通过解析中国证券市场效率，不难发现制度缺陷是中国证券市场低效率问题的根源所在。那么，作为本文研究的主题，证券市场的制度性缺陷应该是什么，如何对证券市场制度缺陷内涵进行合理界定，成为一种必要。本文认为，所谓制度性缺陷，是指在证券市场发展初期，由于受初始条件的制约，证券市场的制度设置与制度安排的不完全，旧体制内涵因素作用于市场运行，造成证券市场运行效率降低，证券市场价格形成机制扭曲，无法有效反映市场信息，从而严重弱化了证券市场资源配置功能。
从证券市场制度缺陷内涵分析，这一范畴并不是一般性制度范畴，而是与特定的社会经济体制相联系的。中国证券市场的制度性缺陷，根植于传统计划经济金融体制向市场经济金融体制过渡中产生的。在此需要指出的是，制度缺陷有别于市场缺陷，但不能同市场缺陷完全相割裂。中国证券市场的制度缺陷，是证券市场发展内在性规律与政府强制性制度变迁之间的内生性缺陷。制度性缺陷作用于市场机制，并引致市场运行的扭曲化，使市场本来的运行机制并不能有效发挥出来。以外部生成作用于内在市场运行，信息处理渠道受阻，无法实现信息的有效反映与传递，资本市场行为扭曲，减弱了证券市场资源的内在配置能力。
四、中国证券市场制度缺陷的生成机理
从以上分析可见，证券市场的低效率的根源在于中国证券市场的制度缺陷。因此，要推进中国证券市场的持续性发展，首先应该对证券市场的制度缺陷进行深层次剖析，分析证券市场制度缺陷的生成机理。
1．超越型发展证券市场的战略安排：制度缺陷生成的主根源
中国证券市场内生于改革开放后的经济成长，政府设立证券市场的初衷是有效动员金融资源，从而为中国经济快速发展提供高效的资本支持。政府在证券市场制度安排上，采取强制性制度变迁方式。这种初始的制度设置与安排，无疑在证券市场发展初期提供政策支持，从而使中国证券市场很快纳入快速发展的轨道。
从证券市场制度本身分析，不同的经济制度与市场体制，其金融制度的安排是不同的，在证券市场制度的形成上表现出较大差异性。成熟的市场经济国家，市场制度、法律制度等相对完善，金融业相当发达，金融过程已经相当成熟，其证券市场制度按市场自我强化的轨迹发展。由于市场发育已相当成熟，政府对金融市场的管制主要体现在金融立法上，金融管制的共同特点在于维持金融过程的安全性，从而实现资本价格的稳定和均衡，为经济发展提供一个较好的外部环境。资本市场在较为规范的法律和制度约束下，按照市场机制有效运行。在这类证券市场制度中，金融资本的定价和配置由市场决定，而非通过行政性合约来完成。与西方自由发展证券市场制度形成不同，我国资本市场不发达，产权约束较弱，市场信用机制没有充分建立起来。这种金融制度的初始条件决定了证券市场制度还不具备自由市场经济国家证券市场发展的模式选择。直到20世纪90年代初，在西方证券市场发育了百年之后，中国证券市场制度才试验性建立。
由于经济制度与市场条件的不同，政府主导的赶超型证券制度与西方自由市场发展的证券制度之间，存在信息租金与信息成本差异，其制度效率存在显著差别。在自由市场化证券制度中，成熟的市场制度为证券市场运作提供了完全的竞争，公司财务制度的透明性为投资者提供了稳定可靠的信息，这在很大程度上降低了信息与资本的搜寻成本，而管理行为的公开性和财务制度的透明性的存在，产生对经营绩效不良管理者进行替代(接管)的持续性外部压力。因此，发达国家自由市场化证券制度更依赖于市场和制度的完善，法律制度越健全，市场制度越完善，从市场搜集信息成本越低，通过组织内部搜集信息成本越低。而政府主导型证券制度，通过政府的强制性制度变迁，可以在短时期内迅速地将证券市场制度基本框架建立起来，以行政性长期契约关系，降低信息成本与资本搜寻成本，在很大程度上降低了信息非对称性和谈判问题，弥补了有缺陷的市场结构。但是，政府的制度安排和证券市场内在的运作规律存在一定差异，这一差异正是证券市场效率损耗的制度根据。