(二)提高审计人员的素质
效益审计要求审计人员熟悉被审计单位的业务流程，了解被审计单位业务领域的基本情况和存在的问题，掌握相关的专业技术知识，以便能对审计对象的经济效益作出切合实际的评价。效益审计要求审计人员了解和掌握效益审计的基本程序和方法，能够熟练运用有关的效益评价指标和专门的评价方法对审计对象的效益进行评价。传统的财务审计人员视野相对狭窄，缺乏效益意识和效益评价所需的专门知识和技术技能，要解决这个问题，需要从以下三个方面着手：一是对现有审计人员进行培训，使他们尽快掌握开展效益审计所必须的基础知识和基本技能，广泛涉猎经济、法律、工程等专业知识，造就一专多能的复合型人才；二是加强效益审计人才的培养，通过与有关高校签定定向培养协议，按照审计工作的实际需要，制定科学的人才培养计划，大量培养效益审计急需的专业人才；三是建立外聘专家制度，充分利用社会资源，发挥其专业特长，弥补审计队伍专业知识和专家力量的不足。
(三) 积极探索效益审计方法
效益审计与虽然与传统的财务审计有较大的差别，但是有些传统的审计方法如审阅法、核对法、函询法、观察法、盘点法、抽样法等仍可应用于效益审计，有些则需要根据效益审计的特点加以改进，如内部控制测评、风险评估等技术方法。另外，效益审计还有着不同于传统审计的专门方法，这些方法大致可以分为三类:一是数学分析法,即通过建立相应的数学模型和一系列的数学运算，对审计对象的经济效益情况作出精确的量化评估；二是经济活动分析法，它是一种事后审计方法，通过把被审计单位的生产经营成果与历史先进水平、前期水平、平均水平、计划水平等进行比较,以评价被审计单位的经济效益水平。常用的经济活动分析法有对比分析法、连锁替代法、平衡分析法、指数分析法等；三是可行性分析方法，主要是对被审计单位在经济活动运行过程中所做出的重大经济决策从技术和经济两方面来加以分析，确定其可行性和经济性，为决策者提供参考。
(四)加强效益审计风险评估与控制的研究
由于当前开展效益审计的外部环境还不完全具备，审计部门内部也存在很多尚需解决的问题，因此审计过程中不确定因素很多，审计的风险较大，另一方面，对于效益审计风险的认识和重视程度还不够，相关的风险控制制度和措施还不完善，这些都会对效益审计的顺利展开及其审计效果产生不得影响。我们在积极探索效益审计程序和方法的同时，必须高度关注效益审计的风险问题，加强对风险评估和控制的研究。研究的重点主要包括：一是效益审计风险的主要表现形式及其对审计结论的影响；二是效益审计风险模型及计量，效益审计风险的控制策略等；三是积极探索风险基础审计方法在效益审计中的应用途径。