从我国现在执行的增值税法规和财政部颁布的《关于增值税会计处理的规定》的内容来看，我国增值税会计模式是“财税合一”的。这种模式无论对企业投资者还是税务机关，都存在很多问题，需要加以改进和完善。
一、我国增值税会计核算中存在的问题
1.对应收账款中坏账损失所包含的已纳增值税处理不合理。税法规定，应收账款中坏账损失所包含的已纳增值税既不允许抵扣，也不退税。这种规定实际上虚增了税基，不太合理。因为，企业赊销商品形成的应收账款不但包括应收的货款及价外费用，而且还包括应由购货方负担，由销货方代缴的增值税款（销项税额）。由于种种原因，应收账款难免发生不能足额收回或完全不能收回的情况，从而造成了企业的坏账损失。这样，企业不但货款有去无回，而且还要赔上一笔不应由自己负担的增值税款。在企业普遍感到资金紧缺和债务负担过重的形势下，这一制度的规定对企业无疑起到雪上加霜的作用。
2.增值税会计核算原则缺乏一致性。税法规定，确定销项税额的原则与财务会计上确认销售收入的原则相一致，采取的是权责发生制。但作为与销项税额抵扣的进项税额，其确认采取的却是收付实现制。这使得同一计税基础实行两种不同的原则，同一时期的销项税额与进项税额不相配比，使得人们难以从销售收入同增值税的逻辑关系上判断出企业是否合理地计算并交纳了增值税，从而使会计信息的可比性和有用性大大降低。另外，其对企业现金流量的影响也已受到有关方面的关注。
3.对进项税额抵扣的确认时间缺乏统一性。税法规定，进项税额抵扣的时间是：工业企业为购进货物入库后；商业企业则必须在购进的货物付款后（包括采用分期付款方式的，也应以所有款项支付完毕后）才能申报抵扣。从资金时间价值角度分析，这表现出税负不公。诚然，这样做可以避免商业企业采用“虚拟业务”的方法逃避纳税，但这也可能会给商业企业造成资金周转上的困难。当企业分期付款时，实际上就已经支付了应付的增值税（进项税额），为何非要等到所有款项支付完毕后才能申报抵扣呢？按理而论，不管什么企业，只要支付了税款，就完成了纳税义务，就拥有了抵扣进项税额的权利。税法的制定切不可因为担心企业侵占政府的利益，就不顾政府侵占企业的利益，这显然是不公平的。
4.存货成本缺乏可比性。税法将增值税纳税人划分为一般纳税人和小规模纳税人，并按不同办法对其计征增值税。一般纳税人在购进货物并取得增值税专用发票以后，按照实际付出的买价和采购费用计人存货成本，不包括已纳增值税（进项税额），这是增值税法规规定价税分离的要求。但是，如果一般纳税人不能取得有效的增值税专用发票，其支付的增值税（进项税额）便不能抵扣，只能计入存货成本。于是，同一企业的同一购进业务，成本的范围却不一致。再考虑小规模纳税人，他们的存货成本，不论是否取得有效的增值税专用发票，都必须包括已纳增值税。这使得不同企业的存货成本缺乏可比性。
5.增值税相关报表揭示不明晰。《关于增值税会计处理的规定》要求，编制应交增值税明细表作为资产负债表的附表，税法要求编制增值税纳税申请表，两张报表的编报均为反映增值税纳税活动的信息。但它们都没有详细列示未按规定取得专用发票的进项税额，未按规定保管专用发票的进项税额和销售方开具的专用发票不符合有关规定而不允许抵扣的进项税额。在应交增值税明细表中也未反映收取价外费用和视同销售的销项税额。这种报表结构和内容，既不便于税务机关对纳税人进行监管，也不便于有关方面对企业涉税理财活动的了解。
二、几点建议
1.允许应收账款中所包含的已纳增值税可以部分抵扣或退还。坏账，也就是纳税人一部分价款或全部价款不能收回。由于销项税额的确认采取的是权责发生制，所以这部分应收账款中包含了由销货方代缴的增值税（销项税额）。很显然，这部分增值税是不应该由销货方负担的，应允许销货方要求退回增值税的差额。世界上大多数国家都有上述规定（如瑞典、丹麦、比利时、德国、法国等），只是具体执行中有一定差异。众所周知，业务往来中的商业信用不可避免，货款的损失应该由销售企业自行负担。但是，本来应该转嫁出去的增值税却也让其负担，未免太不合理。事实上，数以万计的企业用其流动资金垫支的增值税，使国家的税收膨胀，而这还是以加重企业负担为代价的。