当前在乡镇政府行政机构设置上普遍存在“条块分割”和职能不清问题。所谓“条块分割”问题，是指设在乡镇的部门行政机构，有些理应下放给乡镇政府直接管理的，却被上级职能部门所把持（这些乡镇部门机构大多有利可图）；有些需要由上级职能部门业务指导和行政管理的乡镇事业单位，却被上级职能部门当作“包袱”甩给乡镇政府管理。尤其是前者，这些由上级职能部门实际管理的乡镇部门机构，往往不愿服从乡镇政府的管理或领导，更为严重的是，它们在一定范围内行使着本来属于乡镇政府的职权，从而削弱了乡镇政府的管理职能和权威，将乡镇政府架空、肢解为一级不完全的政府。这些部门机构就像各国派驻在联合国的代表机构，它们占住乡镇政府的房子，享受乡镇政府的福利待遇，却可以不听乡镇政府的“调遣”；它们各自掌管着一个方面的权力，各自为政，乡镇政府“叫不应”也“管不着”。难怪有的乡镇长形容自己是“维持会长”，对这些部门机构毫无办法，只好放任不管。这种局面既不能对乡镇社区实施有效的管理和控制，也不能给农民提供完善服务。
所谓职能不清，是指乡镇政府及其下属行政机构“该管的没管或者没有管好”，或者“管了不该管的事”。这主要是由于“政、企”、“政、事”和“政、经”不分所致。乡镇政府插手企事业和经济组织内部事务，一些企事业单位和经济组织担当了本属于乡镇政府的行政管理职能。
因此，在乡镇政府机构改革中，应该坚持“政、事”、“政、企”和“政、经”分开，进一步理顺“条块”关系，使乡镇企事业单位从行政管理型向社会服务型转变，在增强乡镇政府行动能力的同时，合理确立乡镇政府行动的限度，将乡镇政府建设成为统一、效能、民主的基层政府。事业单位不应承担与其性质不相适应的行政管理职能，彻底改变事业单位行政化、官僚化倾向；同时将服务性、技术性和社会中介性质的机构彻底从乡镇党政机关分离出来；理应由经济组织负责的内部经营管理工作也必须从乡镇党政机构中分离出来，乡镇政府不得随意干涉属于经济组织职能的事务，使这些经济组织或乡镇企业成为独立自主的市场经营主体。同时，一些“准政府”的经济组织也应将经济方面的行政管理权归还给乡镇政府，使之从行政管理型向社会服务型转变。