1.国内市场与国际市场接轨的挑战。改革开放以来，我国通过市场化改革逐步推动了国内市场与国际市场的接轨。加入WTO意味着将进一步开放国内市场，国内市场与国际市场接轨的进程将进一步加快。从中小企业的历程可以看出，我国许多中小企业的生存发展在很大程度上一方面是依赖于地方保护主义，另一方面也得益于关税政策和非关税壁垒，加入WTO后，随着关税的减让和非关税壁垒的逐步取消，国内市场将进一步开放，外国商品无疑会以其卓越的性能和低廉的价格大举进入国内市场，这样中小企业除了与国内企业相互竞争之外，还得在家门口与世界各类企业争夺市场，国内市场竞争会更加激烈、残酷。加入WTO后，我国将进一步显现出与世界经济相融合的发展趋势。市场竞争的国际化和国内市场的国际化，将使中小企业面临一个相对陌生的外贸环境和国内市场。在开拓市场的过程中国内市场和国际市场变幻莫测，中小企业市场创新将面临更大风险和压力。市场竞争环境的变迁，要求中小企业重新考虑和审视调整自己的战略定位，发挥机动灵活的优势，放眼国际市场，根据市场需求，确立创新目标，进行合理的市场定位，注重开发深度的国际市场或国内市场才能在深层市场上避开众多竞争来赢得胜利。
2.卖方市场向买方市场转变的挑战。由于大量的中小企业都是以模仿开始自己最初的经营活动，没有形成自己的经营特色，在成长和发展的过程中，也没有调整和改变企业的发展战略。盲目模仿形成了产品和产业结构趋同，必然使原先有利可图的行业转变成无利或微利。中小企业要想同更为理智、更为挑剔的消费者和企业合作，向着经营者所希望的方向行为的确不易。因此，要在众多的市场竞争者中脱颖而出，赢得顾客的信任和喜爱，中小企业必须在市场上树立良好的形象，建立独特的产品和服务特色以及强有力和具有吸引力的销售策略，最根本的依然是如何满足顾客不断增长和变化的需要，而这一挑战我们在过去从来没有遇到过，这需要中小企业者用新的思路，大胆创建全新的企业市场模式。
3.市场竞争多极化的挑战。加入WTO将使国内竞争与国际竞争相互交织、渗透，又使得企业竞争态势更为错综复杂。中外企业既可以成为市场竞争的对象也可以成为市场竞争的“伙伴”，甚至有的国内企业或地区还会把与外国企业的联合作为与本国其他企业或地区竞争的手段。
因此，日益复杂的市场竞争给中小企业选择目标市场和确立经营战略带来了挑战。中小企业由于搜集市场信息、研究市场的能力相对较弱，市场竞争多极化使得中小企业研究竞争对手和协作伙伴，进而选择自己具有竞争优势的目标市场变得越来越困难。
4.产品趋向高新化的挑战。加入WTO后，这种发展趋势，将使我国中小企业面临十分严峻的局面：一方面，技术在生产中的广泛使得传统的原材料正越来越多地被人工合成材料代替，这势必会减少各产业对天然原材料和能源的需求，并带来其初级产品出口价格下跌，而资源密集型和劳动密集型产品在我国的出口结构中占有很大的比重，且中小企业是生产资源密集型，劳动密集型产品的主力军。因此，新技术革命带来的初级产品价格的下降，会使我国一部分劳动密集型的中小企业逐渐失去劳动力成本优势；另一方面，由于我国高技术中小企业同国外的同类企业多有雷同，加入WTO后，他们也将面临国外同类资本密集型和产品密集型企业的冲击，面对新世界的知识经济和信息的到来，我国中小企业不仅在组织结构方面显得很不适应，而且在产品技术创新能力方面也存在着明显的不足，如果这一状况长期得不到改变，就不可能有效地提高我国中小企业及其产品在国际市场的竞争能力。
二、面对WTO，中小企业市场创新的战略选择
市场创新是企业赖以生存和发展的动力源泉，市场创新的成功与否关系到企业的生死存亡，中小企业要实现持续稳定的发展，抓好市场创新工作是关键，鉴于中小企业固有的弱点，在进行市场创新活动中，应扬长避短，制定自己独特的市场创新战略。