当今中国清真寺的组织机构，大多是由民主管理委员会处理事务，聘请阿訇处理教务，三掌教制已发生了质的变化。中国清真寺的教坊制度也在随着社会的发展不断地改变和完善。
教育文化
在伊斯兰教史上，教育一开始就与清真寺结下了不解之缘。诵读《古兰经》，学习《圣训》是穆斯林教育的首要内容，而这些活动都是在清真寺进行的。因而清真寺便成了穆斯林教育的摇蓝。教育对于中国处于亚文化地位的伊斯兰文化尤为重要，而清真寺在其中则发挥了极为重要的作用。中国伊斯兰教的教育始终没有脱离开清真寺。中国伊斯兰教育的主要形式回回经堂教育便是诞生在清真寺，它在传播伊斯兰教、弘扬伊斯兰文化方面做出了巨大的贡献。经堂教育又被中国伊斯兰史学家称为寺院教育，便是清真寺所在经堂教育中的地位的具体体现。所以，可以把中国清真寺的教育文化具体为经堂教育制度。
“经堂”本是我国清真寺中建筑布局的一个场所，清真寺是主体建筑回回礼拜殿南北两侧均有对称的厢房，而阿訇讲经的厢房便被称为“经堂”，“经堂教育”由此而得名。经堂教育是公元七世纪以来，随着伊斯兰教传人中国而逐步发展起来的，经唐、宋、元、明四个朝代的漫长历史岁月，到明末已初具规模，经堂教育的集大成者回回胡登洲便生活在这个年代。
胡登洲（1522年——1597年），是长安城北渭城湾人氏；家道小康，自幼刻苦攻读宗教经书，并兼习儒学，胡登洲多年蓄志，谋求中阿波译述融汇贯通，并制定出一套经堂教育大纲。他刻苦钻研、孜孜不倦，在其五旬之际，终成宏愿，他在家自办教馆，收徒百余人。他的这一举动影响很大，在他的精心培养和教育下，人才辈出，桃李满天下，从而为中国经堂教育奠定了坚实的基础。
经堂教育的宗旨和形式
经堂教育的创立，旨在改变回回民族愚昧无知的状态，提高穆斯林的素质。《经学系传谱》明确指出：“人皆知以食愈饥，莫知以学愈愚。人之饥犹可也，愚则必不可也。只缘愚则必惑，终至于迷耳。”胡太师卓识远见，深刻理解文化知识对于人们立身处世的迫切需要。所以五十而立仍学习诗书，继而皓首穷经。最后创办经学，其宗旨就在于通过教育手段，提示伊斯兰教理，教育穆斯林道行经训，培养穆斯林宗教人材。
经堂教育的形式，一般分为大学、中学、小学。赵振武在《三十年来中国回教文化概论》一文中介绍说：“所谓寺的教育者有大学、造就阿訇之学府也；有中学，中年失学者受教处也；有小学，儿童之教育也。”经堂小学主要是向穆斯林儿童和少年进行伊斯兰教知识的启蒙教育，让他们通过学习，掌握伊斯兰教的一些基本知识，学会一些《古兰经》中部分常用的章节。中学教育的对象是从小没有受到系统教育的成年人，学习的主要内容是《亥贴》。大学里主要培养专门的宗教人材，毕业以后多被聘去讲经或任开学阿匐。大学学制无定制，以学成为准。
由此可知，经堂教育的使命主要有两个：一是在穆斯林青少年和成年人中普及宗教知识，二是培养未来的伊玛目，伊玛目的职责是弘扬教义、教法，主持宗教活动和婚丧礼仪，处理穆斯林内部的民事纠纷。经堂教育的课本及课程概括地说，经堂教育的全部课程分为基础课和专业课两部分。基础课包括语法学、修辞学、逻辑学。实际这些都是掌握阿拉伯语的工具课。专业课包括：认主学、教法学、圣训学、哲学、《古兰经》注及波斯语文法等。
一般而言，经堂教育的大学课本中有十三读本，是各地经堂教学中必读的。俗称“十三本经”。分别为：
1、《连五本》；2、《遭五．米素巴哈》；3、《满俩》；4、《白亚尼》：5、《凯俩日》；6、《韦噶业》；7、《呼托布》；8、《古力斯坦》；9、《艾尔白欧》；10、《米尔萨德》；11、《艾筛尔图．来麦尔特》；12、《亥瓦伊．米那哈基》；13、《古兰经》经注。
经堂教育的课程体系形成于经堂教育的后期。在陕西，经堂课程设阿语语法学、修辞学、逻辑学、教法学、理学、认主学。前三门属语言课程，后三门属宗教课程。