由于备用信用证“出身”于信用证家族，其业务流程基本符合信用证运作原理。
首先，开证申请人（基础交易合同的债务人）向开证人（银行或非银行金融机构）申请开出备用信用证。
继而，开证人严格审核开证申请人的资信能力、财务状况、交易项目的可行性与效益等重要事项，若同意受理，即开出备用信用证，并通过通知行将该备用信用证通知受益人（基础交易合同的债权人）。
再者，若开证申请人按基础交易合同约定履行了义务，开证人不必因开出备用信用证而必须履行付款义务，其担保责任于信用证有效期满而解除；若开证申请人未能履约，备用信用证将发挥其支付担保功能。在后一种情形下，受益人可按照备用信用证的规定提交汇票、申请人违约证明和索赔文件等，向开证人索赔。
再次，开证人审核并确认相关索赔文件符合备用信用证规定后，必须无条件地向受益人付款，履行其担保义务。最后，开证人对外付款后，向开证申请人索偿垫付的款项，后者有义务予以偿还。
二、备用信用证的适用领域
根据备用信用证的应用实践，《ISP98》将其划分为履约备用信用证、预付款备用信用证、招标/投标备用信用证、对开备用信用证、融资备用信用证、直接付款备用信用证、保险备用信用证、商业备用信用证等8种类型，总结了备用信用证的基本功能和适用领域。
1.国际担保
资信担保（或“人”的担保）之所以在国际商务中广为应用，是因为当事人不仅可将其用作商务支付的保证手段，还可将其作为制裁违约方、保护违约受害方，进而最终促成合约履行的法律手段。作为一种具有双重性质的金融工具，备用信用证在国际工程承包、BOT项目、补偿贸易、加工贸易、国际信贷、融资租赁、保险与再保险等国际经济活动中广泛应用，只要基础交易中的债权人认为商业合约对债务人的约束尚不够安全，即可要求债务人向一家银行申请开出以其（债权人）为受益人的备用信用证，用以规避风险，确保债权实现。
较之银行保函和商业信用证，备用信用证的担保功能具有独到优势。
其一，担保责任的确定性。
银行保函有从属性保函和独立性保函之分。从属性保函以基础交易合同（主合同）的存在与执行状况为生效依据，是主合同的从合同，其依附性决定了担保人不能独立地承担保证责任，而只能依据主合同条款及其主合同的执行状况来确定担保责任的范围与程度；如果主合同的债务人以各种理由对抗债权人，担保人同样可以依据该抗辩理由对抗债权人。所以对债权人而言，从属性保函担保人的付款责任是不确定的。独立性保函开出后即完全不依附于基础交易合同而独立存在，其法律效力并不受制于基础交易合同的变更、灭失以及债务人的行为，只要债权人的索赔符合保函规定的索赔条件，不论该债务人是否同意，担保人必须履行第一付款责任。所以，不同法律属性保函担保人的付款责任确定与否，对当事人的实质性影响截然不同，实践中，围绕保函法律性质及其担保人付款责任的争议事例屡见不鲜。而备用信用证以鲜明的独立性确定了其与基础交易合约之间完全独立的法律关系，其付款依据是开证人不可撤销的义务以及备用信用证项下单据的合格性，开证人的付款责任始终是肯定和明确的，这一点极有助于减少误解和争议，提高担保服务的质量与效率。
其二，应用的灵活性。
备用信用证与商业信用证的最大区别在于，后者一经开立，只要受益人提交的单据（汇票）表面合格，开证行必须履行第一性付款责任。而备用信用证的受益人多是在对债务人履约具有基本信任的基础上，将备用信用证作为风险规避的补充手段。若基础交易合约得以顺利履行，备用信用证通常“备而未用”，所以备用信用证的开证人尽管在形式上承担了独立的、不可撤销的、强制性的责任义务，但其并不一定必然地对外赔偿，事实上担负着“第二性”的付款责任。“备用（Standby）性”使备用信用证的开证人遭遇受益人无理或恶意索赔的几率相对较低；相应地，开证人对申请人的信用额度、开证抵押或反担保要求较之保函或商业信用证略显宽松，开证成本较低。备用信用证的“备用性”既使开证人承担的独立担保责任具有了一定弹性，又通过灵活的运作满足了国际经济交易对银行信用补充性支持的需求。实务中，“备而未用”者在备用信用证业务中占据多数。