随着中国伊斯兰教的传播和发展，形成了独具特色的清真寺文化。清真寺已不仅仅是传统意义上的宗教活动场所，而具有了独特的社会功能和复杂的文化特色，它既是穆斯林社会政治活动的中心，一个相对独立的经济实体，同时还是穆斯林的文化活动中心，一个重要的教育机构，它具有一种行为规范和社会控制功能。清真寺的这些功能共同构成了独特的中国清真寺文化。
中国的清真寺文化涵盖面很广，清真寺的最根本的职能是举行宗教活动，而宗教活动是一个群众性的活动，“人”在其中具有很大的影响，所以就逐步形成了独具特色的宗教组织制度，即教制文化；清真寺作为伊斯兰文化的一种有形载体，它对穆斯林物质生活和精神文明有着重要的影响，它是伊斯兰文化的最主要的研究、传播地点，在伊斯兰文化的研究和发扬过程中，教育是成为不可缺少的因素，随着历史的演变，形成了中国的清真寺教育文化；清真寺作为一个宗教活动场所，有其具体的建筑型制，所以有其建筑文化。教制文化、教育文化和建筑文化是中国清真寺的主要内容，是中国清真寺文化的精髓，对这三方面的分析与研究是对了解中国清真寺，发挥清真寺重要社会职能有着极其深刻的意义。
教制文化
教制文化具体体现为教坊制度。教坊是中国伊斯兰教的传统组织形式之一，它是以清真寺为中心，包括周围穆斯林居民的一种宗教和社会的群体单位，它具有二个明显的特点，第一是独立性：凡是十几户、几十户、几百户，无论人多还是人少，还是穆斯林聚集地区，一般都有一座清真寺，聘请一位阿訇任教长，领导一坊过宗教生活，凡在该寺举行宗教活动的教民，都属于该寺的坊民，归教长负责，对本寺尽义务。这一区域便形成一个以清真寺为中心的教坊，与其他教坊无任何隶属关系；第二，教长聘任制：各坊的教长，由本坊教民在德村兼备、德高望重的阿訇中择聘，教长既非世袭，也无特权，即可是本坊人，也可是外坊人，但因亲戚家族等缘故，为便于宣教，一般都不请本坊阿匐。教长任期三至五年不等，可以连任。
教坊的地域性和独立性导致清真寺有一整套组织机构，其经费来源主要来自本坊教民的乜贴，但随着改革开放，现在不少清真寺实行了“以寺养寺”，有了清真寺的企业，其经费也不再单纯依靠教民捐助。
清真寺内的组织是逐步完善的，唐宋时有管理教务的“筛海”教长和管理民事的“嘎锥”（宗教法官），后来形成“三掌教制”，即（一）伊玛目：又称“掌教”，专司领拜和掌管教规八二）海推布：又称“二掌教”或“协教”，专门负责宣读“呼图白”，通过诵经说教来劝导坊民。在河北、山东、东北一带，海推布为认行洗礼；（三）穆安津：亦称“三掌教”或“赞礼”，是清真寺的宣礼员，每天按时念“邦克”，召集大家来礼拜。在三掌教之外还设阿訇一职，阿訇不同于三掌教的世袭制，而实行聘任制，阿訇作为教长，教职最高，受聘于一坊，主持该坊的全面宗教事务，担任开学讲经及宗教学说的教授工作，故又称“开学阿訇”，此外，阿訇还为教民举行各种宗教仪式。伊斯兰教最初传人中国，既无派别，又无门宦，统统是相习传教，后被称为“格底术”（老教）。三掌教制是“格底木”的教坊制度。在明末清初，苏非派（神秘主义）传人中国，后来形成门宦，门宦教主对其所属教坊，实行严格控制，于是产生了“热依斯”制和“穆勒什德”制。他们都代教主管理一个区域内的数十个教坊，有的“热依斯”后来独挑大旗，成为独立的一支派，有的代代相传，成为世袭制。
十九世纪依赫瓦尼传播后，“海乙寺”制又相继出现，“海乙”是阿拉伯语语的音译，其意思是“地区聚集地”、“海乙寺”与一般清真寺就像乡镇与村庄的关系。一个海乙寺，管辖十几个或几十个小寺。海乙寺的掌教管理所属小寺的阿匐，有出“候昆”教法和处理民事纠纷的权力。
“三掌教”制、“热依斯”制和“穆勒什德”制及“海乙寺”制，随着社会的不断发展，都有不同程度的改变，但它在中国伊斯兰教史上的作用是巨大的、是不可磨灭的，教坊制度为有共同地域、共同语言和共同心理特征的回回民族的产生起到了纽带的作用，有其重要的历史意义。