“以人为本”的办学方针的核心是充分发挥广大教师在办学治校中的主导作用。这里所谓的以人为本，主要有四个方面的意义。其一是要在各项工作中重视人的因素，正确认识人的价值，发挥人的主观能动作用。在农业社会，致富的基本要素是土地；在工业社会的生产三要素（土地、资本、劳动力）中，资本是致富的最重要的要素；当今世界知识经济的形成则使知识成为重要的生产要素，而知识的主要载体、传播者、创造者都是人。建设一流大学，固然需要资金的投入，固然需要有一流的物质条件，然而更重要的是要充分调动全校师生员工的积极性，共同为实现建设世界一流大学的奋斗目标而努力。其二，学校的根本任务是培养人，教育的对象是人，教育的本质是一个人文过程，是以人（学生和教师）为中心的过程。其三，在所有教育资源中，人才是最重要的教育资源。原清华大学校长梅贻琦先生曾经强调：“大学者，非谓有大楼之谓也，有大师之谓也。”曾任过哈佛大学校长的西方学者科南特也曾说过：“大学的荣誉不在它的校舍和人数，而在它一代代教师的质量”。几乎可以说，谁能聚集世界一流的大师，谁就能办成世界一流的大学。其四，不但要在学术上发挥专家、教授的积极作用，在管理上也要发挥专家、教授的积极作用，要把以前那种以行政管理为主线的管理方式转到“以人为本”的管理机制上来，要确立教师在办学治校中的核心地位，发扬学术民主，健全、规范和完善学校的咨询、决策、执行和监督系统，除认真执行教代会制度外，还应积极发挥学术委员会、学位评定委员会、教学委员会等的作用。因此，“以人为本”意味着必须提高广大教师参与学校内部管理工作的积极性和自觉性，使学校的管理工作进一步规范化、科学化、民主化。
“综合性、研究型、开放式”的办学模式，是在借鉴世界著名大学的经验，研究高等教育基本规律的基础上，针对国家需要和清华大学的实际情况而提出来的。
（1）综合性是基础。世界一流大学多是综合大学。考查历史， 科学技术的发展曾经历过“整体—分化—综合”三个阶段。当今世界，科学技术的发展同时呈现出高度分化和高度综合倾向。但随着学科越分越细、学科之间渗透和交叉就不可避免。就总体而言，综合化已成为当今世界科学技术发展的主要特征。大学的学科门类的设置与科学技术文化的发展趋势应该是一致的。从教育规律来讲，学生在各种学科互相渗透、各种文化互相耦合的环境下才能较好地发展全面素质，深厚的文化底蕴和强大的学科综合是建设世界一流大学的不可缺少的条件。因此，这几年来清华大学一直在按照综合性的要求进行学科调整和建设，提出要“发展工科优势，加速理科、人文、经管的建设，并在生命和医学科学上有所突破”的方针，力争尽快形成学校的综合性学科设置格局。
（2）研究型是核心。世界一流大学一般来说都是研究型大学。 因此，我们要把科学研究放在突出地位，强调科研与教学的结合，在不断做出重大科学技术创新成果的同时，培养出众多有创造性的学生。研究型大学与一般的研究机构不同。我们的研究是与教学紧密结合的，只有从事创造性科学和技术探索工作的老师，才能教出好学生；而研究本身也将从年轻学生无拘无束的畅想中得到启示。我们要在着重提高研究生特别是博士生培养质量的同时，进一步增大研究生比例。同时我们还积极探索本科生早期参与科学研究的途径，推行了“大学生研究训练计划”。
（3）开放式办学是学校的活力所在。一方面是向世界开放， 成为东西方文化和科学技术交流的桥梁；另一方面是向国内开放，把学校的发展与国家和地区的经济、社会发展紧密结合，使学校不仅成为培养人才的基地，而且成为新思想、新技术的源泉、信息汇集的交流中心和经济增长的发动机。近几年来，学校坚持开放式办学，通过频繁的国际交往和日益深入的国际合作、设立大学与企业合作委员会、开展现代远程教育等多种形式的以面向企业为主的“大学后”教育，使学校的功能在时间和空间上都大为拓展。