随着汉魏以来官方主导的书籍编辑出版工作中的实用分类学发展，几百年后在隋代最终确定了一种一直沿用至今的四部图书分类法，计含经，史，子，集四大类。但是所谓图书分类法，不是严格按照内容主题系统地进行的，而是继续采取一种混合的和相当实用性的分类标准，涉及到意识形态功用性，官定位阶性，内容性质，以及作者身份等等。这些类别中的书籍就内容而言颇多可以跨类存在。大致而言，四部之中后三部大致相当于历史类，哲学和思想类，以及文学类。第一类的内容包括文史哲语艺各个方面，其身份源于历史上官定的权威性。从中国古代学术思想分类学史看，主要通过经﹑子两部表现的中国学术思想特质，如其说是欠缺古希腊的哲学中心性，不如说是欠缺理论思维的兴趣。即使是较富思想性的先秦诸子，其实用性和直观性也大于理论性和逻辑性。直到魏晋以来佛教哲学输入后，中国学者的理论兴趣才逐渐萌生出来，而偏巧这种理论兴趣又是安排在佛教神话和道教玄虚的框架之内的，因此未能有力刺激中古理性主义的发展和学术理论化的成熟。我们只须指出一个十分有趣的现象：所谓宋明理学虽然是在佛教哲学刺激下产生，但它所吸收的佛教理论十分有限。与其关系密切的禅学正是“脱理论化”的中式佛学教理。佛学中最富理论性的唯识宗，不仅对宋明理学没有任何影响(我怀疑理学家根本读不懂唯识论，但他们不提此事。这种“读解上的沉默”暗示出中国哲人心态的隐蔽方面)﹐对中国学术文化整体也没有什么影响。由此可见，中国古代知识分子如何一致地逃避理论性话语，即使这类话语已经千里迢迢送到了家门口。
基于“思想/图书”综合性标准的最初分类法原则，确定了其后两千年来文本分类和思想分类实践的发展。在思想/图书分类法基础上形成的学术分类法自然带有同样的实用性，结果，学术运作的，图书分类的，和职业划分的标准彼此混合在一起，共同形成了中国学术制度中的，中国古代本文和思想分类系统中的，较重文化实用性和学术意识形态性的倾向，结果导致一种由官方权威确定的规范和制度成为组织思想和学术实践的框架。其中相当于哲学的话语部份，是在此系统内与其它类型话语，特别是历史性话语，混合在一起的。自从西方较具逻辑性的分类法观念引进中国后，中国的分类学意识和科学推理能力迅速形成，其显著结果表现在中国现代自然科学的建立和发展上。同时西方哲学学科及其文本分类也为中国文化所吸收，随之在全新的西方科教框架内再组织了中国哲学学科和古典哲学图书本文。在此之后，现代中国人的思想方式已基本上和西方人一致无间。而与此截然不同的中国传统文化思想系统作为历史遗产仍然存在着。中国历史话语和现代话语彼此在形式﹑结构﹑目的和功能上也就完全不同了。
台湾辅仁大学罗光在将朱熹哲学和西方中世形上学比较时，基本遵循西方哲学术语和模式作为其比较哲学研究的框架，因而忽略了二者在语言和思想上的异质性，以为双方运用着同构型的概念系列，如存在，心，自然，原则等等；更不要说认识二者在学科结构和功能上的岐异性了。罗光说，“朱熹的形上学结构理论将实体和道德结合起来，将伦理学和本体论结合起来……其伦理学是本体论的延续。朱熹的本体论和伦理学是相互联系着的。”(陈荣杰(编)，1986﹐第76页)这类直接性的比较哲学研究中充斥着关于CP本身身份的一种基本的自我矛盾性。究竟应该把传统中国学术材料中的那些部份纳入CP之中呢？如果按照西方较严的标准，中国传统准哲学材料中可选作哲学类话语的并不很多。这就是何以直到现在西方主流哲学对CP的兴趣仍十分有限。这一情况并非语言问题，因为中国哲学经典早已大量译成西文。西方现代人可以通过英文翻译接受古希腊哲学，却不能接受古代中国哲学，可为其证。除了前述CP不可避免的内容杂多性外，CP与西方哲学在学科构成上的岐异性则是更根本的原因。概念的和分析程序上的分类学问题也是典型的符号学问题。中西比较哲学首先是有关两种不同的学科系统之间的比较分析。涉及到的问题包括不同哲学话语的意义﹑功能﹑评价等方面。甚至在相似的哲学话语部份，还涉及到该类型话语在原学科系统中与其它相关学科的多方面互动的方面。一般来说，把系统A中的哲学部份放入系统B中并保持住其原初意义和功能并不容易。学术制度的实用性特征限制了这些学科的学术性潜力。古代中国思想实践的不同领域并非作为按逻辑原则组织的学科来发挥作用。较具经验性的古代文本类型如历史和文学今日在读解中仍可以较好地保持其原有特质。然而在稍具理论性的古代思想实践中，如哲学，语言学，自然和社会思考，美学和逻辑学等等文本类别之内，学科的或学术程序的逻辑结构并未真正建立起来。尽管其中存在有相应的理论性因素，但从未形成古代西方一类的理论性学科。因此，对于作为与传统材料相关的现代学科CP的充份理解，内在地与中国传统学术结构相关联，后者又是根植于中国传统政治社会制度之内的。(参见李幼蒸1997(2)，第58-66页)。今日在考察此问题时，我们可以认识到有必要进一步将设问系统扩展到更一般的层次上：学科的形成和其意识形态背景。如我在另一篇文章(参见G-卡尔和张丽华(编)，1998， 第427页)中所说，中国学术等级制度本身已成为传统学术方向稳定性的结构性原因。如果现代学术意识形态涉及多种社会方面，传统中国学术意识形态则集中地相关于其政治结构本身。结果，学术的性质和方向基本上是政治上被被决定的，包括其语史技术性部份：技术性研究成为政治意识形态的辅助工具。