在高等教育大众化进程中，高等教育的分工也不明确，存在着招生错位现象。1999年高校扩招伊始，国家本来明文规定，高等教育扩招的指标主要用于发展高等职业教育，但1999年普通高校招生数却扩大了47%，其中不少四年制大学，甚至以教学、科研为中心的部属重点大学也要接受众多的高职招生指标，而以职业教育为主的高职院校和民办高校却招生不足。这样造成的后果是，一方面，许多低层次的高等教育机构和院校拼命要求升格为本科，甚至办研究生教育，以提高声誉，扩大生源；另一方面，本科大学，甚至研究型大学却在利用其名牌效应，举办高职高专层次的教育，抢夺高职生源，增收学费。这种“错位”行为不仅冲击了高等教育职能系统，使其作用无法正常发挥，而且还会使我国的大众高等教育陷入“扩张传统精英大学”的发展道路，进而影响我国高等教育大众化的进程。
教学质量问题也是高职在发展中出现的最主要问题之一。很多高职院校的教学管理混乱，没有以职业岗位能力为中心去组织教学，不以满足职业岗位（群）和技术领域需要为出发点设置专业，而是“粉笔＋黑板”式的以课堂教学为中心，强调学科理论体系的完整性；不注重实践教学，实践教学以验证性实验为主；教学评价以老师讲课质量和学生书面考试成绩为主，等等。这些问题的出现，影响了高职教学质量的提高。
高职人才培养目标模糊。培养目标是否清晰明确，教育教学过程是否按照培养目标去组织实施，是高职教育质量保障的基础。我国高职经过多年的发展，结合我国的社会实践，明确提出其培养目标是面向基层、面向生产、服务和管理第一线的实用型、技能型、管理型人才，这样的人才理论与实践紧密联系是其显著的特点。我国高等教育大众化刚刚起步，专科学校、成人高校、中专、本科院校等几路大军一起发展高职教育，数量解决了，但质量——粗放型的教育教学及管理水平也越发突出。培养目标的模糊不清是其首要体现。一切模仿本科院校的人才培养模式，本科压缩型非常突出。培养目标的偏移、模糊不清，导致把高职教育办成了学历教育。
（二）高职面对新型工业化的机遇与挑战
新型工业化的实现，首先要着力发展信息技术和信息产业，实现信息化与工业化的结合。以信息工业化带动工业化，以工业化促进信息化，是新型工业化的本质内涵。在推进我国新型工业化的过程中，必须紧紧抓住发展信息技术、培育和壮大信息产业这个关键环节。1996～2000年，我国以信息产业为主的高新技术制造业年平均增长21.2%，高于同期全部工业产值增长速度11个百分点，对我国经济增长和结构优化起到了重要的推动作用。信息技术和信息产业的快速发展，需要高职教育培养大量的人才。印度的软件业之所以发达，原因就是培养了大量软件技术与开发人才，而并不像我国一样，在计算机方面培养的是大批计算机理论和学术人才，发展的研究生教育而不是技术应用性强的高职高专教育。
新型工业化的实现，需要加快城镇化进程，实现工业化与城镇化的有机结合。城镇化是由农业人口占很大比重的传统社会向非农业人口占多数的现代文明社会转变的必然选择，是工业化必不可少的内容。我国的现实是城镇化水平滞后于工业化水平。2001年我国的国内生产总值中，第二产业产值已占51%，而城镇人口占总人口的比重仅为37.7%，提高城镇化水平是我国实现新型工业化的必要条件。按照十六大的要求，我们应坚持大中城市和小城镇协调发展，走中国特色的城镇化道路。在城镇化的进程中，必然会出现大量的非农转移，这给高职教育提供了无限发展的空间。
新型工业化的实现，信息和知识成了最重要的资源，这一方面需要大量人员去从事搜集、创造、处理和分配信息工作，另一方面，科技含量不高的传统工业如汽车、机械、服装、建材、化工等在国民经济中仍占有重要地位，仍需大量第一线的操作人员。随着经济和产业结构的进一步优化，社会对技能人才的大量需求使高等职业教育的发展有了更适宜的社会环境。在新型工业化时代里，高新技术产业不断发展，新行业更替旧行业的速度加快，劳动者跨行业流动增多，这些对职后教育的要求越来越高。因此，高职教育的内容就不能仅局限于职前教育，而是要担负起职前教育与职后培训的双重任务。