社会意识形态，功能各异，科学自然不能取代它们。但科学它们之间却有着重要的不容忽视的联系。如，宗教和艺术都不是科学，但对它们进行系统的分析研究的宗教学和艺术学则是科学。后者正是对前者的发生、发展、社会功能以及其中的各种理论进行分析评价的学问。宗教的各种理论、艺术的各种手法，虽不属科学的范畴，但其本身却有个是否科学合理的问题，而这正是关于宗教、艺术的科学所要研究的。另外，在这些其它的社会意识形态中，一般来说也是既有其科学的合理的内容，也有其不合理、不科学的内容。甚至作为宗教的原始表现和伴随物的巫术，除了不科学的虚伪的东西之外，也总还包含有一些合理的科学的成分，如改变外在生活条件，使用某些药物就可以改变和控制人的意识状态等等。只不过在其对现象的解释上，纯属荒谬无稽而已。因此对它们的研究分析，就必须用科学的观点和方法，将这些方面区分开来，承认、接受其合理的方面并对其不科学的方面加以摒弃。
在社会生活的一切方面，都是应该提倡科学精神的。所谓科学精神，就是一切思想、行为，都要从客观现实的实际出发，要符合这种实际的要求，其中也包括人们思想观念上的实际状况。但是，这种要求只是一种原则上的最高的要求，并非在任何条件下，任何人，任何时刻都必须要做到。这是不可能的，也并非必要的。例如，我们不可能要求宗教活动家及其信仰者一下都抛弃对超自然力的信仰和膜拜；对某些以“准巫术”的方法治疗精神疾病的作法（所谓“空箱技术”之类）也不妨任其存在。因为它们的存在还有其现实的理由，是不可能加以禁止的。但是，从总体来看，从对整个社会的思想引导上，在对国民进行教育的科学文化部门的工作中，科学精神则是必须要加以认真实行的。
超个人心理学反对对科学的“迷信”，反对科学的这种“霸道”，还是有一些道理的，如果上述的不当作法可以这样称呼的话。但是，如果从此继进而达到否认人类有关现实世界（其中包括人的主观精神）的知识可能有真伪之分，对其真伪需要加以判别，只有真实的知识才是最终地有用的这些最基本信条的话，那就是极大的错误。
超个人心理学所走的正是这样的一条道路。他们不只是反对上述的那些不适当的作法，还反对科学精神本身。他们否认有关心理、心灵的知识之中有正确的与错误的之分，也反对对其真伪加以辨别和弃取的必要，而是将有关的“知识”一股脑儿推向广大群众。它也自称为“心理学”，但却不顾社会对各种学科要提供真实可靠的知识的根本要求，硬将许多非科学的东西塞入其中。为了使自己的这种作法合理化，他们竟然将心理学定位于科学之外，而将之归结为一种“关于人性知识的研究”，并认为人性的知识可以来自三个不同的途径：感觉，心智和沉思。而且，这三个方面的知识不能用同一的标准来加以要求。例如，通过沉思而得来的关于超越的经验和体验，就是不能用通常的感觉的和理智的标准来加以要求的[7](p133-134)。
这样一来，超个人心理学就为自己争来了极大的方便和自由，它可以随意地将他们通过“沉思”的方法所得到的任何“关于宇宙人生的各种领悟和智慧”毫不费力地都纳入自己的体系之中，包括各种与现代科学成就格格不入的超乎自然的神灵和精神实体在内。然而，也正是由于撤除了这一条最终的限制和屏藩，使一切什么见不得人的东西都合法地进入它的领域之中。由于它“没有逻辑的理由”“去限制人们将巫术、魔法甚至恶魔崇拜一股脑地混进超个人心理学的大熔炉”而使之“成为非学术的、奇谈怪论的被拒绝的或远离当今文化的各种力量的摸彩袋”[7](p138)。