尽管有效资本市场理论为许多人所推崇并得到相当部分的证实，但在现实中这一理论仍然面临许多矛盾与难题。按照国外成熟的资本市场理论，市场有效性本身就是证券市场效率。因为在有效率的市场中，通过证券市场的价格机制与信息机制，完全可以实现资源的优化配置。同样，按照资本市场有效理论，中国证券市场效率是低效，甚至是无效率的。但是，这能否说明，中国证券市场的整体效率是低效率或无效率的?本文认为，这种简单判断是值得商榷的，单纯用市场有效性理论难以对中国证券市场效率做出合理性解释。从证券市场效率的第一重涵义，即资源动员能力上讲，中国证券市场在短短的10年期间发挥了强有效的资源动员功能，实现了传统经济下银行主导型融资制度向市场经济条件下证券市场融资制度的有力切换，社会主义市场经济融资制度框架基本上建立起来。但是，从证券市场效率的第二重涵义上讲，中国证券市场运行效率低下，还不能有效地反映市场信息，股票市场资源配置的定价机制与信息机制功能还没有充分发挥，社会资源无法有效配置成为证券市场低效率的主要体现。
三、证券市场低效率根源：制度变迁中的制度缺陷
如前所述，中国证券市场低效率问题，已经进入我国理论界研究的视野。早在中国股票市场成立之初，学术界就开始对中国证券市场效率进行考察，但大量对证券市场低效率的分析，基本是从市场有效性理论的视角进行研究的。
市场有效性差，股票价格不能充分反映信息，能否等同于证券市场低效率?本文认为，对于这一问题显然是不能简单下此结论，关键是考察市场效率、证券市场制度与资源配置之间的内在联系，进而寻求造成中国证券市场低效性问题的根本原因。尽管市场有效性理论、中国证券市场低效率和制度性缺陷问题，都早已引起国内学者的充分重视。但是，目前学术界并没有从三者之间的内在联系与相互作用机制，来解释中国证券市场的低效率问题。这也正是本文在此领域所做的尝试和探索。
如前文所述，证券市场效率归根结底是社会资源的配置效率。大家知道，社会资源的配置方式按照配置机制的基础作用不同可以划分为两种，即以市场机制为基础的市场经济体制或以计划机制为基础的计划经济体制。证券市场制度作为市场化产物，是依靠市场机制来发挥其内在功能，通过市场运行机制与定价机制来实现社会资源的有效配置，其作用过程可以概括为：市场运行效率一市场定价效率一资源的有效配置。
按照市场经济作用机制，证券市场的有效运行实施对市场信息予以反映，以市场为导向，发挥市场对社会资源的动员作用与配置效能。通过市场定价效率，实现价格信号的有效传导，既保证市场价格的合理形成，又能够实现资本的高效流动。就整个经济体系而言，是保证资本流向收益最高的企业，以此实现经济资源的优化配置并促进国民经济健康稳定发展。因此，只要市场是有效率的市场，市场机制的作用就能够充分发挥，通过市场运行机制和市场定价机制，将资本配置到边际效率高的项目之中，社会资源的有效配置就可以实现。因此，在完全市场条件下，市场有效性可以通过信号传导与价格形成机制，实现资源的优化配置。由此可见，在完善市场制度的前提下，市场效率可以来衡量证券市场效率，即社会资源配置效率。
而考察我国证券市场制度，其建立的初衷是改革设计者在为中国经济快速发展寻求持续资本供给，而这本身就是在计划经济向市场经济安排中实现的一项重大突破。在这样的初始条件下，政府对证券市场制度安排起着举足轻重的作用。计划经济特定路径的惯性，使政府依旧对全社会资金的配置进行强有力的干预，从而保证其执行产业政策、实现赶超战略所需的足够资本。由于行政力量作用于证券市场运行，既定制度安排下的信息难以发挥其内在的传导作用，造成市场行为的扭曲，以至证券市场运行的效率过低，定价效率也不可能有效发挥，因而难以做到市场机制下社会资源的有效配置。可见，中国证券市场低效率，不是市场本身错了，而是市场运行机制发生了扭曲，在证券市场运行中其内在机制不能有效地传递信息。而市场机制是依靠“信号”传导机制发挥作用的，在我国经济转轨中，两种力量作用共生的条件中，“信号”的形成本身就不可避免地发生扭曲，不同机会利益者在体制变革或制度变迁中，便利用不完善的制度安排来获取潜在的机会利益，进一步损耗了制度效率。