首先，现代经济学对政府经济职能的界定是以“市场失灵”为逻辑起点的，并以此来确认政府干预的合理性和职能范围的。市场选择的过程及其结构，有可能出现盲目波动，外部性、垄断等问题而导致资源配置缺乏效率等“失灵”或“不足”。此外，市场经济本身难以保证公正的收入分配，会出现两极分化的趋势。这些是市场经济制度本身的功能性缺陷。当存在着这些市场失灵时，如果政府能对市场失灵进行补救，并提高经济效益的话，就可能出现政府的作用。因此，对市场失灵进行补救导致出政府的经济职能：稳定整个经济，以及对经济资源进行再配置、调节收入分配等等。从这一意义上讲，市场选择需要政府选择作为补充，但是政府对市场进行干预和“市场失效”间并没有必然的联系，因为造成“市场失效”的原因是多方面的，而解决的方法就不应该是单一的。而且在这里政府干预是作为一种外生于市场的力量，在市场机制所及的领域之外承担起服务于市场与企业的职能。按照这一传统认识，随着市场机制的逐步完善，政府干预的空间似乎越来越小。但在事实上，自“二战”以来，市场机制的进一步完善，政府经济功能发挥作用的空间并不是缩小，相反却是与日俱增。进入知识经济时代，要求由政府提供的公共用品也大幅增加。这种理论与现实之间的反差，说明从市场失灵理论来说明政府职能有一定的局限性。需要寻找一个研究政府行为更好的角度和分析框架。
其次，市场选择的互利交换，暗含着的一个前提是存在一个集体选择制度。这种集体选择制度相当于一个“立宪式契约”，它明确确立了每个人的权利和行为约束，因为没有制度约束下的市场经济下的利已追求只能是一种“自然分配”，这种分配会产生于一种霍布斯式状态中。而如果要摆脱霍布斯的自然形态，势必要有一种确立每个人产权和行为约束的“立宪式契约”。这种“立宪式契约”构成了一种自愿交换的制度，而产权的存在无疑是制定“立宪式契约”的一个必要条件。西方经济学研究的内容正是在经济中具有明确产权的个人在经济中的行为及由此产生的各种现象。萨缪尔森认为，产权制度和实施产权的程序是一种纯公共物品，它具有“每个人的消费不会减少任一其他人对这种物品的消费”的特性。作为一种具有非竞争性的纯公共物品，就要由政府来提供。从这一意义上讲，市场选择内生出政府选择。我国的体制转轨的实际情况显然是在市场选择的这一前提条件并不满足的条件下，即个人权利并不完善的情况下进行的体制改革，也就是说，市场经济体制的建立内生对政府权力作用，它不仅要起到保护产权的“第三方”的职能，更重要的是对产权的界定。这是市场经济建立的前提和基础。再次，在中国转轨经济中，如果把基于发达国家经历几百年发展的成熟的市场运行中存在的市场失效作为政府弥补、调节和干预经济运行的原因用来解释中国转轨经济中面临的主要问题和矛盾，无论在理论上和实践上都会产生巨大的偏差。事实上，中国转轨经济中，关于市场失效的理论前提，在很大程度上是虚幻的、或者说是不切实际的。在我国由于转轨过程中改革不到位所造成的市场缺陷远远大于市场本身的功能性缺陷（市场失灵）。所以，在中国转轨经济中、政府的作用不是一般地去校正“市场失效”，而是要加强有效制度的供给，谋求构建市场运行的规则和制度框架，通过扩张和发育市场，实现在一定程度、一定阶段上政府对市场的部分替代。否则，如果政府顺应转轨经济中不发育或残缺的市场进行种种调节，就必然会造成一系列适得其反的负效应。由此，也决定了仅从“市场失灵”引出我国政府职能部门表述方式，会误导人们对转轨经济中政府职能的认识。
3、我国政府权力干预的特殊性
经济学上关于政府干预的理论争论已久，不同的学者有不同的观点，但当前学术界的争论多集中于政府干预的范围、方式和作用上，对于市场经济要不要政府干预基本上已达成共识，在这里，无意对政府干预理论这一问题进行探讨，而主要在说明对于一个处于经济体制变迁中的政府权力，其作用内容、方式、后果与西方国家市场经济成熟国家的政府经济相比，具有特殊性。