另外，在一些农村地区，仍然保留或者重新成立了诸如“乡镇农工商总公司”、“乡镇经济发展总公司”、“乡镇企业委员会（或办公室）”、“乡镇经济委员会”等经济组织，取代乡镇政府，承担经济方面的行政管理工作。其中，有些乡镇经济组织是从“政社合一”的人民公社体制中延续下来的，最初作为代表全乡（镇）农民利益的乡级集体经济组织出现的，后来逐渐演变为与乡镇政府不相上下的一级经济行政管理机构。1980年代初虽然政社分开，成立了乡镇政府，但是乡镇的政企、政经职责并没有分清，这些遗留下来的经济组织被明文规定为组织本乡镇农、工、商业等农村经济的发展。有些乡镇经济组织则是后来才成立的，这些重新成立的乡镇经济组织主要分布在乡镇企业比较发达的农村地区，成立这些经济组织的主要目的是为了管理或控制日渐发展“坐大”的乡镇企业。这些经济组织的董事长或负责人通常由乡镇党委书记兼任，甚至它们直接接受上级（县、市）政府的领导，成为与乡镇政府平行的另一个“准政府”机构，一些人则戏称为“（第）二政府”。
而且，还有不少设在乡镇的“七站八所”由县级政府部门直接管理，他们也在一定范围内承担着属于本部门或本行业的行政管理职能。这样一来，乡镇政府并不是一级完全的行政管理单位，它的行政职权被其它一些组织所肢解、制肘，而难以发挥应有的行政效能。这种现象，几乎是我国农村基层政府的通病，长期没有得到解决。因此，优化乡镇权力配置，对乡镇政权适时进行民主改革，主动适应我国农村基层民主化治理的需要，已经成为当下农村改革的“重头戏”而刻不容缓。
二、乡镇政府
（一）乡镇政府的法律地位
根据宪法和地方组织法的规定，乡镇政府是我国的基层国家行政机关和乡镇人大的执行机关，执行乡镇人大的决议和上级国家行政机关的决定和命令，管理本行政区域内的行政工作。根据村民委员会组织法，村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织。村民委员会办理本村的公共事务和公益事业，调解民间纠纷，协助维护社会治安，向人民政府反映村民的意见、要求和提出建议。乡镇政府对村民委员会的工作给予指导、支持和帮助，但是不得干预依法属于村民自治范围内的事项。乡镇政府与村民委员会之间不是行政隶属或支配、领导关系。
因此，乡镇政府是我国基层社会的行政“末梢”。它从人民公社时期的“三级所有”式行政结构的最上级，变为后人民公社时期尤其是村民自治以来国家行政权力延伸到乡村社会的最后一段。它直接面向我国社会基层，是国家和政府联系广大人民群众的重要桥梁和纽带，起着承上启下的作用，在中国行政体系中占据着极其重要的地位。
（二）乡镇政府的构成
乡镇政府设乡镇长1名，副乡镇长若干人。近几年，在一些地方乡镇，还增设了乡镇长助理（乡镇长助理基本上由上级直接任命）。在少数民族聚居的地方，则设置“民族乡”（没有“民族镇”的设置），它不属于民族自治地方，不设民族自治机关，不行使民族自治权，但是它不同于一般的乡，民族乡的乡长必须由建立该民族乡的少数民族公民担任。乡镇政府的乡镇长，按照法律规定，由乡镇人大选举产生，乡镇政府实行乡镇长负责制，乡镇长有权领导和管理乡镇政府所属行政机关及其工作人员，全面负责乡镇政府的各项工作。副乡镇长则协助乡镇长进行工作，并具体分管若干方面的工作。
乡镇政府一般由乡镇政府内设机构和乡镇政府部门机构一起构成。乡镇政府的内设机构主要有：乡镇政府办公室、民政办公室、司法办公室、计划生育办公室、财政所、城镇建设所（办公室）、土地管理所（办）、农经站（办）、文教卫生办公室、教委（教育办公室）、企业办公室、统计站等。
乡镇政府的下属部门，通常称作“七站八所”，它们有的由乡镇政府直接领导，有的则接受乡镇政府和县级政府职能部门的双重领导。一般来说，设在乡镇的文化站、广播站、农业技术推广站、农机站、经管站、畜牧兽医站、食品站、林业站、中小学、卫生院等企事业单位由乡镇政府直接管理，其中有些站、所是从县级政府部门“三权”（指人、财、物三权）下放给乡镇政府管理的。而实行双重领导的乡镇政府部门，主要是县级政府职能部门设在乡镇的派出机构，如公安派出所、工商所、税务所、法庭、交通管理站（所）、水利站、粮管所（或粮站）、信用社、农业银行营业所等。实行双重领导的乡镇机构，有的以乡镇政府领导为主，有的以县级职能部门领导为主。