(二)、以理财为监察的中心，整顿官府，使新政得到财政收益
张居正认为，外之豪强兼并与内部官府舞弊，这两股势力的勾结，是社会不安定的主要弊源。要有效地约束不法权贵，打击违法活动，必须从吏治着手整顿官府机构。但是官官相互，历来如此，当事情触及大大小小官员的既得利益，那就是捅了马蜂窝，遭到众多的抵制，甚至陷入孤立，所以在封建社会中整顿官府是件冒风险的事。张居正为政不久却取得成功。主要办法有三条。
其一，从加强监察着手，提高行政运转的效率。明朝的中央机构分设吏、户、礼、兵、刑、工六部，六部中又分设监察机构六科。部的最高长官是二品官，科的长官最高是七品，可这七品对二品却有封驳纠劾的权力，所以大官统率小官，小官却可以牵掣大官，六部和六科都直接向皇帝负责，内阁不干预，这遇到昏愦的皇帝那就乱了套。张居正改为由内阁总其成，颁行官员考成法，吏部通过询事考言，以言核事，以事核效，评定官员的勤惰，定期考勤，随事考核，以一套严密的监察制度防范玩忽职守的现象。
其二、以理财作为考核的准则，这是考成法的最终目的。当时官场通行的是增加赋税，向小民头上搜刮，不敢督缴正赋田税，因为逃税拖税的都是豪强权贵，追缴田税无异在是太岁头上动土，谁也不敢出这个头。张居正毅然提出对官员“以钱谷为考成”(14)的主张，凡是追缴欠税不足的官员，都要受到批评、调离或撤职的处分。以追索田粮评定政绩，迫使官员打击不法权贵，使贪官无处藏身，不用加税而补足国家亏损，这是一项成功的经验。
其三是不拘一格用人才，培植改革的中坚力量。有为的政治家们往往都能在用人方面破除论资排辈的偏见，但像张居正那样重视从下层提拔人才，殊属难得。他倡导:“采灵菌于粪壤，拔姬姜于憔悴。”(15)认为立贤无方，唯才是用，即使贱为僧道皂隶，只要出类拔萃，可以位列九卿，作为国家的栋梁。他突破成规起用行伍出身的李成梁为镇边大将，破格重用残疾小吏黄清为太仆卿高级官员，重新起用被罢官的水利专家潘季驯治理黄河。在改革推向高潮时特许府、州、县的考生越级报考京师的国子监，把各地人才收罗到中央，很快组成精干的班底，形成改革的中坚力量，为建树新政作出贡献。
(三)、以均赋役为中心，厚商利农，发展社会经济
明朝的赋税制度是向土地所有者征收田税，按人头派差役，所以土地和户口是王朝财政和劳动力的主要来源。随着兼并势力的发展，民间的土地和人口逐渐集中到勋臣、贵戚和大地主的名下。他们倚仗特权，贿赂官府，隐占户口，瞒田偷税，逃避差役，到万历前夕法定的征粮地比明初已减少一半，人口减少三分之一以上，大批的土地、人力流进私人腰包，使国家的税源衰竭。本来国家征收田赋是，田多的多征，田少的少征，按亩核算，从法制上说是公平的，这也就是封建土地所有制条件下的均税实质性内容。有的农户土地被豪强侵占，田赋却留在原田主的名下，造成产去税存，这就发生了赋税不均的社会问题。考成法只能解决一部分欠税的问题，大量的瞒田逃税和税役不均亟需从赋役制度上加以整顿，这才能开辟理财安民的新途径。万历五年开始调查，次年即通令清丈全国田地，详审细核，三年查出漏税土地八十余万顷，从严打击了违法的权贵地主，迫使他们守法，不敢轻易欺隐，小农免受赔累，国赋按时收纳，扭转了财政亏损。后人评价这一举措说: “既不减额，亦不增赋，贫民之困以纾，而豪民之兼并不得逞。”(16)确实做到了公私两利。
在赋税不均的现象初步纠正后，立即着手解决逃役问题。万历九年在全国推行“一条鞭”法，即是将赋役中的各项名目，如杂泛、均徭、力差、银差等各种税收合并为一种，将力差归入田赋，一律按田亩核算，减化手续，统一征收。并可改折银两，允许被征调的差役出银雇人代役。这就扩大了货币流通的范围，削弱了人身依附关系，使商贩和工匠获得了人身自由，这对商品经济的发展起了促进的作用。